三、别离，情不断
1937年“七七事变”，日本大举入侵，北平被日寇占领。燕京大学因为是美国教会办的，一时还没有直接受到日本侵略者的骚扰，但一个月后，日本人公然轰炸了燕大附近的一个兵营，燕大校园内人心惶惶，失去了往日的平静。
面对莫测的前景，燕大校董会经过反复磋商，决定对燕大领导层进行调整，解除了6月份校董会刚刚选为校长的孔祥熙的校长职务，由司徒雷登出任校长。理由是，在目前形势下，由作为中国国民政府的高官之一的孔祥熙担任一个处于日本控制区的大学校长，会给燕大带来麻烦和危险。按照6月份校董会的会议决定，孔校长缺席时，由陆志韦代理校长，随着孔校长的职务取消，陆志韦的代理校长身份也就不存在了。
1941年冬，太平洋战争爆发。12月8日上午9时，燕京大学校园遭日寇占领，日本宪兵队宣布正式接管学校。时任研究院院长的陆志韦和宗教学院院长赵紫宸等师生三十余人被逮捕拘押。因当时司徒雷登应天津校友会邀请正在天津，第二天正当他准备返校时，遭日本兵抓捕，被押送北平拘禁，直至日本投降才被释放。
陆志韦被捕后，日寇企图利用他在学术和教育领域的威望，诱他出来为伪政府服务，遭到他严词拒绝。在狱中，日寇哄骗陆志韦说：只要写一张“悔过自新”书，便可出狱。他拿起敌人给他的纸和笔，写下了“无过可悔”四个大字，充分表现了爱国知识分子的民族气节。由于他坚决不肯为日伪政权服务，日寇恼羞成怒，竟以“违反军律”的罪名判他一年半有期徒刑。
1943年，陆志韦假释就医，中共地下党因海淀比城里交通方便，常把准备运往解放区的医药器材放在陆家东厢房内，待有机会再运走。蓝公武拟去解放区，约陆志韦同行。陆志韦因怕连累出狱时的保人张子高，未能成行。1945年8月15日，日本宣布无条件投降。1945年秋，国民政府授予陆志韦胜利勋章。1946年夏，司徒雷登出任美国驻华大使，校务工作托付给陆志韦。
自1937年抗战爆发，陈梦家、赵萝蕤离开北平，与陆志韦一家分手，至1947年已有十个年头。其间，赵萝蕤与寄父一家没有间断过书信来往，每有信寄给父母，总会念及寄父、寄母和陆家弟弟妹妹，逢年过节会专门写信给陆寄父问候全家。往往是赵萝蕤与陈梦家联名写信，分别寄至赵家和陆家，若只寄赵家的信，也会附言问候陆家好。抗战前，陈梦家、赵萝蕤都是燕京大学的教师，抗战期间也时时接到燕大同事的书信，回信时也自然会附言向陆志韦问安。陆志韦也偶尔会回信，或在赵家致萝蕤的信中附言，以表问候。
1947年春夏之交，赵家和陆家分别接到陈梦家、赵萝蕤的来信。陈梦家信中报告几位长辈，他已谢绝美国罗氏基金会某负责人的邀请，初拟于七八月份回国。此前，他已得到校长梅贻琦和文学院院长冯友兰回清华大学任教的首肯，并与清华大学国文系主任朱自清多次通信沟通。朱自清告诉陈梦家，学校很重视他的归来，返校后的住所、课程都已做了合适的安排。赵家夫妇得知女婿回来，女儿亦归国有期，自然高兴得不得了。陆志韦得知陈梦家、赵萝蕤即将回国的消息，则更多地是考虑如何让这对从燕大走出去的青年才俊为他们的母校服务。原本很少给陈梦家、赵萝蕤写信的陆志韦，这次破例给他们写了一封意味深长的信：
梦家如面：
……闻您夏间回国，蕤或须至明春毕业，得一学位亦好玩。国内需此敲门砖，景德亦如是。无论如何，既镀金矣，还不如联头联脚全镀为是，芝加各（哥）牌子尚好。
我执笔只为一事，暑后此间文字学一课无人教授，清华教授例可兼课，母校近在咫尺，求沾一点光，尚望答应。特此预约，并请覆允，此课约为三学分，然多少由您酌定。此间文字学一缺不能长此久为，请您与萝蕤从长考虑，究有意回母校否？我自当竭力主持，须你们没有问题时，我始可着手进行。
作为陈梦家、赵萝蕤的长辈、师长，陆志韦信中的语言不乏尖刻，但叙事条理清楚。主要事宜有两件：一是燕大文字学课无人教授，请陈梦家来燕大兼课；二是若陈梦家和赵萝蕤有回母校任教之意，他将竭力给予协调。陈梦家和赵萝蕤都极为尊重陆志韦的意见，他们在复信中向陆志韦表示：梦家返国后在清华任教，并在燕大兼课；萝蕤尚有时日回国，原则上回燕大任教。
1947年5月4日，陈梦家回国前夕，陆志韦致信梦家，邀请来燕大兼课。
陆志韦在信中看似尖刻，却很实在，亦不乏幽默的话语，表达了他对赵萝蕤和二弟景德在美苦读学位的看法：“国内需此敲门砖。”信中，陆志韦告诉赵萝蕤、陈梦家他将休假的信息及休假期间的安排，并强调尽管校方有意让他出国，“然国事如此，何颜在美国颠儿郎当”，时值燕大百废待兴之时，作为燕大校务委员会主席，怎么能赴美躲清闲呢。因此，陆志韦决意在国内休假，不离开燕大，以便随时处理燕大的疑难事务，而空余时间“写作‘音韵学’……苦作一年”。
信之末尾，陆志韦叮嘱赵萝蕤，让她时时“教导”“勉励”正在美国读书的陆家小弟卓如。这个卓如就是小时候得到赵萝蕤特爱的陆家小弟。陆卓如自小就喜欢萝蕤姐姐，赵萝蕤一直像对亲弟弟一样疼爱卓如，在美国，赵萝蕤定会一如既往地呵护卓如弟弟的，这一点寄父、寄母是放心的。信末，陆志韦还简要介绍了赵家二弟景德的媳妇和女儿小颂梅的情况，从这一点来说，陆志韦更像是赵萝蕤姐弟的家长了。
陆志韦一年的休假是从1947年春开始的。休假期间，除了学校有非由他参与处理的事情外，他全身心投入到汉语音韵学方面的研究，从1946年起到1948年先后发表“古官话”音史论文九篇。