分布在人体上的腧穴很多，经过历代医家不断地用“分部”或“分经”的方法，进行了多次整理，其分类方法多种多样，如按部位分类就是其中的代表。目前，多采用将腧穴大体上分为阿是穴、十四经穴、经外奇穴和耳穴4类。

凡归属于十二经脉、任脉和督脉的腧穴，称之为“十四经穴”，简称“经穴”。这些腧穴因分布在十四经脉循行路线上，十二经脉的腧穴均为左右对称的双穴，任脉和督脉的腧穴，均为单穴。因为十四经穴与经脉关系密切，所以具有主治本经病证的作用，同时能反映十四经及其所属脏腑的病证。

经穴的数目，随着人们的医疗实践，也经历了一个由少到多的过程。从《内经》论述针灸治疗时看，往往只举经名而不及穴名，即以经络概括腧穴。关于经穴的数目，《内经》有365穴之说，这是个约数，但实际上去掉重复，根据现存版本统计实数，仅有160穴左右。之后《甲乙经》录《明堂孔穴针灸治要》，用分经分部方法，详载穴名、定位，单穴49个，双穴300个，共计349穴。继之《千金翼方》所载与《甲乙经》相同。到宋代王惟一著《铜人腧穴针灸图经》增加了单穴灵台、腰阳关（均原出自《素问》王冰注），以及双穴膏肓俞、厥阴俞（均原出自《千金方》）、青灵（原出自《圣惠方》）等五穴，使总数达到354穴。而后《针灸资生经》《针灸大成》等书又在此基础上增加眉冲（原出自《脉经》）、风市（原出自《肘后备急方》）、督俞、气海俞、关元俞（均原出自《圣惠方》）五穴，总数已为359穴；以后《医宗金鉴》去眉冲一穴，补中枢、急脉二穴（均原出自《素问·气府论》王冰注），使总数达到360穴；最后，清代李学川著《针灸逢源》在《医宗金鉴》基础上又复增眉冲，将总数扩展到361穴，现代学术界一般均以361穴为准。现将历代具有代表性的针灸医籍及其所载经穴总数汇表如下：

在十四经穴中，某些腧穴具有相同或近似的性质和作用，古人因而将其归属于不同的类别，并有属类的称号，这些腧穴，近人称为“特定穴”。内容包括四肢肘、膝以下的五输穴、原穴、络穴、郄穴、八脉交会穴、下合穴，胸腹部的募穴，背腰部的背俞穴和在四肢躯干部的八会穴及交会穴。

经外奇穴是指没有归属于十四经，但具有固定的名称、位置和主治等内容的腧穴，简称“奇穴”。这类腧穴多数对某些病症有特殊的疗效，所以《灵枢·刺节真邪》称“奇输”。如百劳穴治疗瘰疬、四缝穴治疗小儿疳积等，也可以作为经穴的补充。

经外奇穴是与十四经穴相对而言，但这并不完全表明经外奇穴的出现在时序上都一定晚于十四经穴。如《内经》中尽管没有提出“经外奇穴”这一名称，但有不少不同于经穴的记载，如“诸疟而脉不见，刺十指间出血，血去必已”等。这些都可看成是早期的经外奇穴。

历代文献有关奇穴的记载很多，如《备急千金要方》载有奇穴187个之多，均散见于各类病证的治疗篇中。《奇效良方》（简称《奇效》）专列奇穴，收集了26穴。《针灸大成》便专列“经外奇穴”一门，载有35穴。《类经图翼》也专列“奇俞类集”一篇，载有84穴。《针灸集成》（简称《集成》）汇集了144穴。近年《针灸经穴图考》记载奇穴622个，《中国针灸学》记载32个。这说明，历代医家对奇穴是颇为重视的。

奇穴的分布虽然较为分散，有的在十四经循行路线上，如印堂、阑尾、胆囊等；有的虽不在十四经循行路线上，但却与经络系统有着密切联系，如太阳与三焦经相关，鼻通与胃经相系；有的奇穴并不指某一个部位，是由多穴位组合而成，如十宣、八邪、八风、华佗夹脊等；有些虽名为奇穴，其实就是由经穴组成的，如胞门、子户，实际就是水道穴，《针灸聚英》以胆俞、膈俞双侧四穴为“四花穴”，将左右心俞二穴称为“灸痨穴”，等。奇穴的主治一般比较单纯，如四缝治小儿疳积、二白治痔疮、腰奇治癫痫等。

凡以病痛局部或与病痛有关的压痛（敏感）点作为腧穴，称为阿是穴。阿是穴中的“阿”，为呼喊声。因医生按压痛处时，病人会“啊”的一声，故名“阿是”。

“阿是”之称首见于唐代《备急千金要方》中：“有阿是之法，言人有病痛，即令捏其上，若里当其处。不问孔穴，即得便快成（或）痛处，即云阿是，灸刺皆验，故曰阿是穴也”。因阿是穴没有固定的部位，故《神应针灸玉龙经》（简称《玉龙经》）又叫“不定穴”，《医学纲目》称“天应穴”。其名虽异，而其义皆同。溯本求源，乃始自《内经》中所言之“以痛为输（腧）”，即阿是穴的最早应用。如《素问·缪刺论》说：“疾按之应手如痛，刺之。”《素问·骨空论》还说：“切之坚痛，如筋者灸之。”《灵枢·五邪》说：“以手疾按之，快然乃刺之。”说明或痛、或快然、或有特殊感应之处，都是阿是穴之意。这类腧穴既无具体名称，也无固定部位。近代有研究表明，脏腑器官病变在身体的某些部位会出现感觉过敏或压痛，刺激这些部位，又可以使患病的脏腑器官得到改善，甚至痊愈。因此临床上正确使用阿是穴，对于提高疗效有着一定的意义。

历代医者，寻找阿是穴，归纳之，不外有痛感处即是阿是穴（如《素问·举痛论》：“寒气客于肠胃之间，膜原之下，血不得散，小络急引故痛，按之则血气散，故按之痛止”，说明以痛感为腧穴），以按压之有快感、舒适感者亦为阿是穴（如《灵枢·五邪》：“邪在肺，则病皮肤痛……背三节五脏之傍，以手疾按之，快然，乃刺之”），其他尚有按之热感，还有酸楚、麻窜的特殊感觉皆是阿是穴。

凡分布于耳廓上的腧穴，概称耳穴。耳与脏腑经络有着密切的关系，当内脏或躯体有病时，往往会在耳廓的一定部位出现压痛，或见丘疹、脱屑、变色、变形和皮肤导电量改变等。人们可以利用这些现象作为诊断疾病的参考，也可以通过对耳穴的刺激起到治疗疾病的作用。耳穴的名称是根据各脏腑组织反应在耳廓上的相应部位而命名的。一般来说，与头面相应的耳穴在耳垂；与上肢相应的耳穴在耳舟；与躯干相应的耳穴在耳轮体部；与下肢相应的耳穴在对耳轮上、下脚；与内脏相应的耳穴多集中在耳甲艇和耳甲腔。GB/T13734-2008国家标准，规定了91个耳穴的名称及部位。