侵华日军细菌战部队是在1931年“九一八”事变的同时组建的。它和原随军的防疫给水部队混编在一起，既是用细菌战为攻，也是以给水为防的掩护，编制到军、师、旅、团级，遍布到各地战场。据日军第五十九师团防疫给水班的班长林茂美在供词中说：“防疫给水班表面上是防疫和检查水质，实际上是散播细菌的”，日军军医少佐石井四郎在美军的“审问记录”中供认，在1938年时，在18个师团里建立了他的组织，在各战场上活动，以后又补设了机动性部队，据知在中国从事细菌武器研究和使用的日本陆军总人数已达到两万余人。石井最早于1930年在东京陆军军医学校任教官时就组建了细菌战研究室，1933年在五常县建立了“中马城石井细菌战部队”。1938年正式迁址至哈尔滨，在那里建立了一个极其秘密和庞大的细菌战研究基地，即第731细菌战部队，对外称关东军防疫给水部队。在安达、陶赖昭、城子沟设立了人体靶场和飞机场。又在林口、孙吴、海拉尔、牡丹江和大连设立了5个直属支部，总人数为3000人。随着战局的扩大，日军在我前北平天坛中央防疫处原址建立了华北细菌部队，即第1855部队，对外称“北支那防疫给水部队”。这个部队下，又在济南、太原、天津、青岛、开封、保定、石家庄、张家口、大同、包头、临汾、运城、新乡等地设立14个支部。在南京原中央陆军医院和中央卫生实验院（现南京军区总医院）建立了华中细菌部队，荣字第1644部队。在此部队下，九江等地又设有12个支部人员约1500人。在广州原中山大学医学院原址设立了华南细菌部队即波字8604部队。还在新加坡设立南洋细菌部队即威字9420部队。

据我国卫生署快邮代电说：1942年6月间在绥远发生的鼠疫，确系日军施放细菌攻势毒我兵民。总计两个月间发现疫区22处，百姓死287人，军人还不计算在内。

据被俘日军中尉中队长菊池修供认，1942年7月日陆军第一军细菌组人员在山西五台县投放了带鼠疫菌的老鼠，以后鼠疫就迅速蔓延，在短期间有48人发病，35人死亡。

据黄绍竑于1940年12月5日致电蒋介石说，上月二十八日敌投物，在严密查验下，辨明系鼠疫杆菌。

据顾祝同于1940年12月6日致电蒋介石说：查敌机近在浙江省散播鼠疫菌，则以后继续散播传染堪虞。

据卫生署长金宝善于1943年3月13日致行政院呈文中说：两年来敌寇在浙、湘两省利用飞机散布鼠疫病原，以致鼠疫时有流行。曾用英语向世界人民发出公告。

陆涤寰教授参加了浙江发生鼠疫的调查，证明了敌投的跳蚤都是传播鼠疫的印度鼠蚤（X. cheopis今译作印鼠客蚤——编者注）。人病是在敌投后不久就发生的。

卫生防疫处处长容启荣报道，1940年10~12月在宁波和衢县发生的鼠疫与敌投异物有关，死118人。

1941年11月4日敌机又在湖南常德上空投下鼠疫跳蚤，鼠疫学专家陈文贵、伯力士、细菌学专家林飞卿、流行病学专家张维、石茂年、林竞成等教授参加了调查。证实这次的人间鼠疫流行是由于带鼠疫菌跳蚤随同谷麦等物由敌机掷下后发生的。

侵华日军于1940—1945年曾多次出动飞机散布感染鼠疫杆菌的跳蚤和老鼠，据不完全统计，共侵袭了我国的浙江、江西、湖南和黑龙江4省的12个县（市），共计造成1814人发病，1666人死亡，见表2-4-1。其中，在浙江省的6县（市）内，1940—1948年间连续流行9年，共发生鼠疫病人1256人，死亡1176人；在湖南省2县（市），1941—1942年间，共发病106人，死亡96人；江西省3县（市）内，1942、1946、1947年，共发病246人，死亡200人；黑龙江省，1945年日本在投降前夕，为了掩盖其罪证，将设在哈尔滨市平房地区的“七三一部队——细菌工厂”炸毁，使大批染疫鼠、蚤逃窜，引起1946—1954年间连续流行人间鼠疫，共发病206人，死亡194人。