一、“十一五”发展回顾
我们基本完成了“十一五”规划提出的目标任务：约200位能站在前沿的学术带头人、拔尖创新人才，其中20—30位是很优秀的学者；基础研究和应用技术有一批标志性成果；多数学科居国内一流，若干居国际先进水平；拥有5个一级国家重点学科、9个二级国家重点学科；15个一级学科进入教育部评估中心第二轮学科评估前10名，3个学科进入ESI世界前1%（化学、工程、材料）。
（一）人才培养质量提升
2010年在校生为40130人，其中本科生20961人，硕士生16397人，博士生2772人，各类外国留学生从1200多人增加到2500多人。人才培养结构进一步优化，本研比为1.1∶1，硕博比为5.9∶1，学术硕士与专业硕士比为1.1∶1。2009年获国家级教学成果一等奖1项、二等奖2项（该奖五年评一次）。新增17门全国精品课程、2门国家级示范性双语课程、5名全国教学名师、3个国家级人才培养基地、5个国家级实验教学示范中心、8个国家级教学团队、15个教育部特色专业；学生赴国外学术交流900多人次（其中本科生260多人次），发表科研论文19000多篇（其中本科生发表3000多篇），被SCI收录2900多篇，3篇“全国百篇优秀博士学位论文”。毕业生年均就业率保持在95%以上。
（二）自主创新能力增强
新增1个国家级创新平台：醇醚酯化工清洁生产技术国家工程实验室；新增6个教育部重点实验室（工程研究中心）：亚热带湿地生态系统研究教育部重点实验室、高性能陶瓷纤维教育部重点实验室、计量经济学教育部重点实验室、电化学技术教育部工程研究中心、微纳光电子材料与器件教育部工程研究中心、分子诊断教育部工程研究中心；新增21个省级重点实验室、工程实验室、工程技术研究中心和产业技术开发基地。
共承担科技部（“973”、“863”、科技支撑计划）和国家自然科学基金委（杰青、重点、面上项目等）的项目和课题700多项，其中“973”和重大科学研究计划项目5项；承担国家社科基金项目119项，其中国家社科基金重大项目10项，教育部重大攻关项目5项。
三项成果获国家科技“三大奖”：碳原子团簇的形成研究、海洋初级生产力结构及微型生物生态学研究获自然科学二等奖（2006年），戊型肝炎病毒免疫优势构象性抗原决定簇的发现及其在诊断中的应用获技术发明二等奖（2010年）。
两项成果获教育部自然科学一等奖，分别是电催化表面结构效应和反应机理研究（2008年）和低纬度近海碳的源汇格局与调控机理（2009年）。一项成果入选全国基础研究十大新闻，两项成果入选“中国高校十大科技进展”，分别是合成出具有高电氧化催化活性的二十四面体铂纳米晶体（2007年度）和海洋微型生物碳泵（2010年度）。获第四、五届中国高校人文社科优秀成果奖33项（其中一等奖三项、二等奖九项），获奖总数位居全国高校前列。
发表高影响因子论文逐年增加，在Science、Nature（含子刊）、Cancer、Cell、The Lancet等国际高水平学术期刊上发表论文15篇，发表JCR一区论文居全国高校前列（2009年发表89篇居第8位，2010年到目前为止发表110篇）。据中国校友会网统计，1991年到2008年，厦门大学作为第一作者单位在Science和Nature发表论文数居中国高校并列第9位，作为第二作者单位发表论文数位居并列第10位。
（三）社会服务有力拓展
积极推进科研成果转化和产业化。共承担横向科研项目2100多项，横向科研经费超过5亿元。申请专利1000多项，其中授权500多项。成为国家传染病诊断试剂产业技术创新战略联盟牵头单位，承担甲型流感H1N1和禽流感H5N1等多项国家应急任务，戊型肝炎疫苗等一批重大成果实现产业化。2006年1月，中共中央总书记、国家主席胡锦涛视察厦门，参观了三家高新技术企业，其中两家是由厦大教授科技成果转化而创业。2010年2月14日，胡锦涛总书记接见厦门大学传染病诊断试剂与疫苗国家工程技术研究中心主任夏宁邵教授，对我校在传染病诊断试剂与疫苗的研究和推广应用方面取得的成就给予高度评价和充分肯定。
