2.3.2 知识产权行政保护和司法保护体系的合理性
由于目前知识产权行政保护与司法保护存在各种各样的冲突，在现实生活中行政权力也普遍存在滥用现象，因此无论是理论界还是实务界都围绕着知识产权行政保护的“去”与“留”，知识产权保护模式的构建展开了激烈的争论。有法学家认为，“知识产权保护双轨制”的提法存在谬误，知识产权的行政保护和司法保护不是平行设置、互不干扰的，而是存在交叉和衔接的。本研究认同这种观点，但也认为知识产权保护双轨制的提法并无错误，只不过行政保护和司法保护的双轨会有交会，会有重合。有法学家认为，知识产权保护双轨制是中国特色，为中国所独有。实际上，世界各国都有一定程度上的知识产权行政保护，只是其他国家可能是行政管理和行政执法相对分离，不像中国目前的知识产权行政管理机关同时肩负执法职能。那么，知识产权行政保护和司法保护两条途径并存到底有没有合理性呢？这种保护模式的正当性基础是什么？下面分三个方面予以论述。
2.3.2.1 知识产权行政保护和司法保护是历史发展的产物，契合中国行政保护的传统
知识产权保护制度对中国而言是舶来品，发端于改革开放之初。20世纪80年代初，新中国的首部《商标法》第三十九条和《专利法》第60条开始对知识产权的行政保护做出了明确规定，此后一些相关的知识产权法律法规也先后做出类似规定，这就为我国的知识产权保护模式设定了初步的框架，奠定了我国知识产权行政保护和司法保护并存的雏形结构基础。随着历次修法，知识产权行政保护和司法保护都进一步得到了加强。以《专利法》为例，其在第一次至第三次修改的征求意见稿中，立法者就通过修订和增加有关条款来强化专利行政保护制度[31]。当前酝酿的《专利法》第四次修改，在专家建议稿中也集中体现了专利行政保护制度的强化，同时进一步突出了专利司法保护的终局性[32]。由此可见，知识产权保护两条途径的确立是随着知识产权制度的引进相应并生的，是知识产权法制发展的自然产物。
由于中国几千年来一直处于封建专制的奴役下，奉行皇权至上，皇帝一般是口含天宪、言出法随，相权和法司[33]皆是皇权的附庸，其中代表行政权力的三省（或六部）是中国传统权力结构中势力最昌盛、机构最庞大的，代表司法权力的大理寺、刑部和都察院等司法机构则相对偏弱，这造成中国传统社会中司法权不独立的现象。在地方，秦汉以来地方行政长官具有兼理司法的传统。老百姓遇到纠纷，一般先经过乡里的三老、里正或家族中德高望重的长辈来调解，而非争讼到县廷，也就是“无讼是求”。在这种传统法律文化下，司法救济显得极其薄弱，尤其是重刑轻民，民事侵权往往得不到司法保护，即使获得救济，也主要是家族礼制的约束（或民间调停）和行政机关的裁判。虽然历经西学东渐和新文化运动，但中国行政机关的领导地位一直未变。中华人民共和国建立以后，由于长期实行计划经济为主导的发展模式，行政权力异常强大，成为社会生活和经济领域无不涉及、无孔不入的力量。知识产权制度确立时，也就会自然地寻求国家行政权力的保护，因此从历史文化传统来看，知识产权行政保护是契合中国行政保护的传统惯性和权力依赖的。
2.3.2.2 知识产权行政保护和司法保护是权力分立的必然，契合行政权力内在的张力
权力分立为近现代各国政治体制所普遍采用，可以说是权力发展过程的某种必然。因为随着社会经济的发展，为更好地控制社会，权力会必然发生分化和授让。追本溯源，分权学说可以上溯至古希腊和先秦。亚里士多德在其《政治学》中就曾将国家权力划分为审议、管理、司法三要素。在西周以前，就有若干分封建国和权力分立的情形，《诗·商颂·殷武》曾记载：“命于下国，封建厥福。”在秦朝，已经形成三公九卿制度，是典型的权力分立现象。现代意义的权力分立学说为洛克首创，孟德斯鸠进一步发展，主张必须建立三权分立的政体，按照立法、行政、司法三权分立的原则来组建国家。