2.1.4　MiSeq 16S基因测序

初始接种物（RM和AS）和发酵结束后不同接种比的固液相样品用于微生物菌群分析，其中固相样品分别命名为IS1、IS2、IS3、IS4和IS5，液相样品分别命名为IL1、IL2、IL3、IL4、IL5。DNA提取按照Power soil® DNA试剂盒（MoBio，美国）说明书操作，利用引物对338F和806R扩增16S rDNA V3-V4区用于构建扩增文库[152]，扩增文库通过MiSeq平台（Illumina，美国）测序。原始序列拼接后利用QIIME v1.8.0（http://qiime.org/）加工处理。序列去除嵌合体后，按照97%相似水平进行聚类分析，OTUs （operational taxonomic units）序列在Silva 16S rDNA数据库（Release119，http://www.arb-silva.de）中进行比对，用于α-多样性、物种注释信息及群落组成分析（相对丰度保留小数点后四位数字）。测序原始序列提交到NCBI数据库，序列号为SRP093474 （SRA）。