四 事件的罪魁祸首
云南公安机关于2008年9月13日对此事件立案侦查，并委托鉴定机构组织有关专家，对本案的污染原因进行鉴定。鉴定人根据相关资料，并结合现场调查情况，证实阳宗海水体砷浓度增加不是自然地质因素造成，并排除了砷污染源来自阳宗海入湖河流。
经云南省环保局对阳宗海周边及入湖河道沿岸企业进行紧急检查，排查出8家企业有环境违法行为，并初步确定，阳宗海水体砷污染的主要来源是云南澄江锦业工贸有限公司。
据调查，云南澄江锦业工贸有限责任公司有3条涉砷生产线：2条年产2.8万吨硫化锌制酸生产线、1条年产8万吨磷酸一铵生产线。而其成为阳宗海砷污染主要来源的主要依据有如下几个理由：其一，云南澄江锦业工贸有限责任公司的生产原料、产品和固体废物中均含砷较高；其二，云南澄江锦业工贸有限责任公司内外环境砷浓度严重超标；其三，云南澄江锦业工贸有限责任公司所在区域地下水砷浓度严重超标；其四，阳宗海水体中，云南澄江锦业工贸有限责任公司所在区域湖湾水域砷浓度最高；其五，云南澄江锦业工贸有限责任公司取水口以南25米处泉眼砷浓度随着对污染源采取处置措施不断下降；其六，云南澄江锦业工贸有限责任公司有足够的砷储量。
经环保局和专家组调查云南澄江锦业工贸有限责任公司对阳宗海砷污染的途径有3种。一是地下渗漏。云南澄江锦业工贸有限责任公司厂区内污水、循环水、污泥及磷石膏等中的砷，通过渗透进入公司所在这一地质单元上的地下水，再随地下泉流、岩石隙流和渗流进入阳宗海；二是通过磷石膏渣场地表水排放入湖。在雨季，云南澄江锦业工贸有限责任公司无“三防”（防渗漏、防流失、防扬尘）措施的磷石膏渣场的磷石膏弃渣中的砷，很容易被地表水冲刷夹带进入距离不到1000米的阳宗海；三是云南澄江锦业工贸有限责任公司有高浓度的含砷液体进入厂外排水沟，随废水排放进入阳宗海。
该公司位于阳宗海西南端，距湖面约1.5公里。有关资料显示，这家公司始建于1996年，最早为乡镇企业，后改制为私营企业，工厂17公里的半径范围内，富藏高品位风化磷矿区。公司设有硫酸和化肥两个生产车间，停产前已建成硫黄制酸5万吨生产线多条，是一家工业总产值6亿多元、上缴税金1000多万元的企业，但是其生产工艺、原料储备、排污措施等都存在很大的问题。
经多方鉴定和排查，锦业公司被确认是本次阳宗海砷污染嫌疑对象。随后，鉴定人对锦业公司进行了重点调查，包括生产工艺、生产设施调查，发现锦业公司在生产项目建设、涉高砷化工生产过程中，使用砷含量超过国家标准的锌精矿灯原料；未建设规范的生产废水收集、循环系统及工业固体废物堆场；含砷废水长期通过明沟、暗管排放到厂区内最低凹处没有经过防渗漏处理的土池内，并抽取废水至未做任何防渗处理的洗矿循环水池进行磷矿石洗矿作业；将含砷固体废物磷石膏倾倒于厂区外3个未经防渗漏、防流失处理的露天堆场堆放；雨季降水量大时直接将土池内的含砷废水抽排至厂区东北侧邻近阳宗海的磷石膏渣场放任自流。据此，锦业公司被最终确定为造成本次阳宗海水体砷污染的主要污染源。据悉，2002～2008年，导致阳宗海砷污染的锦业公司因环境违法6次被处罚，其中几次都是按最高限10万元来罚的，然而该企业一直没有按要求落实整改。污染企业为何不怕处罚、拒不整改？我们从下面的数字可以看出一些原因：锦业公司2006年的生产产值为4889万元，2007年为1.5亿元，2008年上半年则达到了1.6亿元。显然，10万元的处罚对企业来说简直就是九牛一毛。违法成本低于守法成本，让污染企业有了足够的底气。据调查，虽然从2005年至2008年6月澄江锦业工贸有限责任公司实现工业总产值61764.7万元、利润总额4003万元、上缴税金1162.8万元。然而，由此引起的砷污染事故影响了阳宗海沿岸2.6万余人的饮水安全，需要花几十亿元来治理。
2008年12月23日，云南省“九大高原湖泊水污染综合防治办”发布的监测结果显示，阳宗海入湖泉水砷浓度含量已从2008年7月16日检测时的67.7毫克/升下降到10月初的25.42毫克/升，云南省环保局的官员表示阳宗海水体砷浓度上升的趋势基本得到遏制，湖中水体水质砷浓度基本趋于稳定。
“污染数据明显下降显然与锦业公司停产有直接关系，所以我们认为专家和政府的决策是正确的。”澄江县环保局局长张咏说。
国家高原湿地研究中心的专家认为，阳宗海是高原喀斯特地貌形成的断层陷落湖，生态功能很重要，但同时也很脆弱。一旦被污染，水体置换周期将达10年甚至更久。而且如此大容量的一个湖，只有长时间的积累才会造成这么严重的砷超标。