孟德斯鸠认为，要防止滥用权力，就必须以权力约束权力，通过权力的分立和制衡来解决权力行使中发生的矛盾冲突。这种观点后来被资产阶级革命家孙中山所接受，并结合中国古代政治制度提出“五权分立”，即在行政、立法、司法三权之外，加上考试和监察二权。虽然我国实行的是民主集中制，不同于西方资本主义国家的三权分立制，但都存在着权力的分立和制衡。全国人民代表大会制度是我国社会主义的根本政治制度，形成我国权力结构居于顶端的立法权，在其监督之下设立“一府两院”，即构成国家行政权和国家司法权。立法为法所出，行政和司法为法之实施，这种权力的分立反映到知识产权保护领域就形成了知识产权保护体系的两种路径。
由于行政权力的触角伸及社会生活的方方面面，涉及经济文化等各个领域，为了公共政策的实施、公共安全的保障和公共福利的提供以及社会的全方位管理，行政权力天然具有扩张的本性。从行政体制的发展来看，复杂而不同于以往的社会发展推动了行政机关及行政立法数量的膨胀；从政治气候和经济环境来看，经济危机的爆发和政治丑闻的出现，都激起了官僚机构的增长浪潮；从行政权的功能来看，政府对经济生活和市场运作进行了大力度的干预并大规模地提供公共产品。自罗斯福新政以后，美国的行政权力及总统权力得到了极大的扩张，在欧洲随着福利经济和凯恩斯主义的盛行，行政权力也逐渐向各个领域蔓延。在中国，计划经济体制下强调政府有形之手的强力干预，行政权力也一直处于放大态势。在知识产权的保护领域，行政权力的干预就必然会带来知识产权的行政保护，也就形成了司法保护和行政保护并行的格局。这是符合行政权力扩张性的规律的，虽然行政权力的扩张应当受到一定的限制。
2.3.2.3 知识产权行政保护和司法保护是全面保护的要求，契合知识产权的特有属性
知识产权保护是一项系统工程，尤其在知识产权意识尚且薄弱的中国，通过行政保护和司法保护两条路径来共同为知识产权权利人保驾护航就显得很有必要，这是全面保护知识产权的一种要求。TRIPS协定在其序言的第1段、第2段（C）、第一条第一款、第七条、第四十一条第一款、第六十二条等条文中，都允许各成员国自由设置知识产权行政保护制度；第四十九条[34]、第五十条第八款明确肯定了知识产权行政保护制度；第二十四条第三款、第二条第二款、第六十五条第五款等条文中明确规定了“不得减损已有知识产权保护水平”的原则。可见，知识产权行政保护并不是TRIPS所禁止的，相反，擅自去除已有的知识产权行政保护，将会减损现有知识产权的保护水平，不利于知识产权的全面保护和充分保护。在我国目前的知识产权保护机制下，可以说知识产权行政保护和知识产权司法保护两者都不可偏废，不是存废去留问题，而是优化配置问题。
知识产权作为一种特殊的民事权利，既涉及知识产权权利人民事权益的保护，又关系到社会公众利益的维系。正因为知识产权具有重要的公共利益性质，虽然其作为一种私权，却有着公共商品和私人商品的双重属性，要求法律除了在确认和保护知识产权权利人的私益外，还需要平衡和兼顾社会公共利益。由此，为了保障社会公共利益的需要，行政机关介入知识产权侵权领域就显得很有必要。这是由知识产权的特有属性决定的。虽然在不同的国家，知识产权行政保护的强弱会有很大不同，知识产权的保护模式也各有千秋。比如，欧美国家更强调知识产权司法保护为主导，但同时有知识产权海关保护，这就是知识产权行政保护的一种体现；还有有些国家的警察具有查封没收盗版违禁品的权力，这也是知识产权行政保护的另一种体现。在美国，还设立了美国国际贸易委员会，该行政机关具有准司法的职能，能针对《美国海关法》第三三十七条启动知识产权侵权的判定，并做出临时禁令、永久性禁令等裁定内容。由上可知，知识产权行政保护和司法保护并存有其合理性，在某种程度上是契合知识产权的公共利益品格的，同时契合知识产权的私人权益救济属性。