生物化学
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任务一 核酸的化学组成

核酸的基本化学元素有C、H、O、N和P五种元素,其中P的含量比较恒定,约占到核酸含量的9%~10%,以磷酸分子的形式作为基本成分存在于核酸分子中,可通过定磷法进行核酸含量的测定,测定样品中磷的含量即可计算出核酸含量。核酸其余两种成分为戊糖和含氮碱基,戊糖分为脱氧戊糖和戊糖两类,分别为DNA和RNA的组成成分。含氮碱基为嘌呤和嘧啶,嘌呤有腺嘌呤(A)和鸟嘌呤(G)两种,嘧啶有胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)和尿嘧啶(U)三种。

在生物体内,核酸常与蛋白质形成核蛋白形式存在,食物中的核蛋白在胃内经胃酸水解成核苷酸和蛋白质。核苷酸及其代谢产物可被机体吸收利用,戊糖和磷酸可参与核苷酸的生物合成,而嘌呤和嘧啶碱基则由相应的代谢途径降解后排出体外,较少被机体利用。实际上,人体核酸合成的原料主要来自于葡萄糖、氨基酸代谢产物,由生物体内的细胞自身合成。

一、戊糖

核酸中所含的糖为五碳糖,即戊糖。RNA所含的糖为β-D-核糖,DNA所含的糖为β-D-2-脱氧核糖,均为呋喃型结构,其结构见图4-2。脱氧核糖和核糖的区别在于脱氧核糖的第2’位没有连接羟基。因此,DNA分子相对更稳定,成为遗传物质的基础。

图4-2 β-D-核糖和β-D-2-脱氧核糖化学结构式

二、碱基

碱基也称含氮碱基,有嘌呤碱(purine)和嘧啶碱(pyrimidine)两类。常见的嘌呤碱基有腺嘌呤(adenine,A)和鸟嘌呤(guanine,G)两类。常见嘧啶碱基有尿嘧啶(uracil,U)、胞嘧啶(cytosine,C)和胸腺嘧啶(thymine,T)三类。DNA分子中含有的碱基有ATGC,而RNA含有的碱基有AUGC。在tRNA分子中,还存在稀有碱基(minor bases)或经化学修饰的碱基,如次黄嘌呤、7-甲基鸟嘌呤、5-甲基胞嘧啶和二氢尿嘧啶等。

1.嘌呤碱

嘌呤碱主要有腺嘌呤(A)和鸟嘌呤(G)两种,次黄嘌呤(hypoxanthine)与黄嘌呤(xanthine)是腺嘌呤的代谢产物。常见嘌呤碱及腺嘌呤代谢产物的化学结构见图4-3。

图4-3 常见嘌呤碱及腺嘌呤代谢产物的化学结构

2.嘧啶碱

嘧啶碱主要有胞嘧啶(C)、尿嘧啶(U)及胸腺嘧啶(T)三种。DNA含胸腺嘧啶(T),不含尿嘧啶(U)。在高等植物、胸腺和小胚DNA中含少量5-甲基胞嘧啶。在大肠杆菌(E.coli)和噬菌体DNA中发现有5-羟甲基胞嘧啶代替胞嘧啶的现象。几种细菌DNA中含少量6-甲氨基嘌呤,这些稀有碱基衍生物称为稀有碱基或修饰碱基,修饰方式主要有甲基化。常见嘧啶碱的化学结构见图4-4。

图4-4 常见嘧啶碱化学结构

RNA和DNA在组分上有一定的区别,主要体现在组成的核糖和碱基上,其区别见表4-1。

表4-1 RNA和DNA组分区别

三、核苷

核苷由戊糖与碱基脱水缩合形成。由含氮碱基与戊糖通过糖苷键形成的化合物称为核苷。戊糖的C1与嘧啶碱基N1或嘌呤碱基N9之间形成N-糖苷键。核苷分为脱氧核糖核苷和核糖核苷两类。如尿嘧啶为核糖核苷、腺嘌呤脱氧核苷为脱氧核糖核苷,其化学结构见图4-5。其他的核苷如胸苷、鸟苷、胞苷结构基本类似,但碱基不同。为了区别核糖核苷和脱氧核糖核苷,常在脱氧核糖核苷前面加入“d”以示区别,如dA、dT、dG和dC。

