第二节 粤港澳大湾区生态环境协同发展的演进历程及现状
根据中共中央、国务院印发的《粤港澳大湾区发展规划纲要》，粤港澳大湾区要实行最严格的生态环境保护制度。规划纲要不仅指出粤港澳大湾区发展面临诸多挑战，例如，区域发展空间面临瓶颈制约，资源能源约束趋紧，生态环境压力日益增大，人口红利逐步减退等，而且把“绿色发展、保护生态”确定为大湾区合作六项基本原则之一，将“宜居宜业宜游的优质生活圈”确定为大湾区发展五项战略定位之一，并且明确提出，到2022年，基本形成生态环境优美的国际一流湾区和世界级城市群框架，初步确立绿色智慧节能低碳的生产生活方式和城市建设运营模式。规划纲要专门部署推进生态文明建设，要求牢固树立和践行绿水青山就是金山银山的理念，实行最严格的生态环境保护制度。[15]
事实上，粤港澳大湾区的生态环境保护合作已持续开展多年。随着《珠江三角洲地区改革发展规划纲要》、《粤港合作框架协议》、《粤澳合作框架协议》、《深化粤港澳合作 推进大湾区建设框架协议》和相关专项性环境规划及环境协议的相继推出，粤港澳大湾区政府间的环保合作不断拓展和深化，粤港澳三地不断推进大湾区空气质量管理、跨界河流治理、珠江河口水质管理、东江水质保护等合作。
一 以区域规划引领粤港澳大湾区环境合作
粤港澳大湾区城市群为了解决区域环境问题，将环境治理纳入了粤港澳区域合作与发展的相关综合规划或专项规划之中，通过规划引领区域环境合作行动。2009年1月，国家发改委公布实施《珠江三角洲地区改革发展规划纲要（2008～2020年）》；同年，粤港澳三地共同研究《大珠江三角洲城镇群协调发展规划》；2012年6月，粤港澳共同编制实施《共建优质生活圈专项规划》；2019年2月，中央政府正式发布《粤港澳大湾区发展规划纲要》。这些规划以合作解决区域公共问题为出发点，设计了粤港澳区域合作的蓝图，奠定了区域环境合作的政策基础。这些区域规划中对区域环境治理做了明确规定和安排，为粤港澳、粤港、粤澳环境合作提供了政策指引和行动建议。[16]
（一）《粤港澳大湾区发展规划纲要》的引领[17]
2019年2月，中共中央、国务院印发了《粤港澳大湾区发展规划纲要》，这是指导粤港澳大湾区长期合作发展的纲领性文件。规划要求大力推进生态文明建设，树立绿色发展理念，坚持节约资源和保护环境的基本国策，实行最严格的生态环境保护制度，坚持最严格的耕地保护制度和最严格的节约用地制度，推动形成绿色低碳的生产生活方式和城市建设运营模式，促进大湾区可持续发展。同时，规划要求践行生态文明理念，充分利用现代信息技术，实现城市群智能管理，建设生态安全、环境优美、社会安定、文化繁荣的美丽湾区。规划提出，到2022年，粤港澳大湾区将建设成为生态环境优美的国际一流湾区，初步确立绿色智慧节能低碳的生产生活方式和城市建设运营模式；到2035年，粤港澳大湾区的生态环境将得到有效保护，宜居宜业宜游的国际一流湾区将全面建成。
在发展策略方面，《粤港澳大湾区发展规划纲要》专门部署推进生态文明建设，要求牢固树立和践行绿水青山就是金山银山的理念，实行最严格的生态环境保护制度。
1.打造生态防护屏障
规划提出实施重要生态系统保护和修复重大工程，构建生态廊道和生物多样性保护网络，提升生态系统质量和稳定性。划定并严守生态保护红线，强化自然生态空间用途管制。加强珠三角周边山地、丘陵及森林生态系统保护，建设北部连绵山体森林生态屏障。加强海岸线保护与管控，强化岸线资源保护和自然属性维护，建立健全海岸线动态监测机制。
2.加强环境保护和治理
