推荐在抗生素应用前进行病原体培养，包括血、痰、尿、便、伤口、咽拭子、导管、支气管肺泡灌洗液、置入假体、脑脊液或胸腔积液等病原体涂片、培养及药敏试验。有真菌感染的高危因素需要鉴别侵袭性念珠菌感染时，建议使用1，3-β-D-葡聚糖、甘露聚糖和抗甘露聚糖抗体检测。在流行性感冒流行季节，流行性感冒样症状患者，建议行快速抗原检测（需警惕其假阴性率高）、病毒核酸检测、动态监测IgG和IgM抗体水平及病毒分离培养。对于怀疑中心静脉导管感染的患者，建议从导管和外周静脉同时采血进行血培养（需氧瓶和厌氧瓶2组）。分子生物学聚合酶链反应技术可体外扩增病原体的核酸序列，不受标本中病原菌体活菌数量的影响，因此灵敏度高、特异性强，但若环境中出现同种细菌污染，则易出现假阳性。对于重症或疑似重症感染的患者，还可应用宏基组测序技术检测病原体。