酸阻断剂的问题

短期副作用有便秘（constipation）、腹泻（diarrhea）、恶心（nausea）、呕吐（vomiting），还会影响中枢神经系统（the central nervous system），引起思维混乱、嗜睡（lethargy）、头痛和头晕。短期使用通常耐受性良好，所以服用者意识不到长期服用的风险。

依赖性

长期使用PPI治疗最严重的风险是依赖性。身体对于抑制胃酸产生的反应是企图分泌更多的胃酸。一旦停药，或者剂量减少，胃酸分泌马上增加，伴随着更加恶化的症状，比如胃灼烧、消化不良，以及嗳气、反胃。由于出现对PPI形成依赖后的戒断反应症状，病人可能会误以为急需进一步用PPI进行治疗。长期使用PPI形成的依赖性非常强。大部分受PPI影响的人很难摆脱这些药物。综合医学医师建议戒断要从缓，同时辅以生活方式改变和其他治疗措施，具体介绍见下一部分。

破坏微生物组

改变胃的酸度会破坏正常的肠道微生物组。长期使用酸抑制药物可能会抑制正常有益的微生物，同时会促使有害细菌过度繁殖。

肺炎

胃酸减少会造成胃部维持无菌环境的能力减弱，增加细菌、病毒和酵母菌存活的几率，增加了患肺炎的风险。

胃肠道感染

胃液酸度减少可能会促使小肠（small intestine）内细菌过度生长，使病人更容易受到艰难梭菌之类的病原体（pathogen）感染而生病。

微量营养素缺失

胃酸对于分解、消化食物和释放营养及维生素的作用巨大。铁和B12的吸收问题可以通过口服补充剂得到解决，但是镁（magnesium）缺乏可能会产生更为严重的后果，包括心律失常（arrhythmias）及癫痫（seizure）发作。

钙（Calcium）吸收困难和骨健康受损

PPI疗法可以阻止钙吸收，导致骨质疏松和骨折。

心脏疾病

长期使用PPI会增加心脏病发作的风险。

肾病

肾炎与PPI的使用有关，它还会增加慢性肾病（CKD）的风险。

痴呆（Dementia）

使用PPI会增加75岁以上患者患痴呆的风险。

药物的交互作用

H2阻断剂会与其他药物发生交互作用，包括抗生素、抗病毒药物（antivirals）和抗凝血剂（anticoagulant）。