规划提出开展珠江河口区域水资源、水环境及涉水项目管理合作，重点整治珠江东西两岸污染，规范入河（海）排污口设置，强化陆源污染排放项目、涉水项目和岸线滩涂管理。实施东江、西江及珠三角河网区污染物排放总量控制，保障水功能区水质达标。强化区域大气污染联防联控，实施更严格的清洁航运政策，实施多污染物协同减排，统筹防治臭氧和细颗粒物（PM2.5）污染。实施珠三角九市空气质量达标管理。
3.创新绿色低碳发展模式
规划提出挖掘温室气体减排潜力，采取积极措施，主动适应气候变化。加强低碳发展及节能环保技术的交流合作，进一步推广清洁生产技术。推进低碳试点示范，实施近零碳排放区示范工程，加快低碳技术研发。推动制造业智能化绿色化发展，采用先进适用节能低碳环保技术改造提升传统产业，加快构建绿色产业体系。
（二）大珠三角区域规划的引领
为了推进大珠三角经济社会的发展，国务院、广东省政府、港澳特别行政区政府编制了若干区域发展规划，这些规划有综合性的区域规划，也有专项性的区域规划。这些规划主要突出对珠三角经济社会发展提出方案和蓝图，在规划中，对区域环境治理十分重视，提出区域环境治理的目标和策略。
一是提出建设生态型城市群。《大珠江三角洲城镇群协调发展规划》提出将大珠三角建成充满生机活力、具有全球竞争力、协调可持续的世界级城镇群。《共建优质生活圈专项规划》提出将大珠三角建设成为绿色宜居城市群区域。
二是主张共建优质生活圈。《大珠江三角洲城镇群协调发展规划》提出将大珠三角发展成富足、文明、和谐、宜居的优质生活圈。《珠江三角洲地区改革发展规划纲要（2008～2020年）》强调粤港澳更紧密合作，在大珠江三角洲地区共建绿色优质生活圈。尤其是《共建优质生活圈专项规划》专门对共建优质生活圈的蓝图进行设计，将生态环保作为共建优质生活圈的前提条件。
三是强调政府环境治理合作。《珠江三角洲地区改革发展规划纲要（2008～2020年）》要求建立污染联防联治机制，共建跨境生态保护区，保护水库集水区；支持共同研究合作发展清洁能源及可再生能源、实施清洁生产等方面的合作；鼓励粤港澳在物料回收、循环再用等方面的合作；支持粤港澳三方共同编制区域合作规划；完善粤港联席会议机制和粤澳联席会议机制，增强行政首长联席会议的实际效用。《珠江三角洲城镇群协调发展规划》专门提出跨界环境合作计划，研究制定大珠三角环保框架协议，建立区域环境监测预报和灾害防治预警系统，建立粤港澳联络协调机制。《共建优质生活圈专项规划》提出深化珠江口海域、深圳湾、大鹏湾等邻接水环境的保护合作；联合开展珠江流域水环境综合治理；建议建立区域低碳发展合作机制，推进区域应对气候变化的合作，开展区域清洁生产合作；加强区域环保产业合作；新能源与可再生能源研发及应用合作。
（三）小珠三角区域规划的引领
小珠三角城市群的区域规划主要分为两类，即综合性规划和专题性规划。
一是综合性规划。综合性规划涉及区域经济发展、社会服务、资源开发、环境保护等诸多内容，例如，2004年12月建设部与广东省共同编制的《珠江三角洲城镇群协调发展规划（2004～2020）》，该规划提出关于珠三角城镇群发展的蓝图以及实施规划的一整套策略、行动方案。尽管该规划是一项综合性规划，但也对珠三角城镇群的环境治理做了较详细的规划安排。
