丹溪的主要学术思想是创立“阳常有余，阴常不足”及“湿热相火”为病的理论（有关这方面的内容详见《格致余论》），其对杂病的治疗亦颇有心得，故有“杂病宗丹溪”、“杂病规朱彦修”之说。丹溪对杂病的治疗主要是从“气、血、痰、郁”四个方面着手，《丹溪心法》中就比较好地体现了丹溪的这一学术观点。

（1）郁：《丹溪心法·六郁》说：“气血冲和，万病不生，一有怫郁，诸病生焉，故人身诸病多生于郁。”强调了在气、血、痰、郁的致病问题上，“郁”是起着主要的作用，其弟子戴元礼亦强调指出：“郁者，结聚而不得发越也，当升者不得升，当降者不得降，当变化者不得变化也。此为传化失常，六郁之病见矣。”所以在临证治疗上，十分重视解郁之法，对此王纶在《明医杂著》中作了很好的阐发：“故余每用此方（越鞠丸）治病，时以郁法参之，气病兼郁，则用四君子汤加开郁药，血病、痰病皆然。”丹溪所创制的越鞠丸以治六郁，在当今临床上仍广为应用。

（2）痰：丹溪论治杂病，将许多病因责之于痰，尝云：“痰之为物，随气升降，无处不到。”“百病中多有兼痰者，世所不知也。”足见其对“痰”在发病学上的高度重视。对于痰证的治疗，每以二陈汤为基本方，并强调随证加减，“二陈汤一身之痰都治管，如要下行，加引下药，在上加引上药。”在药物的选用上，丹溪根据自己的临床经验，总结出“黄芩治热痰，……竹沥滑痰，……五倍子能治老痰，佐他药大治顽痰”，“火动其痰，用二陈汤加山栀子、黄连、黄芩之类。……痰在胁下，非白芥子不能达；痰在皮里膜外，非姜汁、竹沥不可导达；痰在四肢，非竹沥不开；痰结在咽喉中，燥不能出入，用化痰药加咸药软坚之味。”“海粉即海石，热痰能降，湿痰能燥，结痰能软，顽痰能消……”等用药经验，常为后世所取法。

丹溪对痰病的独特见解发前人所未发，为痰病学的发展奠定了基础，其所倡“百病兼痰”的观点，为后世疑难杂病的治疗开辟了新的蹊径，现今临床上对一些比较棘手的慢性疾病如高脂血症、肥胖病、冠心病以及诸多精神疾病等，常从痰论治，往往能收到较为满意的效果。

（3）气血：气血论是丹溪学术思想的另一个组成部分，《丹溪心法》中虽无气血的专篇论述，但丹溪的气血论贯穿在整个杂病的治疗中。丹溪认为，疾病的发生，正气虚是其关键，所以补虚是其气血论的特点。补气常用四君子汤，补血常用四物汤。如治“中风气虚卒倒者，用参、芪补之，……血虚用四物汤”；大补丸“治筋骨软，气虚以补气药下，血虚以补血药下。”在强调补气补血的同时，丹溪又非常重视气机的畅达，如对痰证的治疗反复强调“顺气为先”，“善治痰者不治痰而治气，气顺则一身之津液亦随气而顺矣。”气机通顺畅达，诸恙皆愈。