（1）疼痛：平时疼痛不明显。脓液积存于管腔内引流不畅时，局部胀痛，并有明显压痛，脓液引流后疼痛减轻。
（2）流脓：脓液多少与瘘管大小、长短及数目有关。新形成或炎症急性发作期的瘘管脓多、味臭、色黄而浓厚，经久不愈的瘘管脓液较少或时有时无。结核性肛瘘，脓液多而清稀，呈米泔水样，可有干酪样坏死物。
（3）瘙痒：因肛内黏液分泌物增多或外口周围脓液的刺激，常致肛门皮肤瘙痒。
（4）全身症状：当脓液急剧增多，局部脓肿，有发热、恶寒，体温增高，常因肛瘘炎症急性发作或有支管形成。