二是专题性规划。例如，2005年2月，广东省环保局牵头编制的《珠江三角洲环境保护规划纲要（2004～2020年）》；2010年7月，广东省政府印发的《珠江三角洲环境保护一体化规划（2009～2020年）》；2010年10月，水利部组织编制的《珠江河口综合治理规划》；2014年11月，由广东省政府印发的《珠江三角洲地区生态安全体系一体化规划（2014～2020年）》；2017年7月，广东省政府颁布的《珠三角国家森林城市群建设规划（2016～2025年）》。
在这些规划中，专题性规划主要强调多项环境治理目标和治理策略。
一是提出建设森林城市。《珠江三角洲环境保护一体化规划》提出，加快推进珠三角区域生态安全体系一体化，2020年前在珠三角率先建成国家森林城市；《珠三角国家森林城市群建设规划》提出，重点加快珠三角森林生态安全一体化步伐，构筑稳固的森林生态安全屏障，建设绿色生态水网，建设城市森林组团，到2020年把珠三角地区打造成森林城市；《珠江三角洲环境保护规划纲要》明确提出，把珠江三角洲建成全面、协调的国家可持续发展示范区，到2020年，建成生态城市；《珠江三角洲地区生态安全体系一体化规划》提出，加强区域生态安全体系一体化建设，构筑珠三角森林生态安全屏障，加快推进森林生态安全体系建设。
二是优化区域生态安全格局。《珠三角城镇群协调发展规划》将珠三角区域内生态环境、城镇、产业与重大基础设施地区划分为九类政策区，不同分区实施不同的空间管治，强调保护区域发展的生态“底线”，构筑珠三角网络型的生态结构。《珠江三角洲环境保护规划纲要》提出建设生态环境安全格局，要求红线控制，优化区域空间布局；绿线提升，引导区域经济持续发展；蓝线建设，保障区域环境安全。《珠江三角洲地区生态安全体系一体化规划》提出，构建“一屏、一带、两廊、多核”的区域生态安全格局，加强区域生态安全体系一体化建设，守住生态红线；该规划还提出构筑稳固的森林生态安全屏障，主要依托山脉、林地、水系等要素，组合、串联和扩大各类绿色生态空间，构建珠三角城市群森林绿地体系。
三是建立区域环境合作的体制机制。《珠江三角洲环境保护规划纲要》强调区域协调，改革环境管理体制，加强环保合作；《珠江三角洲环境保护一体化规划》提出建立高效的区域环境保护一体化体制机制和行动方案，要求建立齐防共治的跨界水体污染综合防治体系、跨界水体综合防治体系、联防联控的大气复合污染综合防治体系、同保共育的生态体系、共建共享的基础设施体系、协同联动的环境监管体系、先行先试的环境政策法规体系、统筹协调的环境管理体制等。
二 以行政协议推动粤港澳大湾区环境合作
（一）政府合作框架协议中的环境议题
2003年6月，中央政府与香港特区政府签订了《内地与香港关于建立更紧密经贸关系的安排》（CEPA），此后，粤港澳的合作不断深化和拓展。2004年6月，内地九省[18]与港澳共同签署《泛珠三角区域合作框架协议》。2010年4月，广东省政府与香港特区政府签订《粤港合作框架协议》。2011年3月，广东省政府与澳门特区政府签订《粤澳合作框架协议》。这些框架协议的内容都涉及环境保护领域的合作。《泛珠三角区域合作框架协议》提出建立区域环保协作机制，加强“9+2”在生态建设、水环境保护、大气环境保护和清洁生产等方面合作，制定区域环保规划，加强珠江流域的生态建设，提高流域整体环境质量。《粤港合作框架协议》提出构建全国领先的区域环境和生态保护体系，建设优质生活圈。同时，《粤港合作框架协议》强调，共同防治空气污染和开展水资源保护，开展粤港海洋环境监测网络技术交流，开展联合专项执法行动，打击破坏海洋环境等违法活动，实施清洁生产伙伴计划，合作实施滨海湿地保护工程，共同建设自然保护区。不仅如此，《粤澳合作框架协议》还对环境保护做了概括性的表述：加强区域水环境管理和污染防治，治理珠澳跨境河涌污染，创新流域整治的合作机制，构建完整的区域生态系统，建设跨境自然保护区和生态廊道；加快环珠江口跨境区域绿道建设，共建区域空气质量监测网络，完善区域污染信息通报机制，完善联防联治机制。
