熙宁九年（公元1076年），王安石推行新法，新法的诸多内容和措施与医学教育和医疗卫生行业相关。

1. 设立太医局，独立于执掌典礼的太常寺，专门管理医学教育，医药和治疗事务则由翰林院医官主管。一改唐代太医署三位一体的机构建制。

2. 变法规定医学校的行政组织、学生待遇仿太学立法。这一改革措施，使医学教育突破了以往附属于政府医疗机构的次等地位，医学校在中国医学教育史上第一次纳入了国家官学系统。

王安石变法的一项重要措施就是创立“三舍升试法”，以克服科举之弊端。改革的基本措施是，医学生以300名为额，其中，外舍生（低年级）200人，内舍生（中年级）60人，上舍生（高年级）40人；外舍生经月考、年考，合格者升内舍，内舍生经考试合格者升上舍。优等者奖以官禄，劣等者予以处罚，直至退黜。这一改革对于提高教学质量具有重要作用。

考试方法完全仿照太学的方法，每月一次私试，每年一次公试。学业成绩分“优、平、否”三等。间年一次舍试，成绩优、平两等的补上舍，同时还要参考学生的品行与医疗技术。也就是说，如果内舍生理论考试成绩为“优”，实际治病成绩也为“优”，则可晋升为上舍生；如果实际治病能力是“否”，则其经治病人中“痊愈率不及7分者，降舍；未及5分者，退舍”。

为鼓励学生取得优异成绩，还建立了奖学金制，年终考核时，上等学生以20人为限，每生每月津贴50千；中等以30人为限，每生每月津贴10千；下等以50人为限，每生每月津贴5千。

这种将学业成绩和学籍管理（比如降舍、退舍等）、奖学金制度相结合的做法，对于建立优良的学风、保证教学质量很有意义。王安石去世后，其变法对医学教育仍发挥着深远的影响。

在专业设置上，这时出现了二级学科的划分方法。如方脉科为一级学科，其又包括大方脉、小方脉及风科3个二级学科；又如针科为一级学科，其又包括针、灸、口齿、咽喉、眼、耳6个二级学科；再如疡科，下又包括疮肿、折伤、金疮、书禁4个二级学科，这样就形成了3个一级学科专业和13个二级学科方向所构成的专业体系。学生学习的专业虽然只有3种，但每个专业的学生还必须熟悉和掌握本专业内各相关二级学科。这种专业设置既注重学生知识的深度，又注意学生知识的广度，不能不视为医学教育的一大进步，更是王安石变法的一大成就。

在课程设置和教学内容方面，当时专业基础课和专业课已有明确划分。方脉科、针科、疡科学生都必须学习相同的专业基础课，主要有《皇帝内经素问》《难经》《巢氏病源》和《补注本草》等课程和内容。修完专业基础课之后，每位学生还要进一步学习专业课程。方脉科除须通习大方脉、小方脉和风科外，还要加习《脉经》和《伤寒论》；针科除须通习针、灸、口齿、咽喉、眼、耳诸科外，还要加习《黄帝三部针灸经》和《龙木论》；疡科除须通习疮肿、伤折、金疮、书禁诸科外，还要加习《黄帝三部针灸经》和《千金翼方》。

在课程结构上，不仅有理论课，还有实习课。当时，医学生必须轮流医治太学、律学、武学和各营将士的疾病，并要认真记录诊治经过和结果，这也是学生年终学业成绩考核的内容之一。