1968年 六十三岁

3月 林彪、江青合伙制造“杨、余、傅事件”，以“为二月逆流翻案”等罪名诬陷杨成武、傅崇碧、余立金。杨、余、傅三人被撤销在军队的职务，黄永胜被任命为总参谋长、中共中央军委办事组组长。此后，军委办事组实际取代了军委常委会。

5月1日 上午和晚上，先后在中山公园参加首都群众庆祝五一国际劳动节游园活动，在天安门出席首都群众庆祝五一国际劳动节联欢晚会。

7月21日 康生为准备中共九大人事安排问题给江青写信，信后附有他亲自排列的八届中央委员、候补中央委员分类定性名单，朱德、陈云等十八人被排在有错误的或历史需要考查的一类人中。

9月4日 复信安徽省革命委员会，就所询安徽省委常委、副省长王中的历史情况答复说：“在莫斯科确有王中这个人，抗战后他到延安工作。”“这个人我记得。是上海绸布业的一个店员。当时由莫斯科派回国内白区工作的还有别的人，都交代他们找职业后独立工作。因为在一九三六年时，白区党组织的工作人员或则被捕，或则下落不明，或则撤回莫斯科。据当时在莫斯科的中共代表团估计，有组织的地下党不多了，因而重新派回国的同志都不要与原党员联系，自找职业，独立工作，以便保存力量。”

9月 自“一月风暴”以来，经过二十个月，全国二十九个省、市、自治区全部成立了革命委员会。《人民日报》发表社论，说“整个运动已在全国范围内进入了斗、批、改阶段”。

10月1日 出席在天安门举行的首都军民庆祝建国十九周年集会。

10月5日 《人民日报》在《柳河“五七”干校为机关革命化提供了新的经验》的报道编者按中，发表毛泽东关于干部下放劳动的指示。此后，全国各地相继办起“五七”干校，大批干部和知识分子下放到干校学习、劳动。

10月8日 致信周恩来，说大女儿将要生孩子，但她和丈夫在单位均无住房，为帮助他们解决产期的困难，请求由北京西郊的临时住所搬回城里的北长街原住所。次日，周恩来批示有关部门办。不久，陈云搬回家中。

10月13日—31日 出席中共八届十二中全会。毛泽东主持会议。会议在极不正常的状况下，通过由江青、康生等人凭伪证写成的《关于叛徒、内奸、工贼刘少奇罪行的审查报告》，决定把刘少奇永远开除出党，撤销其党内外一切职务。会议还通过召开党的九大的决定，以及《关于九大代表产生的决定》和《关于中国共产党章程（草案）的决定》。会上，康生、江青、姚文元、谢富治等借口讨论毛泽东提出的“文化大革命是否必要”的问题，在分组会上围攻参加所谓“二月逆流”的陈毅、叶剑英、李富春、李先念、徐向前、聂荣臻等，还组织攻击所谓“一贯右倾”的朱德、陈云、邓子恢等。谢富治说：“陈云同志在七千人大会上，主席三次叫他讲话，他说没调查没有发言权。后来不到一个月作了个黑报告反毛主席，反大跃进，反总路线。先念同志、富春同志那次也起了作用，应该彻底批判。按陈云同志的报告搞下去不知成什么样子。刘邓、朱德、陈云都是搞修正主义的。”“刘少奇抬出陈云搞经济小组，收拾‘残局’，就是搞修正主义。主席没赞成陈云同志出来。陈云同志搞些什么，多赚钱卖花布、炒肉片、高价商品。陈云同志一贯反毛主席，休息也不干好事。这些东西都要清算。”会上，陈云被迫多次就自己解放前和建国后的所谓“路线错误”进行口头及书面检讨。当讲到一九六二年七千人大会毛主席要他发言而没有发言的“错误”时说：主席要我在大会上发言，因为我不愿在这样大的会议上散布我的右倾观点，因此，没有讲。如果要讲，也只能讲那时的右倾观点。又说：这种不表态，实际上是右倾机会主义的另一种表态。

11月25日 康生向毛泽东报送天津市革命委员会关于袁血卒问题的报告，并在信上攻击说：“从附件中才晓得陈云同志又一次包庇了袁血卒，而且是在无产阶级文化大革命运动中。”

12月22日 《人民日报》刊登的《甘肃会宁县部分城镇居民到农村安家落户》的报道编者按中，引述了毛泽东关于知识青年要到农村去，接受贫下中农再教育的最新指示。从此，在全国开展了知识青年上山下乡的运动。

12月 中央参加九大代表的名单和预拟名单中，陈云被列入“中央委员、候补中央委员需经讨论提出并请示主席、林副主席批准才能拟作代表的名单”之中。