胃酸的存在使胃内环境不适合大多数病原微生物的生存，从而为身体提供了重要的非特异性保护，而质子泵抑制剂的抑酸作用则破坏了这一屏障，可能会导致感染的风险增加。研究表明，质子泵抑制剂治疗是肠道难辨梭状芽孢杆菌感染的危险因素，在易患患者（多为免疫功能低下者）中的应用需谨慎；短期应用质子泵抑制剂者社区获得性肺炎的风险增加，但长期应用者该风险并不增加。