古代生物类型与现存生物类型发展状态的比较
物种是否越进化越高级
成熟生物器官的分化程度和专业性，是衡量该物种完善程度或进化高低最好的判断标准。我发现，生物器官越具有专业化特点，对生物的帮助越大。经过不断自然选择后，生物器官越来越趋于专业化，功能上变得更加完善。这也说明，物种进化得更高级了。
然而，在自然选择的影响下，大部分生物的器官并没有特别明显的进化，因为它们已经足够应付简单的生活方式了。与此同时，有的生物器官还表现出退化或变得更为简单，也是为了更好地适应新环境。
更为普遍的情况是：
新物种比旧物种具有更多的优势，它们必须击败与之存在生存斗争关系的旧物种。
我们可以想象，如果始新世的生物与现存生物同处在一个环境中生活，那么始新世的物种一定会被现存物种击败，最终灭绝消失。中生代的生物就是这样击败古生代生物的，第三纪的生物也是这样击败中生代生物的。
由此看来，根据生存斗争中获胜方会占据领地这一结果，以及器官专业化的标准，自然选择学说认为，越是近代的物种比古代物种应该越高级。大部分古生物学家都承认这一观点，尽管要去证明这个观点是非常困难的，但他们仍在毫不迟疑地相信着。
特例 从已知的地质年代来看，腕足类的一些物种从古至今只有非常细微的变化。而在大陆和淡水中生活的一些贝类，从我们最初发现它们开始，基本上就没有变过。
腕足类 即腕足动物门，全部生活在海洋中，属于无脊椎动物。体外具背腹两壳，很像软体动物，所以以前曾将其归入软体动物门，但这两类动物差异极大。腕足类的背壳小，腹壳大，腹壳后端常具一肉质柄，以固着外物。其内部结构与软体动物中的贝类区别更显著，后者属于原口动物，前者则兼具原口动物和后口动物的特征。腕足动物现存种类不多，约300多种。其于寒武纪晚期出现，繁盛于奥陶纪至二叠纪，化石种约有3万种。现存种的代表为海豆芽。
以上这些情况并不能对我的学说构成有力的反驳。
卡彭特博士指出：从劳伦纪
以来有孔虫类就没有进化过。
有孔虫类 隶属于原生动物门，肉足纲，有孔虫目的单细胞动物。有孔虫类是古老的动物，从寒武纪到现代都有其遗迹，而且数量巨大，现代海底约有35%是被有孔虫的壳沉积的软泥覆盖。有孔虫不但化石种很多，而且在地层中演变很快，不同时期有不同的有孔虫，因此在古生物学中占有很重要的地位。根据有孔虫类的化石，不但能确定所在地层的地质年代，而且还能揭示出地下结构状况，从而对寻找沉积矿产、发现石油、确定油层等有着重要的指示作用。
但它们并不是没有进化的能力，当某些生物一直生活在简单的环境中时，为了适应这样的环境，继续保持这种简单的生理结构岂不更好？
在我的学说中，如果进化对生物体来讲是绝对必要的，那么以上事实对我来讲肯定是有力的反击。再者，如果有证据可以证明前面讲的有孔虫类诞生于劳伦纪，而腕足类诞生于寒武纪，对我的学说来讲，也是有力的反击，因为这些生物并不需要足够的时间进化，就已经可以在那个时期称霸了。根据自然选择学说的观点，生物体进化到一定程度时，就不需要继续进化了，即便后来随着生存环境的改变，它们也会发生细微的变化，以不断保持适应能力。
从现代地层划分来看，有孔虫类和腕足类最早的化石种都出现于寒武纪地层中。
当解决了几个关键问题后，以上所说的这些反对意见才能站稳脚跟，即每种生物具体是在什么时间诞生的，以及这个世界到底存在了多少年，但这两个问题并不容易得到答案。
生理结构进化
生物体的生理结构是否进化了？
从整体上看，许多方面都存在着各种各样的疑问。地层无法完整地记录每个时代，我们无法得知远古时代究竟发生了什么，更无从判断在已知的地质时期，哪些生物体的结构是进化后的。就算是眼前的生物，博物学家们也各持己见，甚至不能分辨出同纲物种中哪些类型是最高等的。
例如，有的学者认为板鳃类，也就是鲨鱼类，与爬行类在某些很重要的特点上非常相似，认为它们就是最高级的鱼类。另外一些学者却认为，硬骨鱼才是最高级的鱼类。硬鳞鱼处于板鳃类和硬骨鱼类之间的位置。硬骨鱼是目前数量最多的类群，而过去只有鲨鱼和硬鳞鱼两类。
板鳃类
板鳃类：即板鳃亚纲，属于鱼纲中的软骨鱼类，以鲨和鳐为代表物种。
根据两种不同的高低级划分，鱼类发展到现在究竟是进化还是退化，会得出不同的结论。