图4-5 脱氧腺苷和尿苷化学结构

四、核苷酸及其衍生物

(一)核苷酸

核苷酸是构成核酸的基本结构单元,是核苷的磷酸酯,由嘌呤碱或嘧啶碱、核糖或脱氧核糖和磷酸共同组成。含核糖的核苷酸称为核(糖核)苷酸,含脱氧核糖的核苷酸称为脱氧核(糖核)苷酸。RNA和DNA的基本核苷酸见表4-2。

表4-2 DNA和RNA基本核苷酸类别

5'-腺嘌呤核苷酸和5'-腺嘌呤脱氧核苷酸的结构见图4-6。

图4-6 5'-腺嘌呤核苷酸和5'-腺嘌呤脱氧核苷酸结构

(二)生物体内重要的核苷酸衍生物

在生物体内除普通的核苷酸外,还存在一些游离的核苷酸,它们有重要的生理功能,如多磷酸核苷酸、环核苷酸和辅酶类核苷酸等。

1.多磷酸核苷酸

多磷酸核苷酸是指核苷酸分子结构中含有多个磷酸基团的核苷酸,主要是指NDP、NTP(N为可变碱基,包括AGCU)和dNDP(N为可变碱基,包括AGCT)及dNTP等。在生物体内存在磷酸型高能化合物和非磷酸型高能化合物,如NDP、NTP、dNDP、dNTP、磷酸烯醇式丙酮酸、1,3-二磷酸甘油酸、乙酰CoA、琥珀酰CoA、脂肪酰CoA等。其中,以ATP最为重要。ATP是生物体内能量的直接利用来源,在耗能代谢中发挥重要作用。此外,CTP、GTP和UTP等也可以提供能量。CTP还参与磷脂的生物合成,GTP还参与蛋白质的生物合成,UTP还参与糖的生物合成,它们可激活代谢物并生成活泼的物质,如S-腺苷蛋氨酸(SAM)、尿苷二磷酸葡萄糖(UDPG)等。AMP、ADP和ATP化学结构见图4-7。

图4-7 AMP、ADP和ATP化学结构

常用的核苷酸及其简化符号见表4-3。

表4-3 常用的核苷酸及简化符号

2.环化核苷酸

在生物体内,重要的环化核苷酸有3',5'-环核苷酸,由5'-核苷酸的磷酸基与戊糖上的3'-OH缩合形成,如3',5'-环化腺苷酸(cAMP)和3',5'-环化鸟苷酸(cGMP)。这两个环化核苷酸是某些激素产生作用的媒介物质,参与细胞代谢的调节,它们在组织细胞中起着传递信息的作用,称为“第二信使”。其化学结构见图4-8。

图4-8 3',5'-环化腺苷酸和3',5'-环化鸟苷酸化学结构

3.辅酶类核苷酸

在生物体内,有一些辅酶也是核苷酸衍生物,如辅酶Ⅰ(NAD+)和辅酶Ⅱ(NADP+)均为腺嘌呤与尼克酰胺生成的化合物。黄素单核苷酸(FMN)是异咯嗪、核醇和磷酸缩合生成的化合物。黄素腺嘌呤二核苷酸(FAD)由黄素单核苷酸与腺嘌呤核苷酸组成。辅酶A(CoA-SH)由腺嘌呤、氨基乙硫醇和叶酸组成。这些辅酶类核苷酸在生物氧化过程中起了重要作用,是糖、蛋白质和脂肪代谢途径中的重要物质。