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明治四十三年（一九一〇年）十二月十日星期六，公审在西日比谷的最高法院一号法庭开始了。虽说是对二十六名嫌疑人的开庭审判，但此时距离预审结束也仅仅过去了一个月。而当天的最高法院被警察和宪兵包围得密不透风，完全是如临大敌的戒严态势。
上午九时一过，被告人入庭。根据开庭翌日《时事新闻》的报道，当时的场景如下：
站在最前面的幸德秋水身穿一件戴有橘氏家徽的黑色短外套，里面套着茶色的丝面棉衫，下身是一套同样茶色的仙台纹付羽织袴。他很淡然地摘下斗笠，边用手捋着鼻下的八字胡，边缓缓地走进了法庭。虽然脸上显得有些苍白，但却并无愧色。也许是冻伤的原因吧，幸德右耳上还涂着白色的药膏。（中略）万绿丛中一点红的管野加斯头盘银杏叶发髻，身穿暗青色丝质和服，下身是与幸德一样的纹付羽织袴，（中略）脸上看得出化了淡妆。
在被告人之后入庭的是花井卓藏、今村力三郎、平出修等十一名辩护律师。
十时四十分，鹤丈一郎审判长与六位陪审法官入庭。同时，松室总检察长与参加庭审的平沼检察官也一起进入了相应席位。当时的法官着装是在黑色的制服外，从领口到胸前饰以紫色蔓藤图案。检察官则是黑衣配上鲜艳的绯红色花纹，而辩护律师也同样着黑色制服并配上白色蔓藤图案。只看服装，多少都会觉得这样鲜艳的色彩，实在与审判场所不怎么搭配。【52】
头发花白、上了些岁数的鹤审判长用低沉的声音宣布开庭，并对嫌疑人身份进行了当庭确认。确认一结束，他便马上宣布此后的庭审不公开进行。正式开庭仅仅二十几分钟，记者们与从天还没亮就开始排队的一百五十多名一般旁听者一同被赶出了法庭。
在这之后，总检察长进行了公诉事实陈述。
幸德秋水等二十六人，一直宣扬社会主义中的无政府共产思想，（中略）并预谋将其自身信仰中的所谓主义于我国进行实施。本案犯罪事实是，嫌疑人根据所谓主义的实施计划，阴谋策划刺杀天皇的大逆犯罪。
明治四十一年十一月（中略）由幸德秋水提议并阴谋策划了：等待赤旗事件参与者出狱后，纠集数十名敢死队员利用炸弹以及其他武器进行暴动，烧毁政府机关，刺杀诸大臣后再进攻二重桥皇宫，实行大逆犯罪。（中略）按照以下顺序，幸德秋水、森近运平、大石诚之助、松尾卯一太阴谋策划大逆犯罪事实成立。（中略）
【53】十一月下旬，大石诚之助由东京出发，经过大阪（中略）并召集武田九平、冈本颖一郎、三浦安太郎传达阴谋计划，此三人同意参加。明治四十二年一月，回到新宫町的大石诚之助又在自家召集成石平四郎、崎久保誓一、高木显明、峯尾节堂四人，传达阴谋计划。此四人同意以敢死队员身份参与此计划。（中略）
明治四十一年十二月，返回熊本的松本卯一太将新美卯一郎召至家中，告知其阴谋计划，并得到对方同意。（中略）明治四十二年二月，返回熊本的松尾卯一太将佐佐木道元、飞松与次郎召至家中，告知其阴谋计划，并将二人由《熊本评论》的读者招募为敢死队员。（中略）
明治四十二年九月上旬，幸德秋水、管野斯加、新村忠雄三人决定“待到四十三年秋季，携带炸弹袭击皇宫”。（中略）
明治四十二年十月，（中略）奥宫健之（中略）将制造炸弹的方法告知幸德秋水，秋水又将其告知新村忠雄，新村再将其最终告知宫下，（中略）十月中旬宫下太吉（中略）使用由大石诚之助处得到的氯酸钾经过调配，（中略）装入铁皮罐中，于十一月三日进行了试爆。（中略）
明治四十三年五月中旬，管野斯加在以服刑抵消罚金而准备入狱的前夜，伙同新村忠雄、古河力作，合计三人，确定了最终的计划实施者。之后不久阴谋败露……
犯罪事实的陈述在正午时分结束，午后从宫下太吉开始，进入到嫌疑人单独接受审判长问讯的被告人讯问阶段。这样，一直到二十二日的第十次公审为止，算上补充问讯，全体嫌疑人都接受了讯问。【54】
宫下在被问讯时说道：“我是彻彻底底的主谋，因为我的独断专行才把这么多的人都卷了进来。新村与古河未必接受刺杀计划的一些细节。而斯加更是在搬到汤河原之后就察觉了幸德秋水有终止计划的想法。”