2017年7月，国家发展改革委、广东省政府、港澳特区政府四方签订了《深化粤港澳合作 推进大湾区建设框架协议》，提出坚持生态优先、绿色发展的原则，着眼于城市群可持续发展，强化环境保护和生态修复，推动形成绿色低碳的生产生活方式，将粤港澳大湾区建设成为宜居宜业宜游的优质生活圈。另外，2009年12月，广州、佛山、肇庆三市签订《广佛肇经济圈建设合作框架协议》，提出以水环境污染和空气污染联防联治为突破口，改善区域整体环境质量，加强水资源保护利用合作，加强大气环境综合治理，实现环境基础设施资源共建共享，加强区域绿色生态屏障建设，健全区域生态环境协调机制。2009年2月，深圳、惠州、东莞三市签订《推进珠江口东岸地区紧密合作框架协议》，要求建立区域污染联防联治机制，优先治理跨界河流污染，加强相邻生态功能区合作，加强区域环境信息共享，共同监测大气污染和水域污染，推进区域环境基础设施建设和合理布设，推进珠江河口和大亚湾海域和东江流域污染综合治理，探索区域环保排放、收费和治理标准的统一。
（二）政府间环境合作协议
1.粤港澳政府间环境合作协议
一是总体性环境合作协议。这类协议涉及大气环境、水环境和资源保护利用等多方面的合作。2009年8月，广东与香港共同签署《粤港环保合作协议》，合作领域包括空气污染防治、水环境保护、林业保育、清洁生产和环保产业、海洋渔业资源保护、资源循环利用等。2013年11月，珠海、澳门共同签订《珠澳环境保护合作协议》，协议重点开展两地水环境污染治理，特别是界河的治理。同时，该协议强调开展大气污染联防联治、废物利用及环保产业合作，并要求深化环境紧急事故通报。2016年10月，香港与澳门特区政府签订《港澳环境保护合作协议》，协议要求加强在空气污染防治、环境监测与研究、废物及污水管理、环评、环宣与培训、环保产业等方面的合作，以及加强重大跨境环境突发事故的通报。2017年3月，广东与澳门签署《2017～2020年粤澳环保合作协议》，推动编制粤港澳大湾区环境保护规划，推进环境监测、环境科研与交流、环境培训、环保宣传、环保产业、废旧车辆跨区转移处置、突发环境事件通报等方面的合作。
二是专项性环境合作协议。2002年4月，粤港签署和发布《关于改善珠江三角洲空气质量的联合声明》，提出二氧化硫、氮氧化物、可吸入颗粒物和挥发性有机化合物的排放总量达到合作目标要求，同时采取一系列有力措施加强污染防治和减排。2007年8月，粤港两地政府签订了《关于推动粤港两地企业开展节能、清洁生产及资源综合利用工作的合作协议》，双方承诺加强推动粤港企业节能、清洁生产及资源利用方面的合作，加强区域协作，共同支持两地工商界的环保计划，在实施计划、节能、清洁生产及资源利用的技术标准等方面加强沟通交流。2014年9月，粤港澳三地签署《区域大气污染联防联治合作协议书》，共同推进区域大气污染联防联治合作，共建珠三角空气质量监测平台，优化粤港澳珠江三角洲区域空气监测网络，联合发布区域空气质量信息，开展环保科研合作和环保技术交流，实时发布区域空气质量信息，开展粤港澳区域性PM2.5联合研究，推进清洁生产伙伴计划。
2.珠三角政府间环境合作协议
