三、学科建设与“思政课”互动需要处理好的两个问题
马克思主义理论学科与思想政治理论课具有的内在联系，要求把二者作为一个整体来建设，使二者形成互动、互促的良好循环。要做到这一点，必须处理好这样两个问题。
第一，要避免学科建设队伍与“思政课”教学队伍是“两张皮”的现象。就学科建设本身来说，其自身的性质决定了它的内涵和内容不能和“思政课”教学画等号。学科建设的重点是学科研究，其教学内容也主要是围绕学科研究展开的。而“思政课”的教学的重点是对大学生进行思想政治理论教育，其主要内容是基础理论和知识的教学。这一区别是由学科建设与“思政课”教学各自的性质决定的，对此，应该有准确的把握。但是，学科建设与“思政课”教学的不同性质并不意味着应该由两支不同的队伍来分别从事二者的建设，不能形成从事学科建设的教师与“思政课”的教学无关的格局，也不能使从事“思政课”教学的教师不去参与学科建设。如果出现这种情况，无论对于学科建设还是对于“思政课”教学都是非常不利的，这也背离了把马克思主义理论作为一级学科来建设和“思政课”改革的初衷。
尤其应该指出的是，在马克思主义理论学科建设的过程中，必须要避免以下两种现象。一是要避免在一些学科点的队伍中，过多地存在着与马克思主义理论学科并没有直接关系的教师，或者这些教师本身并不是从事马克思主义理论研究和教学的，他们都有自己的专业研究，却成为马克思主义理论学科点的负责人或主要成员，这样的结果，或者是与马克思主义理论学科建设本身的要求不相符合，或者是偏离马克思主义理论学科建设的方向。无论是哪一种情况，都不利于马克思主义理论学科的建设，也不利于“思政课”的教学和改革。二是要避免报学科点的时候整合了全校的力量，师资队伍的实力雄厚，但在建设学科点的时候队伍分散，不能集中全校的力量。这就形成了学科点建设名义队伍和实际队伍的巨大反差。这种情况直接影响到马克思主义理论学科点的建设，也使学科建设与“思政课”教学相脱节。
这些情况虽然是表现为学科点建设中的问题，但实质是学科建设与“思政课”教学的师资队伍没有统一的问题。要从根本上解决好这一问题，必须使从事马克思主义理论学科建设的队伍同时也是从事“思政课”教学的队伍，只有在队伍上统一了，才能真正处理好学科建设与“思政课”教学的关系，才能把这二者作为一个整体来建设。也就是说，要解决好学科建设与“思政课”教学不相脱离的问题，前提是解决好队伍的统一问题。
当然，强调学科建设与“思政课”教学的队伍统一，其实质是要使这两支队伍能够更好地融合和贯通，而并不是把两支队伍完全画等号。学科建设更多的是要依靠学科带头人，由学科带头人来规划和组织实施。“思政课”建设要依靠广大教师，每一个教师都是“思政课”建设的主体。因此，作为“思政课”教师来说，必须要全身心地投入到“思政课”的建设中；作为“思政课”的学术骨干，还必须投入学科建设，以学科建设推进“思政课”的建设，同时又以“思政课”的建设促进学科建设。从指导思想上理顺了队伍的统一关系，也就为实现学科建设与“思政课”建设之间的良性循环奠定了队伍基础。
第二，要避免学科建设研究方向与“思政课”教学内容相脱节的现象。马克思主义理论学科建设是否把“思政课”的课程安排和教学内容作为重要的研究方向，是衡量是否把学科建设与“思政课”教学作为整体来统筹的重要体现之一，也是检验学科建设是否直接服务于“思政课”教学的重要指标。这一基本思想应该贯穿于学科建设的各个环节，具体主要体现在这样两个方面：一是学科专业点研究方向的设置；二是研究生论文选题的确定。前者是关系到学科建设方向的问题，后者是关系到学科培养人才的问题。但从目前的情况来看，在这两方面都还存在着不少的问题。
从学科专业点的研究方向来看，比较普遍地存在着马克思主义理论学科建设的方向与自身的学科性质以及“思政课”教学的内容相脱节的现象。主要表现为学科点设置的研究方向不合理，不少研究方向的设置比较窄，过于偏向于其他社会科学的专业，有的专业方向的设置甚至和马克思主义理论学科与“思政课”教学根本无关。与此相联系的是学科专业点的课程设置也存在着与马克思主义理论学科和“思政课”教学内容距离过大的问题，特别是一些核心课程的设置缺乏规范性，不能很好地反映马克思主义理论学科建设的基本要求。这样的专业方向和课程设置既不符合学科专业本身发展和建设的要求，也不利于对“思政课”教学提供实际的支持。
从学科点的研究生论文选题来看，同样存在着学科点培养的硕士、博士生的论文选题与马克思主义理论和“思政课”教学内容相脱节的现象，学生没有把与马克思主义理论和“思政课”教学相关的问题作为研究的对象，导师也没有指导学生去研究这些问题，这样不可避免地会出现研究生的论文选题与马克思主义理论和“思政课”教学的内容没有直接的关系的问题，有些研究生确定的论文选题根本不能体现马克思主义理论学科的性质和要求。这样的状况一方面会导致马克思主义理论学科培养的学生不能很好地体现本学科的特点，甚至偏离学科培养的目标；另一方面，这种状况会对学科的发展产生不利的影响，人们会对马克思主义理论学科建设的内涵和目标产生种种疑问。
总之，在学科建设与“思政课”教学的相互关系中，重要的是把握好学科建设的定位，把服务于“思政课”的教学作为重要的任务，使马克思主义理论学科建设和“思政课”教学在改进和加强高校思想政治理论教育这一目标的实现过程中发挥更大的作用。