五运六气是集天地生于一体，以五运阴阳为纲，在形成整体统一的时间医学体系中具有非常重要的地位，对现代时间医学的发展亦具有重要的指导作用。从时间医学角度来看，阴阳五行是日月五星与生命和人体周期节律变化的高度概括。五行理论和运气学说的“上应五星”与木火土金水五大行星之间有对应关系，现代时间医学的发展可借鉴五运六气时间医学模式，以尽快地完善起来。

五运六气学说选择了宣夜说为宇宙理论，宣夜说在天文学发展史上占有十分重要的地位。

五运六气学说运用了三种坐标系观察天象，采用的是古今天文学常用的真地平坐标系、赤道坐标系和黄道坐标系，其特点是采用干支五行来标度真地平参考系，并通过与真地平参考系的映射关系来确定其他两种参考系的标度。

五运六气是古人仰观天象，俯察地理，授时纪历的科学符合系统。五运六气学说所用的天气、地气指不同高度的大气。较高空间的为天气，受宇宙天体的影响大，为现代意义的“气团”或“天气系统”；近地面的为地气，为现代意义的各种类型的小气候、微气候。五运六气的主气、主运、客气、客运、司天在泉等具有气象观察和实测为依据。

五运六气正确反映了物候学定律如年度循环律和随气候转移律。后者为异常的“候应”现象，五运六气中对物候的高低地势差异、东西差别、阴阳盛衰的论述完整地表达了现代物候学中的霍普金定律（Hopkins’bioclimatic law）。

在《内经》运气学说中包含着丰富的地理环境方域气候的不同，地质条件土壤水质等差别与生物人体相关的内容。并已注意到了环境与诊断、地域差别与人体用药剂量的不同及地理环境对中药性能的影响，因而又有“因地制宜”的思想产生。在自然灾害方面论述了大量的风暴、山洪暴发、水灾、虫灾及地震等丰富的内容，物候受到的影响及人体发病和流行病的情况。

《内经》运气七篇大论中最丰富的内容还是对人体发病规律的论述。如五运的木火土金水、六气的风寒暑湿燥火的节律异常变化对应于人体的五脏和三阴三阳六经六腑随之变化而发生各种各样的疾病。五运致病、六气致病、胜气复气致病、郁气发作致病等，均有时间节律。

《内经》七篇大论中的五运六气学说以系统的方法，把人体放到天文（日月五星）、气象（风寒暑湿燥火）、地理环境（东南西北中）及物候（五谷、五果、五畜、五虫）的自然环境背景中进行考察，把古天文、历法、气象、物候、生物、医学、数理逻辑学等多种学科知识综合在一起，把疾病流行周期与天文历法统一起来，以时间为轴线，以五运阴阳调控运转机制为纲，建立了以五运六气历法、干支序列形式的系统控制程序，形成了自然体系、独具特色的“五运六气时间医学模式”。

通过对五运六气的深入研究，不难看出“阴阳五行”这一概念不仅是哲学意义上的说理工具，也是来源于古人对日地月和五大行星相互运动对应关系周期序列的总结，是昼夜四时阴阳变化、地理生物的五运六气节律的高度概括。阴阳的消长、对立转化、五行的相生相克包含着控制论原理。阴阳五行对时空、天文、气象、物候及人体脏腑概括形成的阴阳五行模式包含着系统论原理。

现代时间生物医学对生长节律及其应用上做了大量的研究，但对产生这些节律的环境背景和生物节律与外部环境的周期性变化的相关性（如太阳系日月行星、银河系等天文因素对地球气象和生命的影响）缺乏探讨，离五运六气时间医学模式还相差很远。五运六气无论是丰富的时间内容，还是其具有系统论思想的独特的时间医学模式，对现代时间医学的发展有着重要的指导作用。换句话说，现代时间医学也应该借鉴具有系统论思想、集天地生于一体的五运六气时间医学模式的优点，使自己完善起来。