反式脂肪酸是油脂在高温条件下，所含脂肪酸双键异构化产生的。

一般，反式脂肪酸在200℃以上的高温下就会缓慢产生。在植物油的精炼加工环节，高温脱臭时通常需要在250℃以上的高温下持续一段时间。在这个过程中，含不饱和键的脂肪酸吸收能量，发生空间结构扭转，从顺式转为结构上更加稳定的反式结构，从而产生一定量的反式脂肪酸。所以，反式脂肪酸的含量和脱臭温度、时间有关。