自开展血吸虫病防治工作以来即建立起来的血吸虫病疫情报告制度，形成了一整套血吸虫病防治工作报表系统，实行自下而上的逐级、按时（每月、每年）统计上报，用以掌握血吸虫病疫情和防治工作进展。1985年中央血防办撤销后，全国血吸虫病防治工作移交卫生部负责，每年召开全国血防工作报表数据工作例会，将各省上报的报表数据进行统计、汇总、分析及编辑成册。1992～2001年期间，实施“世界银行贷款中国血吸虫病控制项目”，每年通过疾病控制和疾病监测系列报表数据来监测项目执行情况。1999年起，卫生部每年通过《中国血吸虫病防治杂志》公开发表“全国血吸虫病疫情通报”，报告血吸虫病流行态势与防治进展，分析存在问题与面临挑战，这一惯例延续至今。2002年起，全国血吸虫病防治工作报表正式由中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所负责汇总与审定。2011年6月起，全国血吸虫病防治工作数据正式通过网络报送，实现了从纸质报表到电子报表的提升转化，达到了血防信息数字化和网络化管理。

国家法定报告传染病监测系统自2004年1月1日起正式启动，血吸虫病作为乙类法定报告传染病也纳入该系统，直接进行法定传染病的报告（简称“网络直报”），迄今已基本实现了血吸虫病病例（特别是急性病例）从县级到国家通过计算机网络的实时报告与管理，改变了以往长期采用的手工方式实施监测、层层报告和逐级审批导致疫情信息严重滞后的落后模式。

由于基层血吸虫病防治单位是独立于医院及疾病预防控制机构的单列机构，因此血吸虫病网络直报系统对于慢性及晚期血吸虫病病例的报告不完善。随着血吸虫病防治工作的深入开展，各级防治机构积累了大量的疫情数据和防治工作资料，传统的信息管理方式和单一的病例报告制度已不能满足当前防治工作的需求。随着国家网络直报信息网的建立，也使得血吸虫病防治信息的网络报告和现代化管理成为可能。2009年在卫生部疾病控制局的领导下，中国疾病预防控制中心组织开发了“寄生虫病防治信息管理系统”，其中血吸虫病防治信息管理系统是其子模块之一，用于各级血防机构开展急性和晚期血吸虫病病例调查核实登记、防治和监测等工作任务的管理和信息采集，并可对上述信息数据开展查询统计和生成各类统计报表。该系统经过2年的研发及试运行，于2011年6月在全国12个血吸虫病流行省（直辖市、自治区）正式运行，血吸虫病监测系统全面实现监测指标多元化、信息网络化，从而实现了高效正确的信息反馈机制；实现了及时、全面、准确地掌握全国血吸虫病流行动态和趋势及评价不同干预措施在不同流行类型地区防治效果的目的。