积极推进与部委、地方政府和大型企业的共建合作。与新疆、厦门、漳州、泉州、赣州市等签订战略合作协议，积极开展实质性的战略合作。围绕国家重点产业领域，与工信部CSIP中心、中国航空工业集团、大唐国际发电股份有限公司、国家核电技术公司、中国广东核电集团、中国银行等大中型企业开展战略合作，共建科技创新平台和实验室基地。
主动融入、主动贴近、主动服务经济社会发展。学校制定并实施“服务海西行动计划”和“服务厦门产业发展行动计划”，构建服务海西和厦门的科技创新平台，加强项目成果对接，建立技术创新联盟，为福建省和厦门市增强自主创新能力、调整产业结构、转变经济发展方式、应对金融危机作出贡献。参加福建省“6·18”等各类对接会100多场，与企业成功对接项目300多项。
积极开展高水平的决策咨询服务。承担《中国“十二五”能源发展战略研究》等10多项国家重大课题，研究成果得到国家有关部门的重视并被采纳。作为战略组和文件起草组核心成员参加《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010—2020年）》制定。研发中国季度宏观经济模型，定期发布中国主要宏观经济指标，为各级政府提供决策参考。
（四）队伍建设成效显著
专任教师总数从2005年的1761人增至2010年的2393人。具有博士学位教师比例由40%提高到64%，居直属高校第15位。
新增一批高层次人才，其中，院士5名（含双聘院士）、“973计划”和重大科学研究计划首席科学家6名、“长江学者”特聘/讲座教授16名、杰青14名、“千人计划”人选16人、教育部“新世纪优秀人才计划”入选者50名、“百千万人才工程”国家级人选7名。新增国家创新研究群体3个、教育部创新团队4个、高校创新引智基地3个。
（五）学科发展布局优化
坚持“保证重点，兼顾一般”，不断优化学科结构布局和资源配置，努力提升学科核心竞争力。一是整合资源，推进学科组织模式创新，成立了能源研究院、萨本栋微米纳米科学技术研究院、药学院、公共卫生学院、马克思主义研究院、国际关系学院等。二是工程技术学科和医学学科等应用学科发展势头较快，工程技术领域新增6个一级学科博士授权、8个工科二级学科博士授权点。三是优势学科地位得到巩固，15个重点学科列入“211工程”三期建设，20个重点学科和创新平台基地项目列入“985工程”（2010—2013年）建设。四是新增5个一级学科国家重点学科、9个二级学科国家重点学科，一、二级重点学科数量分列全国高校第17位和第15位，国家重点学科涵盖数增至38个。
在2007—2009年教育部组织的第二轮一级学科评估中，共有15个一级学科进入前十位，分别是海洋科学、应用经济学、民族学、工商管理、教育学、理论经济学、法学、历史学、生物学、社会学、环境科学与工程、新闻传播学、航空宇航科学与技术、化学和艺术学。学科整体实力进一步提升，可招收博士研究生的专业从131个增至140个，可招收硕士研究生的专业从217个增至225个，博士后科研流动站从12个增至15个。
（六）国际合作深入推进
坚持把开放办学作为提升办学水平的重要途径，不断提升国际交流与合作的层次、水平和实效。与国外高校和研究机构新签、续签校际协议79个，与来自四大洲的大学共建“全球八校联盟”。与国外共40多所大学开展教师的互派和学生的互换项目，共派出1600多名学生参与校际交流。与国外高水平大学等建立教育/科研合作机构20多个；先后主办国际及区域学术会议220余次。2006年4月6日，在我校85周年校庆系列活动中，特邀包括6位诺贝尔奖获得者等著名学者和一批国内外著名大学校长莅校参加学术论坛和讲座。积极推进汉语国际推广，已与国外高校共同建立了13所孔子学院，2008年9月获批汉语国际推广南方基地。
（七）对台交流展现作为
