炎症性肠病的病因和发病机制尚未完全明确，已知是由于肠道黏膜免疫系统异常所导致的炎症反应，表现为腹痛、腹泻、血便等症状，同时会伴有贫血、营养不良等很多全身性病变。现在一般认为本病是由多因素相互作用所致，主要包括环境、遗传、感染和免疫因素。近年来，在中国快速现代化进程中，因为生活条件的改善，高蛋白质、高脂肪、低纤维素食物的摄入增加，导致本病的发病率急剧上升，但具体发病原因并不明确。
