肺内感染诊断首先必须同上呼吸道感染及下呼吸道感染区分开来。呼吸道感染虽有咳嗽、咳痰和发热等症状，但各有其特点，上、下呼吸道感染无肺实质性浸润。

参照2001年中华人民共和国卫生部颁发的医院感染诊断标准。患者一般情况差，营养不良，长期卧床，出现发热，咳嗽、咳痰或有痰无力咯出，X线胸片和（或）肺部CT证实肺纹理增多紊乱，伴有斑片状密度影，实验室检查血常规WBC > 10×10 ⁹/L，中性粒细胞比例> 70%。其中，患者入院48小时前发病者归为社区获得性肺内感染，入院48小时后发病，并经痰或咽拭子培养出病原菌（如铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯菌、白色念珠菌等），归为医院内获得性肺内感染。