坚持贯彻中央对台工作战略部署，充分发挥我校的区位优势和人文优势，努力服务对台工作大局。对台交流与合作不断深化，与台湾大学、成功大学等30多所台湾高校建立了交流合作关系，招收800多名台籍学生来校学习，成为祖国大陆对台招生最多的高校之一。成功举办“海峡两岸论坛”“海峡两岸大学校长论坛”等两岸高层次学术会议50多次，接待来校台湾学者及各界人士3000多人次，派出赴台进行学术文化交流师生1000多人次。加强对台研究，先后为中央和省市有关部门提供决策咨询报告100多份，报送《台情专报》《台情内参》《海峡两岸发展研究专报》等300多期。《台湾文献汇刊》成为胡锦涛2006年访美时赠送给耶鲁大学的礼品，同时入选共和国成立60周年成就展。2008年4月，中共中央台湾工作办公室专函表彰我校在对台工作中作出的重要贡献。
（八）办学条件有所改善
坚持“尽力而为、量力而行”的原则，千方百计争取办学资源、改善办学条件，有序推进学校的建设和发展。学校全面完成漳州校区建设，占地3645亩的翔安校区已获用地红线，完成征地工作并开始启动建设。完成校本部化学化工大楼、科学艺术中心、西村北村教工住宅等建设，完成274套五缘公寓保障性住房的配售工作、启动在职人员住房货币化补贴发放工作，师生的学习、工作和生活条件得到一定程度改善。大力推进校园信息化建设、图书文献服务平台和大型仪器设备共享建设，公共服务体系服务教学科研能力进一步增强。办学经费增加约15亿元，固定资产总值增加16多亿元，仪器设备总值增加近6亿元，校舍总面积增加30多万平方米，纸本藏书增加70多万册。
（九）存在差距
一是教育教学观念有待进一步更新，人才培养模式改革有待进一步深化，博士生规模偏小。2009年在校生规模居直属高校第17位，其中博士生规模居第24位（目前全国硕士和博士平均比例为4.7∶1，直属高校为3.08∶1，我校为3.73∶1）。创新意识和创新能力培养有待加强，研究生培养与科学研究结合不够紧密，研究生特别是博士生的创新能力亟待提高。入选全国百篇优秀博士论文数量偏少（截至2010年，我校共入选5篇，其中化学1篇、高教1篇、历史1篇、管理2篇。入选数居直属高校第32位）。
二是“主流特色”意识有待加强，学科的优势和特色有待进一步强化，跨学科交叉融合的机制有待进一步创新。工科、医科还处于刚刚起步阶段，学科综合竞争能力薄弱。一流学科数量不多。在教育部一级学科评估中（2007—2009），我校没有排名第一的学科，排名前5的一级学科仅有3门，位居直属高校第30位。新兴学科发展较慢，还不能很好地体现科技创新前沿、满足国家重大需求和经济社会发展迫切需要。学科交叉、融合的广度和深度有待进一步提高，解决重大问题的能力有待增强，综合性大学的多学科优势没有充分发挥。
三是教师队伍总量偏少、生师比偏高，高层次人才数量不足、分布不平衡，教师评价体系与教学、科研和学科发展不相适应。缺乏战略性科学家和学科带头人；高水平人才总量不足而且分布不平衡，有些学科引进人才极为困难。年轻学科带头人成长较慢，科研团队、创新团队的建设迟缓，成效不明显。实验技术人员数量不足，专业水平亟待提高。党政管理队伍职业化水平不高，考评办法亟待改进，三支队伍总体待遇偏低。
四是承担重大科研项目的能力、原始创新和解决重大理论与实践问题的能力有待加强，科学研究对国家和社会的贡献度有待提升。科研与教学相脱节现象依然严重，研究生特别是博士生作为科研生力军的作用没有充分发挥（2008年我校研究生为第一作者的SCIE论文436篇，占当年研究生发表论文数的61.4%；2009年为535篇，占62.8%）。科研经费总量偏小，承担重大项目数偏少，一些学院、平台和基地的作用发挥不够（2009年，我校科研经费总数在直属高校中居第37位，承担自然科学研究与发展课题居直属高校第39位，承担人文社科与发展课题居直属高校第3位）。具有重大社会影响的高水平成果较少，国家科技三大奖获奖数量偏少。跨学科组织科研攻关的能力明显不足，科研体制需要进一步创新和改革。办学资金资源不足，办学条件滞后于教学、科研和学科的发展需要，为师生员工解决现实问题和实际困难的力度还需要进一步加大。
五是内部治理结构还需要进一步完善，各类学术组织在学科建设、人才培养、学术评价、学术发展中的重要作用有待更好地发挥。