多见于长期应用糖皮质激素、广谱抗生素和免疫抑制剂者。

非甾体抗炎药对内源性前列腺素(PG)合成代谢中所必需的环氧化酶(COX)活性有明显的抑制作用，降低了黏膜对外来侵袭因子的防御能力，导致糜烂、溃疡和出血;部分非甾体抗炎药具有抗血小板聚集的作用，抑制血栓素A ₂的合成，干扰血液凝固，诱发消化道出血;糖皮质激素能改变胃黏膜的量与成分，从而减弱胃黏膜的自身保护作用，使胃黏膜易受胃酸的侵蚀。此外，四环素类对胃肠道黏膜产生直接的细胞毒作用;奎尼丁、地高辛及抗肿瘤药物等可直接腐蚀黏膜和溶解黏膜细胞而引起浅表溃疡。

新霉素、考来烯胺、秋水仙碱、双胍类降血糖药、制酸剂、对氨基水杨酸、乙胺嘧啶、四环素、磺胺嘧啶、丙磺舒、保泰松、吲哚美辛、三环类抗抑郁药和氯化钾等都可引起吸收不良综合征。

阿片类镇痛药刺激催吐化学感受区，抑制胃肠道的神经活动，从而导致蠕动减慢，且增加前庭敏感性，从而引起恶心和呕吐;抗胆碱酯酶剂通过胃肠道的局部作用引起恶心和呕吐;神经肌肉阻滞药通过阻断肌肉内的乙酰胆碱受体引起恶心。抗菌药物中大环内酯类因促进胃肠蠕动可引起腹泻、呕吐，喹诺酮类如诺氟沙星和环丙沙星等可致腹胀或恶心;伊曲康唑可致上腹不适、恶心、畏食和乏力等。

非甾体抗炎药如阿司匹林及金制剂可引起小肠结肠炎，严重时导致肠穿孔;青霉素及其衍生物等可引起出血性结肠炎。

长期应用广谱抗生素会导致抗生素相关性腹泻(antibiotic-associated diarrhea，AAD)，其中难辨梭状芽孢杆菌(艰难梭菌)是引起抗生素相关性腹泻的主要病原菌，艰难梭菌主要产生肠毒素和细胞毒素，攻击宿主细胞膜或微丝，从而使其收缩、出血及坏死，增加肠上皮通透性，引起肠液和电解质分泌增加;化疗相关性腹泻，剂量过大或疗程较长加重肠黏膜损伤，使肠黏膜的水、电解质转运功能异常，造成钾、钠、氯在肠腔内聚集，使水向肠腔内转运，形成腹泻;大量应用利尿药和血管药可引起内脏血流量下降而引起缺血性结肠炎，导致腹泻;质子泵抑制剂、双胍类降血糖药、血管紧张素转化酶抑制剂和胆碱能药物等也可引起腹泻。

硫酸钡、氢氧化铝凝胶和药用炭等可在肠腔内形成团块样结构或结石;利尿药和某些氨基糖苷类抗菌药物可导致低血钾，形成麻痹性肠梗阻;阿片制剂可抑制肠蠕动，重者可发生麻痹性或假性肠梗阻;抗抑郁药和抗精神病药具有很强的抗胆碱能作用，有时可引起肠梗阻;华法林和双香豆素等抗凝剂可使凝血机制异常，引起肠壁内多发性血肿，严重者导致肠梗阻。