为了推动小珠三角区域的环境合作治理，广东省9个城市[19]间签订了数十个环境合作协议。这些协议大多是小珠三角内部广佛肇、深莞惠、珠中江三个经济圈城市间签订的。由于地缘关系，城市间的双边环境协议也是在三个经济圈内，如《广州市佛山市同城化建设环境保护合作协议》《中山珠海两市跨界区域防洪及河涌水污染综合整治合作协议》《深莞两市加大茅洲河流域污染源环保执法力度框架协议》等。
珠三角政府间环境合作协议主要分为三种类型，具体如下。
一是经济圈总体性环境合作协议。2008年，广东省提出建立广佛肇（广州、佛山、肇庆）、深莞惠（深圳、东莞、惠州）和珠中江（珠海、中山、江门）三大经济圈，通过三大经济圈一体化发展来实现珠三角一体化。三个经济圈城市间先后签订一系列环境合作协议，包括《深莞惠环境保护与生态建设合作协议》《广佛肇经济圈生态环境保护合作协议》《珠中江环境保护区域合作协议》等。这些环境合作协议以水环境和大气环境治理为重点，涉及规划编制、项目联审、执法应急、联合监测、环境科研、环境设施、环境宣传合作，以及环境应急联动、环境信息共享、产业合作、合作机制等各个方面。例如，2009年5月，珠海、中山、江门三市环保局签署《珠中江环境保护区域合作协议》，该协议对区域水环境、大气环境联防联治等方面做了规定，要求建立珠中江环境监测网、跨界环境违法案件移送机制、区域环境信息定期通报制度等。
二是跨界水污染治理合作协议。跨界河流污染一直是珠三角环境治理中的难题。2009年5月，深圳、东莞、惠州三市签署《深莞惠界河及跨界河综合治理工作协议》，联手治理石马河、淡水河、茅洲河、沙河等跨界河流的污染问题。2012年9月，深圳、东莞、惠州三市共同签署《深莞惠饮用水源与跨界河流水质监测工作一体化协议》，要求对龙岗河、观澜河、淡水河等流域的重污染企业和污染企业进行治理，明确跨界河流的监测合作，并订立详细的三市交流机制，实现环境监测信息和资源共享。2015年2月，深圳和东莞两市签署《深莞两市加大茅洲河流域污染源环保执法力度框架协议》，对茅洲河流域内污染源开展环保专项执法检查和跨区域联合执法检查行动。2015年7月，珠海与中山签署《中山珠海两市跨界区域防洪及河涌水污染综合整治合作协议（2015～2020年）》，该协议提出切实推进污染减排，改善水环境质量，加强水环境监管体系建设的合作。2016年3月，深莞惠三市与河源、汕尾签署《深莞惠经济圈（3+2）跨界流域非法养殖场整治工作协议》，将跨界城市环境合作的范围扩大至河流的上游地区。[20]
三是城际大气污染治理合作协议。2011年7月，为保障第26届世界大学生夏季运动会顺利进行，深圳与东莞、惠州签订了《深莞惠机动车排气污染联防联控工作协议》，继续完善大气污染防治长效机制，加强城际机动车污染防治合作，成立机动车排气污染联防联控工作小组，提升各市的机动车污染防治措施，上线运行深莞惠环境信息共享系统，常态化查处黄标车、黑烟车等。[21]2015年2月，深圳、东莞、惠州三市签订了《深莞惠大气污染防治区域合作协议》，推动区域大气环境污染联防共治，建立跨界污染协调机制，建立大气污染防治经验交流与黄标车淘汰的工作会议制度，建立黄标车数据库的共享机制，建立重大环境影响项目通报制度。
四是其他环境合作协议。2012年9月，深圳、东莞、惠州三市签订《区域突发环境事件应急联动工作框架协议》，确立了三市协同处置突发环境事件、跨界河流污染联动预警、联合执法监督联合监测、环境应急信息共享等行动机制。2015年5月，为了增强环境信息对接共享和加强环境执法合作，深圳、东莞、惠州三市签订了《环境信息共享系统数据安全及运营管理协议》和《深莞惠经济圈（3+2）环境保护联合交叉执法工作协议》。
