多数患者对质子泵抑制剂的耐受良好，不良反应多为轻度和可逆，常见的有头痛、腹泻、便秘、腹痛、恶心、呕吐、气胀等，偶有头晕、嗜睡、肝酶升高、皮疹等。

在临床试验中已确定或怀疑质子泵抑制剂相关的副作用包括：

（1）过敏反应及休克，有相关表现者应立即停药，并进行妥当处理。

（2）血液系统：比较少见，可出现血细胞减少，如粒细胞减少、溶血性贫血、血小板减低等，如发生应立即停药。

（3）皮肤：皮疹、瘙痒等，偶可见中毒性表皮坏死、史蒂文斯-约翰逊综合征等。

（4）肝功能损伤：黄疸、肝酶升高等。

（5）神经系统：头痛、头晕、嗜睡、失眠、感觉异常等。

（6）其他：低镁血症，少见间质性肾炎、肺炎等。