研究者相信，在一个瘤体中可能存在多种表型的细胞，包括CSCs的细胞类型比例差异很大。CSCs可能由EMT产生，而且似乎在转移灶中较原发灶中更少。干细胞巢中上皮细胞和EMT细胞的转化是干细胞调节的永恒话题，这种调节包括Wnt、Hedgehog、Notch、P13K和BMP途径。上述调节途径紊乱可激活胚胎发育时的微环境，导致EMT或形成CSCs。

可以推测，干细胞巢提供了肿瘤细胞、上皮细胞、EMT和CSCs相互转化的微环境和决定什么时候上皮细胞转变为间充质细胞。EMT是分类胚胎不同细胞的公认机制，形成组织损伤时的成纤维细胞和间充质细胞，及启动肿瘤转移时的上皮癌细胞三种类型。不同表型的细胞有不同的功能和结局。有趣的是，经历EMT形成间充质细胞，而间充质细胞可去分化转变为间充质干细胞（Mesenchymal stem cells，MSC）。