三 以组织机制保障粤港澳大湾区环境合作
多年来，粤港澳三地构建了以联席会议为核心的合作机制，在联席会议框架下，通过建立粤港、粤澳环保合作小组及其下设的专责（项）小组，落实执行相关环境合作规划、协议和行动方案。联席会议制度和环境工作（专责）小组相结合是粤港澳大湾区环境合作的组织特征，通过建立联席会议制度和环境工作小组来研究决定区域重大环境合作事项，达成协调合作关系，落实合作规划和协议，其中，领导人联席会议是指导粤港澳环境合作的高层对话机制。
（一）建立联席会议制度
《粤港合作框架协议》和《粤澳合作框架协议》都要求建立和完善粤港、粤澳合作联席会议制度，共同研究决定有关合作项目和事项，强化协调和执行职能，设立或调整合作专责小组、联席会议这种高规格的领导机构，有效推动了粤港澳大湾区环境治理的进展。
一是粤港合作联席会议。1998年3月，香港前特首董建华提议建立粤港联席会议制度，很快粤港政府举行了首次粤港合作联席会议。粤港联席会议每年举行一次，轮流在广州和香港两地召开。从2003年起，联席会议由两地行政首长共同主持，使得粤港官方合作进入实质性阶段。[22]到2018年，粤港合作联席会议召开第21次会议。粤港联席会议为两地环境管理提供交流平台，通过联席会议签订多项环保协议和相关协议，例如，2002年4月，粤港联席会议签订了《改善珠江三角洲空气质量的联合声明》；2016年9月，粤港联席会议签订了包括《2016～2020年粤港环保合作协议》在内的9份合作协议。
二是粤澳合作联席会议。2001年，粤澳高层会晤制度开始运作，2003年12月，建立粤澳合作联席会议制度，取代粤澳高层会晤制度。粤澳合作联席会议下设联络办公室，联席会议主要磋商下一阶段粤澳的合作方向、合作重点及重大经济社会问题。每年轮流在广东和澳门举行。同时，联席会议之下可根据需要设立若干项目专责小组。专责小组之下还可再设专项工作小组。[23]2008年7月，在粤澳合作联席会议框架下成立珠澳合作专责小组，作为政府间直接沟通的联络机制。2010年10月，珠澳合作专责小组增设“珠澳环保合作工作小组”，该工作小组每年召开一次联席会议，建立环保专责和联络机制。[24]
三是小珠三角联席会议。为了推动珠三角九市[25]间环境合作，广东省政府建立由省领导为召集人的联席会议。2002年底，广东省委省政府颁布《关于加强珠江综合整治工作的决定》，并建立珠江综合整治工作联席会议制度。2008年10月，建立珠三角大气污染防治联席会议制度，并制定《珠三角区域大气污染防治联席会议议事规则》。联席会议以省长为第一召集人，由九市的主管市长和18个省直相关部门负责人组成，职责包括检查和定期通报珠三角大气污染防治规划实施情况，组织考核大气污染防治工作，协调解决区域大气污染纠纷，建立统一的区域环保政策等。此外，广佛肇、深莞惠、珠中江等经济圈也建立了联席会议制度，定期召开领导人联席会议，其中环境合作是联席会议的重要议程。例如，2009年5月，深圳、东莞、惠州第二次党政联席会议签署《深圳市东莞市惠州市界河及跨界河综合治理计划》，将淡水河、观澜河、石马河、茅洲河纳入综合治理。2013年8月，深莞惠第七次党政联席会议通过《深莞惠大气污染防治合作协议》，标志着三市的环保合作进入了纵深拓展、全面深化的新阶段。
（二）建立环境合作小组
