功能性便秘的病理生理学机制尚未完全阐明，可能的机制包括：

（1）结肠传输延缓，表现为全结肠传输延缓或某段结肠传输延缓。

（2）结肠动力异常：功能性便秘患者结肠动力指数下降，表现为结肠对觉醒和进餐引起的胃结肠反应明显低于健康人。

（3）小肠动力异常：部分患者可能同时还存在小肠、胃和胆囊功能异常。

（4）肠神经系统的改变：正常的结肠动力有赖于平滑肌、肠神经系统和脑肠轴的功能正常，慢传输型便秘的发生可能与肠神经元及神经递质异常、Cajal间质细胞和肠神经胶质细胞减少有关，还与结肠黏膜氯离子通道功能障碍有关，氯离子通道与跨上皮细胞膜的氯离子和液体转运有关。

（5）腹肌、直肠、肛门括约肌和盆底肌肉不能有效地协调运动，直肠推进力不足，感觉功能下降，从而导致直肠排空障碍，这是排便障碍型便秘患者的主要机制。

（6）精神心理因素。