米利都学派所揭示的原始的自然科学精神，其哲学倾向是唯物的。然而这种完全正确的倾向性，却也有其不足之处。那就是对主体的精神因素，对客体的本质属性等缺乏充分的分析。
毕达哥拉斯学派正好弥补了这一缺憾。他们对主体的精神因素——思维、理智——进行了深入的分析，而且有某些辩证思维的萌芽。另一方面对客体的本质属性，特别是量的规定性进行了全面的研究。
由于毕达哥拉斯学派是一个宗教政治团体，宗教神秘主义的迷雾，包裹了他们的智慧理智的光芒。
