内部控制通过有效的组织机构及职责权限，依据一系列的监督与评价制度，采用适当的内部控制方法对单位各类业务和职能活动施加控制，以达到控制业务活动风险、实现组织目标的目的。结合事业单位具体业务活动及风险分布领域，其内部控制有五大目标：
1.合理保证单位经济活动合法合规（合规目标）。
2. 合理保证资产安全和使用有效（安全目标）。
3. 合理保证财务信息真实完整（报告目标）。
4. 有效防范舞弊和预防腐败（预防目标）。
5. 提高公共服务的效率和效果（运营目标）。
