日常诊断用的超声仪器通常采用短脉冲发射超声波的工作方式，平均能量明显低于连续超声波，因此一般认为产前超声检查是安全的，一般不会产生明显的生物效应，也无研究证实产前超声检查会对胚胎、胎儿产生不良影响。虽然如此，胎儿超声检查仍应遵循“最小剂量”原则，应尽可能减少对胎儿双眼、生殖器等敏感器官进行长时间的照射，并应尽可能减少高能量彩色多普勒超声的应用。

随着超声诊断技术不断发展，人们对胎儿畸形产前超声检查寄予无限期望。然而客观现实是，超声是一种物理的影像诊断方法，伪像和误区不可避免；一些外在因素、操作人员的技术水平、胎儿畸形的程度及内脏器官发育不同步等因素都可能影响超声诊断的效果。因此，超声不能检出所有的胎儿畸形，诊断符合率绝对不可能达到100%。

超声作为影像学检查，具有仪器设备的局限性，胎儿必须存在有明显的、足以被超声图像所分辨的解剖结构畸形，才有可能被超声检查所分辨。母体方面的因素如母亲肥胖，会影响胎儿畸形的产前检出；超声医师个人经验和专业知识也是有限的；再加上胎儿本身多种因素（如胎位、胎儿过大或过小、胎儿骨骼声影影响、胎儿频繁运动及羊水过多或过少等）的影响，胎儿所有结构不是每次都能看清楚；超声每次检查结果只代表胎儿当前状况，并不意味着以后检查是正常的；而且由于胎儿器官的发育是逐步完善的过程，有些胎儿畸形是在胎儿发育过程中至妊娠中、晚期才表现出来，如先天性膈疝、脑积水、脐膨出等。出生后一眼就能看到的新生儿畸形，例如唇腭裂、胎儿手脚畸形、耳朵异常等，超声在宫内诊断常常是困难的；而对于无明显形态学改变的染色体异常，超声检查更是无能为力的。即使是最好的超声医生使用最好的彩超，有些畸形仍难以避免漏诊。