医院感染可按病原体来源、感染部位、感染的微生物种类等分类，一般采用前两种方法分类。

医院感染按其病原体来源分类，可分为内源性医院感染和外源性医院感染两大类。

内源性医院感染（endogenous nosocomial infection）也称自身医院感染（autogenous nosocomial infection），是指在医院内由于各种原因，病人遭受其本身固有细菌侵袭而发生的感染。

病原体来自病人自身的体内或体表，大多数为在人体定植、寄生的正常菌群，在正常情况下对人体无感染力，并不致病；在一定条件下当他们与人体之间的平衡被打破时，就成为条件致病菌，而造成各种内源性感染。一般有下列几种情况：

例如大肠埃希菌离开肠道进入泌尿道，或手术时通过切口进入腹腔、血流等。

局部者如行扁桃体摘除术后，寄居的甲型链球菌可经血流使原有心瓣膜畸形者引起亚急性细菌性心内膜炎。全身者如应用大剂量肾上腺皮质激素、抗肿瘤药物及放射治疗等，可造成全身性免疫功能降低，一些正常菌群可引起自身感染而出现各种疾病，有的甚至导致败血症而死亡。

是机体某个部位正常菌群中各菌间的比例发生较大幅度变化超出正常范围的现象。由此导致的一系列临床表现，称为菌群失调症或菌群交替症。

即在抗菌药物治疗原有感染性疾病过程中产生的一种新感染。长期应用广谱抗生素后，体内正常菌群因受到不同制菌作用而发生平衡上的变化，未被抑制者或外来耐药菌乘机大量繁殖而致病。引起二重感染的菌以金黄色葡萄球菌、革兰阴性杆菌和白念珠菌等为多见。临床表现为消化道感染（鹅口疮、肠炎等）、肺炎、尿路感染或败血症等。若发生二重感染，除停用原来抗生素外，对检材培养过程中过多繁殖的菌类须进行药敏试验，以选用合适的药物。同时要采取扶植正常菌群的措施。

外源性医院感染（exogenous nosocomial infection）也称交叉感染（cross infection），是指病人遭受医院内非本人自身存在的各种病原体侵袭而发生的感染。

这种感染包括从病人到病人、从病人到医院职工和从医院职工到病人的直接感染，或通过物品对人体的间接感染。病原体来自病人身体以外的地方，如其他病人、外环境等。因此，所谓医院内的环境感染（如通过空气的感染），亦应属于外源性感染。

大部分感染是通过人与人之间的传播。病人在疾病的潜伏期一直到病后一段恢复期内，都有可能将病原体传播给周围他人。对病人及早作出诊断并采取治疗措施，是控制和消灭传染源的一项根本措施。

有些健康人可携带某病原菌但不产生临床症状，也有些传染病病人恢复后，在一定时间内仍可继续排菌。这些健康带菌者和恢复期带菌者是很重要的传染源，因其不出现临床症状，不易被人们察觉，故危害性有时超过病人。脑膜炎球菌、白喉杆菌等可有健康带菌者，伤寒杆菌、痢疾杆菌等可有恢复期带菌者。

根据医院感染发生的部位，可分为以下各类，详见表1-1。具体标准则根据感染部位共分12类，即下呼吸道感染、伤口感染、泌尿道感染、胃肠道感染、血液感染、皮肤和软组织感染、骨与关节感染、生殖道感染、中枢神经系统感染、心血管系统感染、眼耳鼻咽喉和口腔感染、全身感染。