一是粤港持续发展与环保合作小组。1990年，粤港环境保护联络小组成立，2000年将其更名为“粤港持续发展与环保合作小组”，由香港环境局局长和广东省环保厅厅长担任双方组长。该合作小组主要负责两地在环境合作领域的政策制定和管理，磋商环境及可持续发展问题，检讨环保项目对两地生态环境可能带来的影响，交换两地环境保护方面的数据，对合作小组各项计划的执行情况进行定期回顾。该合作小组下设专家小组及多个专题（责）小组，负责对合作小组制订的工作计划、减排政策进行具体的落实、监察和指挥。[26]到2016年，粤港持续发展与环保合作小组已先后召开了16次会议。
二是粤澳环保合作专责小组。2000年建立粤澳环保合作机构，2002年5月建立“粤澳环保合作专责小组”。粤方成员除了省环保厅、省水利厅、省港澳办人员外，还包括珠海市环保局、中山市环保局等单位人员，澳方成员包括澳门环保局、港务局、民政总署、气象局等部门人员。下设林业及护理专题小组、空气质量合作专项小组、水葫芦治理专项小组。从2002年开始，水葫芦治理专项小组联手澳门、中山和珠海，治理澳门附近海域和航道的水浮莲取得了较好成果。2006年，粤澳成立空气质量合作专项小组，开展空气监测合作和项目研究，加强双方在空气质量和管理领域的交流，为粤澳改善区域空气质量提供管理和决策支持。[27]粤澳环境合作主要是在珠澳两地展开，2008年12月，成立“珠澳合作专责小组”，珠澳环保合作工作小组成立以来，建立了联络沟通机制和珠澳环境合作的主要交流平台。2017年，珠澳环保合作工作小组提出了未来的合作计划，珠澳双方就水环境污染、突发环境事件的通报及处理、生态技术和环保产业交流、环境宣传教育等方面的议题进行了深入讨论。[28]
四 以环保工程落实粤港澳大湾区环境合作
（一）水环境治理合作项目
水环境治理是粤港澳环境合作的重点工作之一，主要在涉及跨界河流、珠江口近岸海域治理工程上的研究和治理合作。粤港澳水环境的治理合作主要是深港、珠澳之间的合作。跨界河流主要是深港、珠澳的界河，如深港边界河流——深圳河，珠澳边界河流——鸭涌河、前山河等。
一是深圳河治理工程。深圳河是深圳与香港的界河，流入深圳湾，全长37公里，北岸深圳占流域面积的60%，香港占40%。早在1981年12月，深圳市与港英政府就深圳河治理展开过谈判，并于1982年4月组成联合小组展开工作，着手编制深圳河治理的前期规划，出台《深圳河防洪规划报告书》。由于两地当时没有达成合作共识，到1995年深圳河工程才正式动工。该工程由深港双方政府共同出资，前后分四期进行，成立了深港联合治理深圳河工作小组，由该机构代表双方政府进行谈判和决策。该工程在国内率先实行项目法人制、招投标制、建设监理制和合同管理制，形成了一套别具特色的管理模式。经过治理，深圳河的生态环境和环境面貌得到了极大改善。[29]
二是深圳湾治理工程。深圳湾在香港称为后海湾，这是广东与香港共管的近岸海域，是中国污染最严重的海湾之一。为了治理深圳湾，深港两地政府投放资源，拓建与优化深圳湾集水区内的污水基础设施，2000年共同制定《后海湾（深圳湾）水污染控制联合实施方案》。2007年共同制订《实施方案2007年修订本》，订立深圳湾污染物减排目标，逐步削减污染负荷。双方根据方案积极治理水环境，深圳湾水质得到改善。2016年，深港完成《后海湾（深圳湾）水污染控制联合实施方案》第二次回顾研究，并确定进一步合作计划。
三是大鹏湾治理工程。为保护大鹏湾水环境，2003年，深港合作完成《大鹏湾水质区域控制策略》的研究，并推行其中的相关建议。2008年，深港开展《大鹏湾水质区域控制策略》首次回顾研究，2011年完成研究工作，提出保护大鹏湾水环境的补充建议。