对处于不同大类之间的成员进行高低等级的划分，就更加困难了。谁能说清乌贼和蜜蜂到底哪个更高级呢？然而，伟大的学者冯·贝尔认为，蜜蜂虽然属于昆虫，但是比鱼的构造高级得多。
冯·贝尔
冯·贝尔（1792～1876），德裔俄国生物学家、人类学家和地理学家，比较胚胎学的创始人。
在复杂的生存环境中，我们可以确信，甲壳类虽然在本门中的地位不算太高，但它一定能战胜在软体动物门中地位最高级的头足类。甲壳类的动物尽管看起来并未高度进化，但如果用优胜劣汰这个最具权威性的法则来衡量，就会发现它在无脊椎动物门中处于比较高级的地位。
头足类
头足类：即头足纲，属于软体动物门，常见的种类有乌贼等。在节肢动物门中，甲壳纲与其余各纲相比较为原始，但是根据体内各器官的发达程度、身体分节程度和肢体发育程度来看，甲壳纲仍比头足纲高级。
如果想判断哪些类型的进化程度最大时，我们不能仅仅比较某纲生物在两个时代中是否处于最高级。尽管地位的高低是其中的一个决定因素，很有可能还是最重要的因素，但我们仍应将两个时代中高低级别不同的所有成员来做比较。
软体动物中最高级和最低级的类型，也就是头足类和腕足类，在远古时期数量都非常多，但现在它们的数量已经大大减少了，处于中间级的种类数量却变多了。
腕足类现已单分出一个门，为腕足动物门。前面说过腕足类兼具原口动物和后口动物的特征，虽然外形看似比头足类低级，实则要比其高级得多。
所以，有些博物学家认为现在的软体动物退化了。反对方的看法是，腕足类虽然减少了，现存头足类的数量也不多，但它们的身体构造比古代物种却高级了很多。
我们应该将地球上任意两个时期的所有纲的相对比例做比较，例如，现存物种中已知有5万种脊椎动物存在，而从前的某个时期只有1万种脊椎动物存在。最高级别的纲数量增加说明较低类型的纲被大量排挤取代，这种改进是由地球上全部生物的构造决定的。
面对生物之间如此错综复杂的关系，我们想要通过比较各个时期的动物群的情况（我们对于动物群的了解还并不透彻），来制定生物进化级别的标准，并不是一件容易的事。
这种不易，通过观察现存动物群和植物群，会有更深的体会。近几年，被迁移到新西兰的欧洲物种正在快速繁殖，不断侵占当地动植物的生存资源。因此，我猜测，如果把英国的全部动植物都输送到新西兰去，随着时间的推移，外来的英国物种会逐渐适应新环境，不断取代本土物种的位置，导致大量新西兰本土物种灭绝。
过去的记录中几乎没有任何关于南半球生物能适应欧洲的野生环境的内容，依此推断，假如将新西兰物种引入英国的话，很有可能没有哪个物种可以与欧洲物种抗衡，有机会大量繁殖，进而侵占英国物种的领地。根据这一推断，我们可以说英国的生物要比新西兰生物高级。然而，那些经验十分丰富的博物学家在考察过两个地方的物种后，并未得到该结论。
成体与胚胎
以阿加西斯为代表的众多杰出的分类学家指出，同纲动物，无论是古代动物还是近代动物，它们在胚胎时期具有很高的相似性。灭绝类型的演化情况与现存物种的胚胎发育情况，看起来基本是平行的。这个观点与我的学说几乎完全一致。
几种脊椎动物胚胎的比较
古生物学家查尔斯·沃尔科特于1909年在加拿大西北部的落基山脉发现的伯吉斯页岩古生物化石群，以及陈均远教授于1984年在我国云南澄江发现的非常丰富的古生物化石群，都证实寒武纪存在物种大爆发现象，打破了寒武纪不可能留下丰富化石的学说。另外，1999年，陈均远、保罗·陈和另外三个人报告了在我国帽天山岩下方的晚前寒武纪地层中发现的海绵胚胎，证明胚胎是可以作为化石被保留下来的。
物种的变异不是出现在胚胎期的，它往往显现在一个不算太早的时期，并得以继承。因此，生物体的胚胎基本没有发生改变，在后来的世代交替中只有成体将不断出现的变异延续下来。胚胎可以说是自然界保存下来的一张原始图鉴，记载着物种没有变异之前最初的样子。这种观点看起来非常有道理，但是很难被证实。
同属于脊椎动物的哺乳类、爬行类和鱼类，它们目前已被发现的最古老化石之间的差异，虽然比现存物种之间的差异要小，但想找到具有脊椎动物各个类型共同特征的动物胚胎，恐怕是非常难的。估计要到寒武纪底部地层中才能找到我们想要的化石类型，可在那个时期能留存下蕴含丰富化石的地层的可能性也是非常小的。
在后面的章节中，我将具体讲述成体和胚胎为何不同。