支气管镜检查并发症的发生率相对是较低的，但当发生并发症时，有时又是非常严重的，甚至影响到患者的生命。尤其是近十余年来，随着支气管镜在临床应用的扩展和介入肺脏医学技术的发展，新的并发症及以往的并发症发生率有增加的趋势。因而其并发症的发生率与支气管镜检查的应用方法差别有关。一项24 521例次的研究报道：死亡率0.1‰，严重并发症发生率0.8‰。另一项48 000例次的研究报道：死亡率0.2‰，严重并发症发生率3‰。英国一项40 000例次的调查发现死亡率0.4‰，严重并发症发生率1.2‰。这些都是回顾性研究。一些规模较小的前瞻性研究中死亡率和并发症发生率有升高。1995年有一项4000例次检查的回顾性研究中未发生死亡事件，严重和轻度并发症发生率分别为5‰和8‰。该研究包括了2000例灌洗和173例经支气管镜活检。我国金发光等一项23 862例次的研究报道，严重并发症发生率为6.37‰，死亡率为0.13‰。有生命危险的严重并发症包括：呼吸窘迫、肺炎、气胸、严重气道阻塞、心脏骤停、心律失常和肺脓肿。无生命危险的轻度并发症有：血管透光反射、发热、心律失常、出血、气道阻塞、气胸、恶心、呕吐等。现就其主要并发症分述如下：