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在木材加工厂任工长一职的宫下，明治四十二年就已经被当局列入了“社会主义者名单”。关于十一月三日晚上不明爆炸声的传闻很快传到了警察耳中。因此政府的调查也已经近在宫下眼前了。【47】

就在斯加等人抽签的那晚，明科派出所收到加工厂内眼线的密报，汽缸工新田融（三十岁）受宫下之托制作了用途不明的铁皮罐。明科方面马上将这一情况上报到了松本警察署。

之后的审问中，新田承认制作了二十四个铁皮罐。二十五日，警察对宫下和另一位愿意积极配合调查的工人清水太市郎进行询问，并从清水口中得知宫下已经把装着火药的木箱从住处转移到了工厂内。于是，在清水的引导下警察马上对木材加工厂进行了搜查，查获了铁皮罐、鸡冠石和氯酸钾粉末以及炸药调和剂。

据此，警察以“违反爆炸物取缔条例”（量刑最高可至死刑）的罪名陆续逮捕了宫下、新田、新村忠雄、新村忠雄的兄长新村善兵卫以及在东京的古河，并以新村是帮助宫下获取炸药的协助者这条线索，认定了其兄长善兵卫还向宫下提供了研磨药剂的药捻的事实。同时，根据储存炸药的木箱中发现的信件，认定了古河为共犯。

当时的日本法院中设有检察局，而且两者关系十分紧密。长野地方法院的检察局长马上向东京最高法院的松室致总检察长进行了报告。【48】

按照松室的指示，东京向长野派出了检察人员。在按照“违反爆炸物取缔条例”的普通案件进行调查的过程中，宫下和新村基本供认了暗杀天皇的计划，因此嫌疑人应适用《刑法》第七十三条。也就是说，按照明治四十年制定的《刑法》中“对皇室进行犯罪”一条来定罪的话，“对天皇三后（太皇太后、皇太后、皇后）以及皇太子的加害行为以及企图加害的行为及致死行为”，应处以死刑。另外，制订针对皇室的犯罪计划也是应处以死刑的重罪。而《刑法》这一条对应的正是大约二十年前，曾经因是否适用于“大津事件”一案而引发激烈讨论的皇室罪。此罪行因为被日本社会广泛认为违背人伦、罪恶至极，所以也被称作“大逆罪”。

五月三十一日，长野地方法院告知最高法院总检察长，七名犯罪嫌疑人的行为适用《刑法》第七十三条。而“大逆罪”的审判正是最高法院的司法管辖范围。为什么说有七名犯罪嫌疑人呢？这是在原来五人的基础之上又将管野斯加和幸德秋水加了进来。

宫下和新村都坚称制订计划者除自己之外只有斯加与古河，共计四人。而当局则固执地认为宫下与新村都是幸德的弟子，因此幸德不可能没有参与。事实上，不如说当局的最终目标早已定下，那就是幸德秋水。

六月一日清晨，幸德在汤河原被警方控制。而斯加也在服刑中的市谷监狱接受了审讯，基本上承认了刺杀计划。

六月三日，东京地方法院的小林芳郎检察长，通过警视厅向外界公布了对七人起诉的情况，并称：“确信除此七人之外，此案件不会波及其他人。”就在小林公布案情的同时，东京最高法院检察局发表评论：“政府期望能以国内不存在无政府主义者而向世界夸耀，因此将实行‘消灭方针’。”第二届桂太郎政府此时也明白了政治界元老山县有朋的意图，明确表示要对无政府主义以及左翼运动进行镇压。【49】

这之后，司法省民事刑事局局长（后任司法大臣）平沼骐一郎坐镇指挥，调动大量检察官，将侦查范围扩大到了全国。

六月到七月间，在和歌山的新宫，大石诚之助（四十三岁，医师）、高木显明（四十六岁，僧侣）等另外六人被认定与此案有关。其中大石毕业于美国俄勒冈大学医学科，一直称：“我因为兴趣而推崇社会主义，对于朋友我未必仗义，对于当局我却是真心实意。”人称“Doctor大石”的他，在学成回国后就开始向《平民新闻》等刊物投稿，并因此与幸德熟识。新村也曾在他的医院工作过，并在这期间购买了医用氯酸钾，提供给了宫下。

熊本县《熊本评论》的主编松尾卯一太（三十岁，报纸记者）等四人，以及东京的坂本清马（二十五岁，印刷工人）相继被捕。其中坂本曾经寄宿在幸德家中学习，又在《熊本评论》供过职，之后为了宣传左翼思想而奔走全国。

大阪方面，负责发行《大阪平民新闻》的森近运平（二十九岁）等六人，再加上箱根林泉寺住持内山愚童（三十六岁），原自由党政治家奥宫健之（五十二岁）两人也被逮捕。【50】

至此，总计二十六人被捕。而检方则继续以幸德为中心将事件扩大化，又将有直接或间接关联的十九人抓捕入狱。

十一月九日预审结束，全体犯罪嫌疑人都按照阴谋策划使用炸弹刺杀天皇定罪为“大逆罪”，并决定由东京最高法院进行公审。但是，新近逮捕的十九人中，除去内山、森近两人外，其他十七人完全没有和宫下进行过接触。

而对间接嫌疑人的起诉理由则是，明治四十一年十一月的“赤旗事件”后，新宫的大石、熊本的松尾、大阪的森近相继在东京拜访过幸德，因此被视为参与了决定刺杀天皇的“十一月谋议”。而当这些人回到各自的住地后，又因为与亲朋好友分享过在东京的见闻，所以这些行为被视为在“召集死士”以及“寻求同情者”。

在残酷的镇压下，社会主义者们的言论自由完全被剥夺，因此偶尔会在非公众场合发泄一下情绪，或者口头说一说假想的暴力革命计划等等，这些都成为检方让每个嫌疑人强制回忆的内容，之后检方会把所有供述都上纲上线，全部视为暗杀天皇与皇太子的事前演习。

据说在不分昼夜的审讯、逼供，以及“某人已经招供了”的诱骗之下，不少人自己供认了“罪行”。但另一方面，由于被告人基本上都已经被折磨得筋疲力尽，也没有什么与检方对抗的能力，所以对于一部分在预审中与事实不符的供述，被告人准备在公审时翻供。【51】