钉螺由外壳和软体两部分组成。软体包括头、颈、足、外套膜和内脏囊。内脏囊内包裹了感觉器官、神经系统、肌组织系统、呼吸系统、排泄系统、循环系统、消化系统、生殖系统等。

呈长圆锥形、右螺旋状。有的较细长，有的较粗短。长度一般不超过10mm，宽度不超过4mm。湖沼和水网地区的钉螺壳表面纵肋明显，称为肋壳钉螺。山丘地区的钉螺壳表面纵肋不明显或无纵肋，称光壳钉螺。钉螺壳口呈卵圆形，周围完整，略向外翻。钉螺的螺旋是从壳顶开始从左向右顺时针方向旋转，一般为6～9个，属于右旋螺。如把钉螺壳顶向上，壳口面向观察者，可以发现其壳口偏向螺轴的右侧，这一方法常用于判断螺类的旋向（图4-1）。成螺在壳口外唇的后面，紧靠外唇有一条特别肥厚的隆起，称唇脊。个别地区的钉螺，该部隆起不明显，只有乳白的颜色。

为角质，较透明，附于螺足后面，卵圆形，系螺体缩入螺壳后封闭壳口的小盖。

钉螺的软体由头部、颈部、足部、外套膜和内脏囊等组成。

钉螺头部位于软体前端，为螺体前部的主要部分，形似圆柱，具有一个嘴，一对触角和一对眼。在眼的上方或内侧靠近触角基部，有金黄色的色素颗粒分布于皮下，称假眉。钉螺活动时，可连同足部伸出壳外；而当钉螺爬行时，头位于壳口下面。

钉螺颈部向前连接头部，向下与足相连，向后与内脏囊相连。颈部比较肥大，且富有伸缩性，能上下左右运动，平时常被外套膜遮盖。雌螺颈部的外表完全是光的，而在雄螺则有阴茎盘曲于颈部背面，可借以分辨钉螺的性别。

钉螺足部位于头颈部腹面，除与头颈相连外，后部还和厣相连，活动时常随头部伸出壳外，作为运动工具。

钉螺外套膜位于体螺旋内，紧贴壳壁，前端游离并向外开口，是由内脏囊向前延伸折叠而成，分为内外两层。外膜由壳口处沿壳壁向后与内脏囊相连，内膜在壳口处紧贴外膜向后，到颈、足后方转折向前，并与颈、足皮肤相连。内膜和外膜在壳口处连接，形成外套缘。

钉螺内脏囊位于外套膜后部，与外套膜相连，其内包藏内脏。正常情况下，钉螺内脏囊与螺壳间有空隙；感染血吸虫的钉螺，空隙因血吸虫幼虫寄生致使消化腺肿大充满空隙而消失。

包括皮肤、触角、眼、嗅检器和平衡囊等。皮肤司感觉，特别是身体的前部、头和足的边缘感觉更为灵敏。触角为头部假眉两侧一对细长可收缩的软体物，主要功能是司触觉。眼为触角基部外侧一对圆球形小泡，为视觉器官。嗅检器位于外套膜腔内鳃的左侧，主要功能是检验流入外套膜腔内水流的质量。平衡囊位于足神经节内侧，专司体位平衡作用。

比较复杂，由一对脑神经节、一对足神经节、一对咽下神经节、一对胸神经节、一个肠上神经节、一个肠下神经节、一个内脏神经节组成。

主要由壳轴肌、中轴肌组成。前者司头、颈、足向螺壳内外做伸缩运动，后者司收缩头球、齿舌、吻嘴作用。

钉螺的呼吸器是鳃，位于螺体前面颈部左侧的鳃囊内，由许多鳃叶并列组成，鳃外包被鳃囊。

钉螺的主要排泄器官是肾，形同手套，位于胃、肠、鳃和心脏之间，以小管开口于鳃囊。

由心脏（一个心房、一个心室、围心腔）、主动脉、静脉等组成，其中有丰富的无色或浅蓝色血液，含变形细胞及呼吸色素，没有红细胞和白细胞。

主要由消化器官和消化腺组成。消化器官主要包括口、口球、齿舌带、咽、食管、胃、肠和肛门。消化腺主要为唾液腺和肝脏，而肝脏是日本血吸虫子胞蚴寄生的地方。

为雌雄异体。雌性生殖系统由卵巢、输卵管、受精囊、交接囊、精输入管和副腺等器官构成。雄性生殖系统由睾丸、精囊、输精管、前列腺和阴茎等器官构成。雌雄钉螺交配后在体内受精。