中医药学的起源和发展最初也是本能医学和经验医学，这个历史过程在世界不同地域几乎是同时和相同的。朴素理论医学阶段，中医药学与其他医学也有很大的相似性。但在本能医学和经验医学阶段，针灸疗法的发明比其他医学体系更具特色和进步。中国古代劳动人民采用砭石作为治疗工具，先是用来切割脓肿和排脓放血。故《灵枢·异法方宜论》载：“东方之域……其病皆为痈疡，其治宜砭石”；而北方“天地所闭藏之域也，其地高陵居，风寒冰冽。其民乐野处而乳食，脏寒生满病，其治宜灸焫”。后来随着冶炼技术的提高，针具随之问世，针灸疗法得到普遍推广，成为中医学中的一枝奇葩。

成书于战国至西汉、东汉之间的《黄帝内经》，是我国现存最早的一部医书，为中医学发展奠定了理论基础，成为历代医家的经典，并一直是中医学研习的最权威著作。

《黄帝内经》认为，人体结构的各个部分都不是孤立的，而是彼此相属，互有联系。这种联系表现在生理和病理等各个方面。从脏腑本身的关系来看，五脏六腑各有所主，密切配合。《黄帝内经》还十分强调人和天地自然的密切关系，认为人必须和自然界统一。

《黄帝内经》运用了阴阳五行学说。这是一种古代的哲学思想，并非中医学所特有。从历代文献来看，“五行”指的是人们日常生活不可缺少的5种基本物质，即木、火、土、金、水。这是一种朴素唯物论的观点。这5种物质并非孤立存在，而是互相依存和彼此制约的。例如，水能使草木生长，称为水生木；木能燃烧，故曰木生火；草木燃烧的灰烬可以化为泥土，因而称火生土；土经日月风化可成矿，故称土生金；金属熔化可成液体，因而称金生水。事物之间这种彼此依存的关系就叫相生。既有相生就会有相克关系，如水能灭火，称水克火；火能熔化金属，故曰火克金；金石能制刀斧砍伐树木，所以叫金克木；树木在泥土里生长能消耗土中的营养成分，因而称木克土；土能筑堤堵水，故曰土克水。天上的金、木、水、火、土五星也是运行不休的，故五行又称为“五运”。《黄帝内经》将五行学说应用到人体生理病理过程，并与四季、精神情志状态相对应。如五气：风、热、湿、燥、寒；四季：春、夏、长夏、秋、冬；五色：青、赤、黄、白、黑；五味：酸、苦、甘、辛、咸；五脏：肝、心、脾、肺、肾；五志：怒、喜、思、忧、恐；还有五谷、五畜、五臭、五方、五音等。

五行学说比希波克拉底的四气学说更系统、更完善，是一种具有东方色彩的比较完整的普遍系统论的原始理论，因而比四气学说更具先进性。

《黄帝内经》包括《素问》和《灵枢》两部分，各9卷，共计162篇，14万字，是从战国至东汉的这段历史时期，由众多医学家的论述汇集而成。《黄帝内经》所涉及的哲学思想可以认为起于商周时期，补充了我国古代医学家的学术观点，成书于西、东汉年间，唐代王冰对《素问》又详加评述，补充了一些章节。因此，《黄帝内经》的成书已经跨度两千余年，历经汉、唐、宋、金、元各代，在章节字句有所亡佚的同时，又有不断补充和完善。

《黄帝内经》的主要内容包括阴阳五行、脏腑、病机、病证、诊法、治则、五运六气、标本根结，涉及生理、病理、诊断、治疗、针灸等方面，为中医奠定了理法方药的基础。后世各代医学家在其基础上，不断加以补充丰富，但基本理论框架从未发生根本的变革。

秦越人在战国时代撰写的《难经》一书，主要发挥了《灵枢》和《素问》的经脉和脉诊理论，分别对脉法、经络流注、营卫三焦、气血盛衰、脏腑诸病、荥俞经穴、用针补泻等进行了比较深入的阐述和发展。《难经》主要是显《黄帝内经》之奥义，补《黄帝内经》之所未发，可谓《黄帝内经》补遗之作，也可谓之对《黄帝内经》有所发展和完善。东汉张仲景以《黄帝内经》中的《热论》等篇为基础，结合临床实践著成《伤寒杂病论》，开创了中医临床学先河，其功亦首推《黄帝内经》。晋代王叔和在《难经》《伤寒杂病论》基础上，著成《脉经》一书，是对《黄帝内经》所论脉法的整理和提高。晋代皇甫谧将《黄帝内经》中关于经脉、刺法的内容精心分类整理，著成《针灸甲乙经》。这些专著基本都未脱离《黄帝内经》的理论范畴，但都不断自我丰富、完善和发展了《黄帝内经》所确定的学术思想，从而显现出《黄帝内经》理论的权威性和终极性。

张维耀在其《中医的现在与未来》（1994）一书中认为，《黄帝内经》所确立的理论思维方式构成了中医学的最高理论，也就达到了最终理论，因而组成了经典中医学理论体系所特有的一种消极作用。它原封不动地引入了自然哲学的概念和原理，如阴阳五行学说，阴阳的内涵与哲学概念一样，没有特殊规定，因而在医学中阴阳的外延几乎大得没有边际。此外，自然哲学原理引入中医学后，对许多生理病理现象的解释不是完全以事实观察为基础进行归纳和分析，而是以自然哲学原理作为直接推理和解释的工具，因而出现脱离临床的理论推导。最后加之理论体系的完善，对疾病的辨证可以从各个角度加以演绎而显现出理法方药的灵活无边，在临床上难以用客观的方法作指导，导致中医临床在很大程度上停滞在“经验”的遗传和经验的沉积基础之上。

因此可以从总体上认为中国医学的起源和发展过程只经历了本能医学→经验医学→朴素理论医学3个主要阶段，而西医学的发展过程则还经历了从朴素理论医学→实验医学→现代理论医学→现代医学科学阶段。中医学必须要经历实验医学阶段，才能实现中医的现代化。中西医连接纽带的空缺部分是实验生物学和实验医学：