政府向银行注资
日本产业界在2001年至2003年这三年中显得无所适从，从特别脆弱的部分开始爆发式地“发病”。这种病态也使日本社会弥漫着对经济的悲观情绪。的确，在这一时期，泡沫经济破灭后形成的“僵尸企业”的长期影响着日本整体经济发展，日本社会中实存在着许多因背负巨额借款而不能如愿重建的大企业，特别是物流业企业及建筑业企业这些在泡沫经济时期曾经辉煌的企业。社会上悄悄流传着“即将倒闭的30家企业名单”。
其中，崇光百货集团（简称“崇光”）在2000年7月依照《公司再生法》申请破产。崇光的往来交易银行是日本兴业银行，该银行早已没有了帮助崇光脱困的力量。崇光破产两个月后，日本兴业银行加入重组后的瑞穗集团重新运营。2001年9月，大型超市零售集团Mycal也依照《公司再生法》申请破产。这同样是往来交易银行第一劝业银行（后并入瑞穗集团）停止对其贷款后的无奈之举。Mycal总负债额达到了1.7万亿日元，这是日本第二次世界大战后排名第四的大型破产案例，同时也是零售物流业界最大规模破产的企业。尽管崇光的负债规模稍小些，但也算得上是大型破产案例了。
这样的情况发生后，日本各家银行的不良贷款处理情况立即引起了人们的关注，尤其是对截至2002年商业银行重组后形成的5个金融集团（瑞穗、东京三菱、三井住友、UFJ、日联集团）之中规模较小的UFJ和日联集团更加受到关注。UFJ在经历了一连串的波折后和东京三菱集团合并经营，而体量较小的日联集团只能无奈地独自面对2001年开始的产业彷徨期。
由银行造成的借贷困难使日本经济停滞不前，这种论调甚嚣尘上。对银行来说，让借贷变得困难也实非本意。2001年日本股市开始下跌（日经指数从1月的13 843点跌到9月的9 755点，跌幅达到30%），这给银行在自有资本率的保持上带来了不小的恶性影响。为减少风险，遵守国际清算银行（BIS），银行的谨慎借贷也是无奈之举。
股市的下跌使得银行持有的企业股票价格也在下跌，进一步导致银行的自有资本减少。前面提到的BIS的制度，对银行的国际性自有资本率有明确的规定，其计算项目中不仅仅是银行纯粹的自有资本，还包含银行持有股票的收益。由于日本的大型银行几乎都以相互持股的形式持有许多企业的股份，因此股票价格的大幅下跌将导致银行的自有资本减少，并存在着自有资本率不能满足BIS制度要求的风险。另外，银行在处理不良贷款时因抵押担保的原因会使自有资本更加减少，这也是银行处理不良贷款行动迟缓的重要原因。
银行如果一直对不良贷款不做处理、任由其留在账面，银行的资产总额（计算自有资本率时的分母）可能会虚高，考虑到新的放贷款存在会成为不良贷款的风险，银行放贷积极性便会下降。银行存在着减少贷款规模的动机，造成了企业借贷困难的局面，也造成了整个社会资金流转不畅的恶性循环。这种不健全的经济状况在泡沫经济破灭后还一直持续着。
很遗憾的是，前面所述的大型超市集团Mycal的破产就发生在日本政府即将下决心对泡沫经济遗留问题作出处理之时。其实在宣布破产之前，Mycal还在一直发行着国内普通公司债券，因为它的评价等级是有资格发行公司债券的。向Mycal放贷的银行对它的评价也不算最坏的那一类，给出的抵押利率已经是相当优惠：3%—5%。如此环境下，Mycal却宣布破产，不禁令人唏嘘。这一事件也让人们看到了银行在企业评级以及处理贷款企业抵押利率等相关问题时的不严谨。谁都觉得这样的企业不会只有Mycal一家，坊间悄悄流传着物流及建筑行业中还有好几家企业即将破产的消息。
Mycal宣布破产后，日本的股市反而开始上涨，这也许是因为人们预计政府将会通过此案彻底处理泡沫经济遗留问题。
此时人们普遍认为，处理泡沫经济遗留问题最有效的方式，就是政府以优先股的形式动用公共资金直接向银行注资，增加银行的自有资本。1999年3月，日本政府动用了8万亿日元的公共资金，首先向大型银行注资。但其规模受到了一些非议，人们认为需要更大力度地投入公共资金。这时的日本已由桥本内阁变为了小泉纯一郎内阁。
2002年，在一片“银行国有化一气呵成”的议论声中，日本政府终于决定向日联集团注资2万亿日元，并于2003年5月使之国有化。一个月前，日经指数跌到了7 607点，是近二十年来的最低点。日本政府对日联集团的注资举措向资本市场传递了积极信号，效果迅速显现。东京证券交易所的股价以此为契机开始上涨，在2002年末回涨到了10 600点以上，九个月的时间涨幅超过了四成。2003年，日本政府又向地方银行注入公共资金，并没有再向大型银行注资，也许这只是政府一厢情愿，而银行并不愿意。瑞穗集团自有资本增加了1万亿日元，但使用的并非公共资金。
以政府对金融体系中最薄弱部分（日联集团及地方银行）的投资为契机，日本股价开始上涨，经济好转。2003年后，日本经济开始缓慢增长。2003年和2004年，日本的经济增长率分别是1.5%和2.2%，此后，关于金融体系危机的话题就逐渐消失了。