眼的胚胎发育原基出现在前神经孔闭合之前，在胚胎发育第5周，于前脑泡形成一对眼沟，眼沟向外胚层表面生长形成左右眼泡。眼泡的远端逐渐内陷形成双壁的眼杯，同时贴近眼泡的外胚层上皮变厚形成晶状体，包裹眼杯及晶状体周围的间充质，分化为眼球壁的外膜（包括角膜、巩膜）和中膜（包括虹膜、睫状体、脉络膜）。眼球前部的皮肤皱褶形成眼睑。至此，眼的基本结构形成（约第8周）。

胚胎发育至第4周时，原始口腔周围形成5个突起:1个额鼻突，位于上方正中；2个上颌突，居于上方两侧；另外2个是下颌突，占据下方全部。胚胎发育至第5周时间，在额鼻突的两侧形成一对鼻原基，鼻原基内、外两侧高起形成左右内侧鼻突和左右外侧鼻突，两侧内侧鼻突逐渐向中线及下部方向移行，到第7周在眼的下方、中线处融合形成鼻中部结构，包括鼻小柱和上唇人中。外侧鼻突和上颌突融合形成鼻侧部及鼻翼，内侧、外侧鼻突在下方围成鼻孔。因此鼻原基最初位于眼水平或以上，在其发育过程中逐渐向中线和下部方向移行，最后在眼水平以下中线处相互融合而形成鼻。了解这一过程对某些面部畸形如前脑无裂畸形的面部畸形更易理解。

唇与腭在胚胎7~12周时形成。两侧上颌突向中线方向生长与内侧鼻突向下生长并融合成人中的球状突相互融合形成上唇。两侧下颌突向中线方向生长并在中线融合形成下唇、下颌骨、牙及下颌软组织。上颌突与下颌突相联合形成口角部。

腭从内侧鼻突的球状突和上颌突的腭突发育并融合而成。两侧球状突形成前颌突，两者在中线融合形成原发腭，原发腭仅为硬腭前方小部分，向后以切牙孔为界，前方包括4个切牙的牙槽骨。两侧上颌骨的腭突向中线生长融合，向前生长在切牙孔处与原发腭融合形成继发腭。继发腭形成腭的大部，包括大部分硬腭、尖牙以后的牙槽骨和全部软腭。当腭发育完全后，在原发腭和继发腭之间形成一弓形融合线，此线的垂直线为两侧继发腭之间的融合线，从切牙孔向后延伸至悬雍垂。

耳廓主要在胚胎第5~18周发育，其中85%来自第一鳃弓，15%来自第二鳃弓，第一或第二鳃弓发育障碍均可导致耳廓形态、大小、位置的变化，引起外耳畸形。胚胎发育到20周后，外耳形态特征相对固定，不再因发育问题而导致畸形。外耳道畸形为先天性耳廓和外耳道发育不良，包括外耳道闭锁、狭窄。

下颌骨分为体部和升支。是由第一对鳃弓内Meckel软骨外围的结缔组织骨化而来；两侧第一鳃弓分别生长出一个下颌突，左、右下颌突逐渐向中线方向生长、发育、移行，最终在口凹的下方中线处相互融合形成下颌骨及下唇。

胚胎第4周初，前肠头端即原始咽部的内胚层壁与表面外胚层间隔有一层中胚层，此后中胚层迅速增殖，在前肠侧壁排列成6条棒状隆起，这些隆起由背侧斜向腹侧，并在原始咽的底部与其对侧之棒状隆起相互融合形成鳃弓。相邻两鳃弓之间的外胚层向内凹陷形成鳃沟，与此同时，咽外侧壁处的内胚层向外突出5对囊状结构，其位置恰与鳃沟相对，为咽囊。第一鳃弓称下颌弓，第二对鳃弓称为舌骨弓，第三、四及第六对鳃弓无特殊命名，而第五对鳃弓出现不久即很快消失。每一对鳃弓的中胚层将形成下列一些结构，软骨和骨骼、横纹肌、动脉弓、神经。

第一咽囊扩大形成咽鼓管隐窝并包绕中耳一些小骨。第二咽囊大部分形成腭扁桃体而闭塞，小部分仍残留小窝，称扁桃体窝。第三咽囊形成胸腺原基与上甲状旁腺，随着尾端方向延伸迁移，甲状旁腺与胸腺分开，前者迁移至甲状腺背侧。第四咽囊形成下甲状旁腺并迁移至甲状腺背侧。第五咽囊在人胚仅为一残基组织，它不久即消失或渗入第四咽囊作为腹侧部的一个憩室。