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为了签署关于建立国际军事法庭审判罪犯的协定，四国代表已经准备就绪。但是，如何命名这个新文件呢？决定一个术语非常棘手。把它叫做一个法、一个成文法、一个法典，那就会从一开始给它打上一种标记，让人认为它是事后制定的有溯及力的法律。
特莱宁认为，条约是国际法的渊源，这种形式将赋予他们的协定以强制力，因此主张采取国际条约的形式；杰克逊指出，任何条约都须经美国参议院的批准，而这必然会引起新的争论，导致协议签订的延期。因此，代表们决定采用一个中性词，叫“宪章”（Charter），全称为“国际军事法庭宪章”。
8月8日，出于适当的庄重仪式的需要，四国代表签署了两份简短的文件。其一是《伦敦协定》，其二就是《国际军事法庭宪章》（也称为《伦敦宪章》）。前者是同盟国之间的协议，为建立国际军事法庭奠定基础；后者是前者的重要组成部分，也是审判将要依据的法律基础，为“军事法庭的组成、权限和运行”提供根据。102它们根据苏联代表的建议，分为两个单独的文件。
《伦敦协定》宣称，成立国际军事法庭的目的是“对战犯进行审判，其所犯罪行不存在特定的地域性，不论其作为个人或作为组织或作为成员的身份，或两者兼而有之而被起诉者，均具有同等性质”。103
《国际军事法庭宪章》保留了美国人最初计划的基本要点，但它同时也做了很多补充和折中。它综合采纳了普通法和大陆法程序，比如，被告有辩护的权利，有权获得以本民族语言书写的起诉书，并以本民族语言接受审理。作为两大法系的折中，被告将于审判前得到详细书写的起诉书，以及所有与之有关的文件副本。被告有权出庭作证和经宣誓作证，并接受交叉盘问——这些是英美法程序中的权利。被告还有权在不经宣誓和控方反驳的条件下，作最后陈述——这些则是大陆法程序中的权利。兼采两大法系程序的结果是，被告的权利大大超过了其中任一法系单独所赋予的权利。
宪章包括七个部分，详细阐述了法庭的组成、管辖权、权力和程序。第一部分“国际军事法庭的设立”涉及一些法庭要遵循的程序，其最重要的内容是第四条，它规定法庭的所有决定都由多数票做出，在票数相等的情况下，庭长的投票起决定性作用，但是至关重要的定罪和判刑问题，则必须具有至少三名法官的多数票。这一条也许在无意之中，为法庭提供了一个巧妙的解决方案，即当起诉方不能以强有力的确凿罪证来控告一个特定的被告时，就需要法庭进行全面的交涉和安排，来获得三票的多数，首先做出裁定，而后如果判定有罪，再进行宣判。
宪章最核心的部分是接下来的一节，“权限和一般准则”。而其中的第六条则是整个宪章的灵魂。第六条用三小段文字列举了法庭要审理的罪行。其中的内容烙上了法、苏两国代表的建议所留下的印记，也因此，最为美国代表看重的大量对共谋和犯罪组织的起诉被迫退到次要位置。
第六条第一段明确规定，法庭有权审理和惩处所有战犯，“不论其为个人或为某一组织或集团的成员”，但是共谋并没有被列为一项单独的罪行。相反，第六条仅仅规定了三项可起诉的罪行，即“破坏和平罪”、“战争罪”和“危害人类罪”。第一款的罪名由苏联代表创设，“危害人类罪”的术语则出自英国法律专家的建议。美国人的共谋概念体现在第一条罪行“破坏和平罪”下，“策划、准备、发动或进行侵略战争……或为实现上述行为而参与共同计划或共谋”这句解释中，有一部分内容涉及对它的规定。类似的“共同计划或共谋”条款，却没有包含在第二款和第三款罪行（战争罪和危害人类罪）里。宪章第六条的最后一节，是在最终妥协的混乱中加上的一句话：
凡参与拟订或执行旨在犯有上述罪行之一的共同计划或共谋的领导者、组织者、发起者和同谋者，他们对为执行此类计划而犯罪的任何个人的一切行为均负有责任。
乍看上去，这句话似乎是为了详细描述第四项可起诉的罪行，即共谋。但是，进行更深入的考察后，这一观点却很难成立。因为，宪章第六条列举的罪行都有确定的序数，如第六条第一款是“破坏和平罪”，第二款是“战争罪”，第三款是“危害人类罪”。但是，第六条的最后一个句子所暗指的“共同计划或共谋”却没有序数，这说明宪章并不打算把它作为一条独立的罪行的法律基础。
另外，“参与共同计划或共谋”专门包含在破坏和平罪的定义中，而没有出现在战争罪和危害人类罪的描述中。由此可以看出，其中隐含的结论是，第六条有序数的三项罪行在操作上应该有所不同，第六条最后一节的“共同计划或共谋”意图起到的作用与以上三项罪行并不相等。
最后，仔细阅读这个文句可以发现，其着重点在于：共谋者要对为执行此类计划而犯罪的任何个人的一切行为均负有刑事责任。共谋者除了对自己的行为负责之外，还对其他人的相关行为负责，这是英美法上指控共谋的一种暗含因素。但是第六条的这种表达方式表明，其最后一句的主要用意，是强调：重大纳粹战犯要对其计划和准备所造成的全部恐怖和暴行负个人责任。
这些需要考虑的事项本应该郑重对待，但是起诉书的起草者最终却将其弃之一旁，他们不仅希望对涉及破坏和平罪的共谋提起控诉，而且希望对涉及战争罪和危害人类罪的共谋提起控诉，都能够获得法庭的准许。然而，当法庭开始斟酌起诉书中的这些控告时，它唯一能够求助的法律根据就是文句凌乱的宪章的第六条。这样，问题从终点又回到起点，致命的缺陷始终绕不过去。法庭依据第六条的指导，却发现对涉及战争罪和危害人类罪的共谋提起控告根本没有根据。伦敦谈判达成的妥协，就这样严重削弱了美国的计划，致使它的以大范围的共谋指控为基础的起诉方案大打折扣。