四是珠江口治理工程。2004年，启动粤港澳三地珠江口湿地生态保护工程，该工程计划用5年时间，种植5万公顷的红树林，并抢救珠江口周围50万公顷的珍贵湿地，从而构筑珠江口红树林湿地保护圈。[30]2008年，粤港两地合作建成一套先进的珠江河口地区水质数值模型，为河口水环境管理提供了科学分析工具。2009年2月，粤港澳共同编制《珠江口宜居湾区建设重点行动计划》，该计划着重分析湾区的湿地系统、跨区域污染和环境保护，研究湾区内水资源利用、水环境保护等。
五是鸭涌河整治工程。港珠澳大桥的珠海连接线工程——拱北隧道要从鸭涌河河底通过，项目施工占用了鸭涌河上游部分河段，珠澳两地通过协商将鸭涌河综合治理纳入粤澳新通道项目合并实施，将鸭涌河的防洪标准由治理前的5年一遇提高到50年一遇。另外，在小珠三角，深莞惠三市、广佛两市、珠中江三市在治理跨河流、河涌方面建立了合作机制，以推动实施综合治理的工程和联合行动。
（二）空气质量合作项目
一是区域空气监测网络项目。早在1999年，粤港联合开展粤港珠江三角洲空气质量研究，着手研究PM2.5、臭氧污染、灰霾的成因与治理。2002年，粤港共同发布改善区域大气环境质量的联合声明。[31]2003～2005年，粤港联合建成了珠江三角洲区域空气监控网络。该网络由16个监测点组成（13个在广东，3个在香港）。随着《粤港澳区域大气污染联防联治合作协议书》的签订，将澳门空气质量监测子站也纳入了该网络，监测站点由16个增加至23个，并将网络更名为“粤港澳珠江三角洲区域空气监测网络”。该监测网络率先在珠三角开展PM10、PM2.5、臭氧、二氧化硫、氮氧化合物、一氧化碳的常规业务监测，率先每日按照新环境空气质量标准发布区域空气质量信息，并为粤港政府环境决策提供科学依据和技术支持，编制了《珠江三角洲地区空气污染物排放清单编制手册》，规范了污染物排放量统计方法。2014年，粤港澳实施《改善珠三角空气质量的PM2.5研究》，该项目主要研究珠三角地区PM2.5污染物的时空分布，分析监测数据，识别及量化PM2.5的污染源，以促进三地联手制定有针对性的相关政策。
二是清洁生产伙伴计划项目。2008年4月，为了鼓励和协助珠三角地区的港资企业采用清洁生产技术，减少企业污染物排放，粤港启动清洁生产伙伴计划。[32]该项目由广东省经信委和香港环境保护署联合开展，香港政府对该项目第一阶段拨款9300万港元，为期5年，后来，将该计划延展至2020年。该计划包括三个项目：①实地评估项目，主要资助厂商聘用顾问为工厂发掘可行的节约能源、减少污染的方案；②示范项目，主要资助厂商安装设备或改善生产流程，以展示清洁生产技术的节能减排成效；③核证改善项目，主要资助厂商获得独立第三方核证服务，为工厂核证清洁生产改善项目的成效。
（三）其他环境合作项目
2010年5月，为探索循环经济发展新路，粤港澳实施废旧汽车拆解基地项目，对粤港澳大量的废旧汽车、摩托车、轮胎、家用电器等进行拆解、回收加工再利用。粤澳双方加强气象探测领域合作，共同交流风暴潮、水浸街预报等方面的关键技术，互换雷达数据、卫星云图、风暴潮汐观测等数据，粤方向澳门开放使用数值、预报模式数据和区域短时临近预报模式数据，并在黄茅洲以南的外海岛屿共建气象观测平台。[33]在保护东江水质方面，双方积极合作，推进各项有关保护东江水环境的工作，在东江流域已建成142座污水处理设施，日处理能力达924.8万吨，确保供港水质安全。[34]