不论南方北方、室内室外，空气中飘散的真菌孢子终年不断，这是一种非常常见和重要的室内外变应原。真菌喜欢在阴暗、潮湿、通风差的室内环境中生长，房间内的空调、湿化、取暖系统等常为真菌的存在提供了赖以生长的环境，也促进了真菌的生长，增加了空气传播的危险性。真菌主要以菌丝和孢子的形式存在，它们都能够引起过敏，其中以孢子的致敏性最强，当这些真菌变应原飞散在空气中，就会诱发支气管哮喘发作。最常见的室内真菌是青霉菌、曲霉菌、支链孢菌属和念珠菌属。