曲霉广泛分布于自然界，可存在于土壤、空气、植物、野生或家禽动物及飞鸟的皮毛中，也常见于农田、马棚、牛栏、谷仓等处。可寄生于正常人的皮肤和上呼吸道，但一般正常人对曲霉有一定的抵抗力，不引起疾病。曲霉病大多为继发性，当机体抵抗力降低时，致病菌主要经呼吸道侵犯肺部，也可侵犯皮肤、黏膜。严重者可发生败血症，使其他组织和系统受累。近年来发现一些曲霉可致癌。过敏体质者吸入曲霉孢子可触发IgE介导的变态反应引起支气管痉挛。

正常健康人吸入曲霉可不致病，但若机体抵抗力下降则容易发病。该病多在糖尿病、血液病、恶性肿瘤、大面积烧伤、严重营养不良或其他慢性消耗性疾病的基础上发生，或因长期应用抗生素、糖皮质激素、免疫抑制剂而诱发。也常继发于支气管扩张、空洞性肺结核、肺囊肿、肺脓肿、肺癌等结构性肺病。

肺移植患者所有真菌感染中肺曲霉感染占44%，实体器官移植后肺曲霉病发病率约为21%，造血干细胞移植肺曲霉病的发病率国内报道为14%～25%，美国为31%。2011年由刘又宁教授牵头进行的我国大规模的多中心研究结果显示，在非血液恶性疾病患者的肺真菌病依次为肺曲霉病180例（37.9%），肺念珠菌病162例（34.2%），肺隐球菌病74例（15.6%），肺孢子菌病23例（4.8%），肺毛霉病10例（2.1%），肺马内菲青霉病4例，组织胞浆菌病2例。但总的来讲，目前肺曲霉的发病率尚缺乏准确的统计数据。

全球范围内，结核感染是慢性曲霉病最常见的危险因素。早期英国研究发现，结核治疗后痰液结核分枝杆菌阴性1年的患者中，14%的患者检测出曲霉；痰液结核分枝杆菌阴性4年的患者中，22%的患者检测出曲霉。而痰液结核分枝杆菌阴性1年的患者中，曲霉抗体阳性率为25%。这些研究结论尚有被低估的可能性。研究指出，全球范围内继发于结核的慢性曲霉病患者可能多达120万人。在条件较差的医院中，慢性曲霉病可能被误诊为既往结核治疗的并发症，部分患者可能被误诊为结核复发，因为慢性曲霉病与结核的症状非常类似。