全身播散性隐球菌病是指至少累及2个非连续性部位的隐球菌病。

心、睾丸、前列腺、眼部等常可波及，肾脏、肝、脾、淋巴结等部位也可发生。有时通过蛛网膜下腔可直接侵及眼或通过血行播散而入眼色素层、视网膜、晶状体等。个别情况下可侵犯心脏，引起心内膜炎。儿童肺部隐球菌病多与其他部位的隐球菌病同时发生，有时当其他器官发生隐球菌病时，肺部病变已消散。在没有肺部或CNS感染的情况下，很少发生其他部位的隐球菌病。15%的播散性隐球菌病患者可出现隐球菌性皮肤病，最常见于HIV患者，表现为丘疹、脓疱、紫癜、溃疡、蜂窝织炎、表皮肉芽肿或斑块、脓肿和窦道形成。AIDS患者可出现类似于传染性软疣的脐型丘疹，移植受者可见蜂窝织炎而无播散性感染的证据。尽管大部分隐球菌性皮肤病由播散性感染所致，但也可发生直接接触所致的原发性皮肤感染。骨骼系统隐球菌病少见，在播散性疾病患者中的发生率<10%。椎骨是最常受累的骨骼部位。影像学检查可发现类似于恶性肿瘤的局限性溶骨性病变。隐球菌性化脓性关节炎少见，除非为了诊断，一般不需要进行关节引流。近年来发现隐球菌可侵犯肝脾和腹腔淋巴结肿大。淋巴结可坏死融合，形成腹腔包块，坏死的淋巴结可发生钙化，与结核病极类似。

对于隐球菌血症或播散性疾病，治疗与中枢神经系统隐球菌感染相同。