这时清朝医学教育依然分为中央设办和地方设办两类。中央的医学教育属太医院管辖，属专科学校性质。太医院中设有教习厅，其下又设内教习与外教习两部分。内教习负责教授御药房太监习医；外教习主要教授医官子弟。教习厅的学生，一月上交两次功课，并参加四季的考试。学制三年，经礼部考试合格者称医士，未合格者仍照常肄业，等待下次再考。

清代的地方医学分府、州、县三级，设专门人员管理。其职责为在本府州县内查明愿意习医者，发其以《内经注释》《伤寒论》《本草纲目》三书，对其中精通医理者，呈报巡抚，发给路费往太医院参加考试，成绩上等者授予医官职务，如年龄过长者，留作本省教授，待有缺时即行升补。

雍正统治时期，令各省巡抚查察所属医生，加以考试，如具有《内经注释》、《伤寒论》及《本草纲目》三书的学识，则指名提请，授以医学官教授。每省设一员，准予三年食俸，如果“勤慎端方”，则贡入太医院授予御医，所缺空额在本省学医的人内拣选补授。

清朝初期，医学分为十一科，与明朝相比有增有减，增者为痘诊科。之后不断删减。嘉庆二年（公元1797年），将小方脉与痘诊科合并，口齿科与咽喉科合并，剩九科；嘉庆六年（公元1801年）取消正骨科，当蒙古医兼任；道光二年（公元1822年）取消针灸科。这样只剩下七科。到同治年间，每况日下，只剩下大方脉、小方脉、外科、眼科和口齿咽喉五科。

课程依然包括基础课和专业课，教学内容与前朝相比没有太大变化，基础课主要有《黄帝内经》《伤寒论》《金匮》和明朝李时珍的《本草纲目》。乾隆九年（公元1744年），吴谦等编的《医宗金鉴》入选教科书，从此应用了160多年。

清代许多医家为了普及医学知识，编撰了大批医学通俗读物和医学入门书籍。如汪昂在公元1694年编撰的《本草易读》《汤头歌诀》，程钟龄1732年编撰的《医学心语》，陈修园1804年编撰的《医学三字经》和1808年编的《医学实在易》等。这些著作深入浅出、简明扼要、通俗易懂、便于诵读，对于普及医学知识、辅助医学教育都起到了很好的促进作用。

与此同时，还出现了一批专门收集各家医案的著作，如魏之琇的《续名医类案》（1770年）、尤在泾的《静香楼医案》（1729年）、叶天士的《临证指南医案》（1746年）、徐灵胎的《回溪医案》等。这些医案记录了诸多名医丰富的实践经验，对学习者将理论与实际联系起来，具体掌握诊治疾病的理、法、方、药帮助很大，也为教学提供了丰富的参考资料。