人是肠道病毒已知的唯一宿主及传染源。已发病手足口病人、EV71隐性感染者以及健康病毒携带者均为传染源。散发期间，隐性感染者为主要传染源；流行期间，隐性感染者和病人均为主要传染源。隐性感染者的比例很高，且感染后潜伏期长短不一，故该病传染源难以发现和控制并难以有效阻断其传播途径。病毒潜伏期约2～10天，平均3～5天。在潜伏期，感染者的呼吸道分泌物和粪便中就能检出病毒。患儿在发病1～2周自咽部排出病毒，3～5周从粪便排出病毒。疱疹液含有大量病毒，疱疹破溃时病毒溢出。发病后1周内传染性最强，但其传染性可持续至症状和体征消失后数周。病毒可持续存在病患的口鼻分泌物达3～4周，感染者经肠道排出病毒则可持续长达6～8周。

病毒传播途径广，传染性强，传播速度快。传播途径主要经由胃肠道（粪-口、食物污染、水），其次是呼吸道（飞沫、打喷嚏或咳嗽）传播。接触传播是造成手足口病流行的主要方式，包括直接接触和间接接触，其内涵包括口-口传播、粪-口传播和皮-口传播。易感者通过直接接触隐性感染者或病人的鼻涕、痰液、唾液、疱疹液或粪便而感染，也可通过间接接触隐性感染者或病人使用过的物品而感染，如毛巾、手绢、牙杯、玩具、食具、奶具以及床上用品、内衣等，而接触传播的关键媒介是易感者的手。水和食品污染是导致手足口病流行的另一种方式，病毒感染者排出的病毒污染了水源，而被污染的水源又进一步成为污染食物等其他物质的污染源，其内涵也主要是经口传播，从而造成水源性暴发。手足口病也可通过飞沫传播，飞沫主要来自感染者的咳嗽和喷嚏。与患者同处一室最易感染。常引起聚集甚至难以控制的暴发或流行。肠道病毒传播与当地卫生条件、居住条件与卫生习惯密切相关。在发展中国家，通过肠道、呼吸道、接触3种途径并行传播；在发达国家，以呼吸道传播为主。门诊交叉感染、口腔器械消毒不合格、包括苍蝇在内的一些昆虫都有可能成为病毒的传播媒介。此外，也可经胎盘病毒由母体传染胎儿。

人对肠道病毒普遍易感，显性感染和隐性感染后均可获得特异性免疫力，持续时间尚不明确。对同血清型病毒产生比较牢固的免疫力，但不同血清型间鲜有交叉免疫力。由于不同病原型别感染后抗体缺乏交叉保护力，因此人群可反复感染发病。一项人类血清学报道显示，1998年我国台湾EV71暴发是由于人群中缺乏抗EV71中和抗体，提示EV71感染与年龄相关的原因可能是因为抗体较少。根据马来西亚、新加坡、我国台湾和深圳等地的血清流行病学调查显示，儿童出生后会从母体获得一部分肠道病毒抗体，但1个月后会迅速下降；2岁以下儿童的血清抗EV71抗体水平约为0. 8%，从2岁开始，血清阳性率以每年12%的速率逐步提高，到5～6岁时血清抗体水平上升到约50%，并达到一个稳定的状态 ^［48］；5～6岁以上人群的抗体水平则随着年龄的增加再次逐渐下降 ^{［49，50］}。因此，手足口病的患者主要为学龄前儿童，尤以≤3岁年龄组发病率最高，4岁以内占发病数85%～95%，重症感染多见于婴幼儿，常导致死亡病例发生，并且比较容易引起暴发或流行（见表4-4）。此外各个年龄段均有可能发生，病毒隐性感染与显性感染之比为100∶1，成人大多已通过隐性感染获得相应的抗体。同一家庭成员内部更可能传播 ^［51］，但成人临床症状一般不明显，只在部分患者中表现出手足口病症状。我国报道的最小发病年龄为12天，最大为17岁 ^［45］。最近，越来越多的青少年也受到感染，易感人群的改变表明了预防性公共卫生行为应包含这类人群 ^［52］。

人群对EV71的易感性可能与某些基因相关，但是主要组织相容性复合体（major histocompatibility complex，MHC）的作用机制尚不清楚。我国台湾的一项研究显示，HLA-A33基因与EV71易感性相关，HLA-A33在亚洲人群出现的频率较白人多，这可能解释为什么近10年来EV71在亚太地区高发。研究者也推测EV71感染者发生呼吸循环衰竭可能与HLA-A2有关 ^［53］。CTLA-4基因是免疫反应中参与EV71感染过程中引起T细胞毒性的重要的调控者之一，提示人群的某些基因与EV71感染有一定相关性 ^［54］。我国台湾一项对EV71感染的78例患儿研究发现，发生脑膜脑炎的患儿CTLA-4基因外显子1的第49位为G/G基因型的几率显著高于未患脑膜脑炎和对照组 ^［55］。然而，另一项研究却认为基因型与脑炎没有相关性 ^［56］。

手足口病分布极广泛，无严格地区性。四季均可发病，以夏秋季多见，冬季的发病较为少见。本病常呈暴发流行后散在发生，该病流行期间，幼儿园和托儿所易发生集体感染。家庭也有此类发病集聚现象。医院门诊的交叉感染和口腔器械消毒不严格，也可造成传播。天津市两次较大流行，托幼机构儿童发病率明显高于散居儿童。家庭散发，常一家一例；家庭暴发，一家多人或小孩子与成人全部感染发病。此病传染性强，传播途径复杂，流行强度大，传播快，在短时间内即可造成大流行。