质子泵抑制剂主要由肝脏P450同工酶途径代谢，可能会影响部分相关代谢途径药物的代谢，如氯氮平、华法林、卡马西平、氯吡格雷等。同时质子泵抑制剂抑制胃酸分泌、升高胃内pH值也可能会影响部分药物的吸收，如地高辛等。故临床上质子泵抑制剂与其他药物同时服用时需注意密切监测。