幸德面对讯问则说：“我想革命的时机自然会到来的。在箱根拜访内山愚童时虽然说过‘一定要为了赤旗事件中所受的迫害进行报复’，但并不是马上就要使用暴力。明治四十一年十一月，我对大石、森近、松尾三人说过：‘天明大饥荒一类的情况可能再次发生，到那时就要把富人的财产分给穷人，然后烧掉土地登记所，把土地的所有权解放出来。这样一来，统治阶级就会害怕，而穷苦人自然会觉醒。为了这个时机的到来，我们有必要选出可靠的行动者。’之后又乘兴说到了‘烧光政府机关’‘进攻二重桥皇宫’等等，但也仅仅是说说而已。明治四十二年二月，宫下来拜访我时讲了他的计划，当时我并未赞成。九月，管野斯加被判罚款四百日元。这之后我们的出版、言论、生活的自由被剥夺，与友人的交流也受阻，这让我异常愤怒。自那时起，我才第一次想到如果宫下能够造出‘炸弹’的话，一定要用它打击一下政府的嚣张气焰。”
大石诚之助在被问讯时则说：“明治四十一年八月，我对秋水受到的残酷迫害身感其痛。十一月在鸭巢见面时，秋水突然从法国大革命的话题转到了进攻二重桥皇宫。当时，我想会不会是秋水因为患病和贫困的原因才变得言论过激呢，因此没有表示赞同或者反对就告辞了。明治四十二年一月末，我们四人在秋水家聚会，庆祝旧历新年。当时我问过秋水，他对计划也没有明确表示赞成。”【55】
被告人讯问中，其他的几乎所有人都对社会主义以及暗杀计划没有什么现实性的认识，也都表示对被定为“大逆罪”非常惊诧。
在公审继续的过程中，幸德从十二月十八日开始，花了两夜的时间在自己的牢房内，给三位辩护律师写了一封长信：
我憎恨对无政府主义者的镇压，更憎恨失去自由。但同时，我排斥暴力，也和其他人一样期望世间和平与自由。（中略）对于审理此次事件的各位，将无政府主义者等同于暗杀者这一愚蠢的想法，我感到异常绝望。
你们只说一句“这些人参与了幸德的暴力革命”，就把绝大多数被告送上了审判席。（中略）检察官、预审法官首先给我的言论带上“暴力革命”的帽子，然后又发明出“敢死队”这样难以理解的词语。最后再用“无政府主义的革命就是消灭皇室。幸德的计划就是暴力革命。因此一定要将参与者都定为大逆罪”如此一般的三段论把罪名强加于人。【56】于是，绝大多数的被告仅仅因为平时说过直接行动、革命运动就被牵连，对此我真的深表遗憾。
在长信的最后，幸德表示虽然他对自己的个人命运别无他求，但事关其他多名被告的利益，因此决定就“杜撰审讯报告与笔录”一事提起申诉。
第一，检察官的审讯报告只在最初阶段，向被告人朗读过两三次，其后则完全凭检察官的意图书写。
第二，修改笔录非常困难。
第三，预审笔录虽然都进行过一字一句的确认，但很多对法律属于外行的被告人认为，预审是基本调查，公审时再修改供述完全来得及。但结果杜撰的预审笔录成为了定案依据。
“无论如何都请为了这些遭此不幸的地方青年着想一下，拜托了。”
幸德是在没有任何取暖手段的牢房中写下这封长信的。其间，他因为指尖冻僵，笔掉落了三次。而且他的耳朵也冻伤了。
幸德的辩护律师花井卓藏将这封信誊写之后又印刷了多份，作为“陈辩书”分发给了其他辩护律师。
非公开庭审连日进行着，开庭后的第十三天也就是十二月二十三日，被告人讯问终于结束，庭审进入到了取证阶段。各位辩护律师都申请传唤证人，以及请求检方就宫下试爆炸弹进行现场检证。但是鹤审判长以“预审中已经调查完毕”为理由，驳回了一切举证申请。【57】
二十五日是周日，但庭审依旧继续。在平沼、板仓两位检察官的总结发言之后，总检察长松室对二十六人进行了量刑建议。
“……本条（《刑法》第七十三条）作为特殊法律，其中‘企图加害’包含预备、阴谋之意义。即使没有实行，帮助他人实行者也为主犯，因此认定二十六人为共同主犯。考虑对全部被告人判处死刑。”
从第十四次公审到第十六次公审，十一位辩护律师都为被告进行了辩护。其中，身为明星诗人，又自办文艺杂志《繁星》的辩护律师平出修更是对庭审作出过这样的反驳：
“（此案）尤其对案情进行了夸大的记录”，与此对应的是哪里都找不到“与东京、大阪、九州进行阴谋联络”的证据。整个案件的审理欠缺“何处”“何时”“何事”的三要素，“这无非是一场梦”。“哪里有这么愚蠢的阴谋？”
在诉讼程序上，全部调查举证结束后，审判长允许所有被告人作最后的个人陈述。此时，管野斯加站了起来。
“对于刺杀天皇的计划，我从一开始就有心理准备。因此，被判处何等重罪我都没有意见。但是除我之外的这些人和我没有任何关系。（中略）这仅仅是四个人的计划。（中略）现在我觉得就是要连累很多人，才在检察和预审中进行了调查。（中略）看到这样不合理的审判结果，我一定会死不瞑目的。”【58】
公审按照预定计划在年内结束了，宣布判决的日子定在了明治四十四年一月十八日。