动物机器曾经是有生命的

为了辩护他的激进观点，即身体只不过是“一尊雕像，或者是一台由泥土制成的机器”，笛卡儿援引了无处不在的机器，这些机器已经成为人们熟悉的景观特征。他劝说他的读者，看看所有的钟表、喷泉和磨坊。如果人类能够制造这样的机器，那么上帝必定无疑可以做得更好。[4]考虑到王室的水力洞穴，笛卡儿注意到了约翰·伊夫林强调过的同样的事情：单一的力量可以进行多种操作。一股水流可以推动多台机器，演奏各种乐器，甚至可以说出话语。[5]一方是造成这些不同效果的水流，另一方是他假设的驱动生物体的“动物精神”，笛卡儿在双方之间进行了类比。传导动物精神的神经就像喷泉的管道，肌肉和肌腱就像“引擎和弹簧”。动物机器恒常的、无意识的运动，如呼吸或心脏跳动，就像时钟稳定的嘀嗒声或磨坊的转动，是其他间歇性功能的基础。[6]

笛卡儿认为，心脏的运动不需要任何灵魂，而只需要“不发光的火”——人们从干草腐烂和酒的发酵等现象中早已熟悉这种“不发光的火”，因为他把心脏看作身体的热源。笛卡儿建议读者在他面前解剖一只大型动物，以便理解为什么心脏的运动不需要灵魂。从血管和腔室的形状和排布可以明显看出，心脏的惯常运动完全是因为其各部分的组成方式。当心脏自身的腔室没有血液时，它必然会被重新注满，“从腔静脉进入右心房，从肺动脉进入左心房”，因为这些血管总是充满血液并向心脏开放。因此，心脏的运动源于器官的排布，“就像时钟的运动源于其配重和齿轮的力量、位置及形状”。[7]

关于心脏的特定机制，笛卡儿部分地反对同时代的英国医生威廉·哈维的看法，哈维认为心脏有泵的功能，暗示它像一个水泵。[8]笛卡儿赞同哈维关于血液在体内循环的说法，但他拒绝认为心脏是一个泵，而是保留了传统的、广泛认可的观点，即心脏是一种加热血液的火炉。[9]他用传统的亚里士多德的观点解释血液的流动是由于加热而不是泵的作用（他相当不厚道地坚持认为亚里士多德只是“偶然地”找到了正确的答案）。[10]不过，尽管笛卡儿和哈维对心脏的功能有不同的看法，但他们都提出了心脏与人工水力系统的类比。

然而对笛卡儿来说，人工水力装置的关键意义在于它们证明了机械是可以积极反应的，这一点甚至比单一水流即可产生多种效果的可能性更加重要。这些机器不只是像时钟一样执行预先确定的运动次序。如果人类走到它们中间，它们便会运动以响应人类的到来。积极反应的机器意味着感觉——生物对世界的反应方式——可以用机械的方式来理解。笛卡儿认为，感觉器官对外部事物的反应，就像游客抵达水力洞穴时发生的事情一样。黛安娜躲起来，尼普顿威胁着，海怪追过来。水力自动机逃跑、威胁、互动、攻击。在笛卡儿看来，水力自动机与观众的互动暗示了动物的感官反应也可能是一个机械问题。[11]

例如，神经像绳索一样从脚部延伸到大脑，当神经在脚部施加拉力时，人们可能会感受到脚的疼痛（见图2.2）。[12]根据这种对感觉的牵线木偶式的解释，神经是非常细的线，从大脑延伸到身体的所有其他部分；神经被如此排布，以至于触碰身体的任何部分都将使神经末梢运动起来，运动将沿着神经传递到大脑。由此产生的感觉取决于运动的特定神经、神经接收到的运动种类以及让神经产生运动的微粒的形状。接触皮肤的物体可以在神经中引起几种不同的运动，这取决于它们的硬度、重量、温度和湿度。在舌头的神经中，不同形状的食物微粒会引起不同的味觉感受。

嗅觉是由空气中足够精细和活跃的微粒进入鼻子的神经而产生的。声音产生于空气本身对耳神经的冲击。视觉是最精妙的感觉，在光微粒使眼睛的神经处于运动状态时就产生了。胃和喉咙的神经传递“食欲”，即饥饿和口渴等内感觉。同时，心脏和横膈的“小神经”传递其他内感觉，如快乐、悲伤、爱和愤怒等情感。[13]

后来，笛卡儿把这个清单扩大到包括所有的激情（passion）：钦佩、尊敬、蔑视、慷慨、宽大、怨恨、胆怯、虚荣、谦卑、崇敬、鄙视、爱、恨、欲求、希望、恐惧、嫉妒、自信、绝望、怯懦、勇气、悲伤、大胆、恶意、悔恨、喜悦、悲伤、感激、羡慕、怜悯、愤慨、无情、愤怒、骄傲、羞耻、厌恶、遗憾等。每一种激情都始于外部事物对感觉器官的冲击，使动物精神通过神经运动起来，继而在“大脑中心的小腺体”（松果腺，笛卡儿将其命名为“H腺”）中引起“扰动”。[14]不同激情所对应的运动取决于动物精神微粒的大小、形状和活性，它们在身体机器的管道和孔道中奔流。[15]

笛卡儿将所有这些生命特征描绘为机械的，他的主要目的是改变人们对自然界的理解，并且改变为自然现象提供解释这一事业本身的含义。笛卡儿主张，从今以后，对自然现象的解释应该是对物质各组成部分的运动的合理说明。特别是，他想摒弃亚里士多德哲学中的“形式”和“官能”，笛卡儿认为这些指称本质和力量的术语是无用的、神秘的，并试图从哲学解释中清除它们。

如果生命、运动、感觉和所有激情都可以用运动的物质部件来解释，那么亚里士多德三个灵魂中的两个就没有必要了：存在于植物、动物和人类中负责生命和生长的营养灵魂，存在于动物和人类中负责感觉和运动的感知灵魂。笛卡儿摒弃了这两个亚里士多德的灵魂，认为它们是多余的。亚里士多德还描述了第三个灵魂，即只存在于人类之中的理性灵魂，赋予人类以理性思考的能力。笛卡儿保留了这个独特的人类理性灵魂，但他完全清除了营养灵魂和感知灵魂，甚至在解释生殖时也不使用灵魂、形式或官能等概念，而纯粹通过交配时混合在一起的“两种液体”的加热、膨胀、挤压和碰撞来解释生殖。[16]

总之，除了理性思维之外，笛卡儿把生命和感知觉的全部功能完全归于动物机器：消化，血液循环，营养，生长，呼吸，醒来和睡觉，感觉器官对光、声、嗅、味、热以及其他性质的接收，这些性质的观念在大脑中的印象，这些观念在记忆中的留存，“食欲和激情的内运动”，以及响应这些内部食欲和激情的外部运动、响应外部事物的外部运动。[17]

在人类旧有的三个灵魂中，只有理性灵魂还在；理性灵魂居住在大脑中，就像“喷泉管理员”驻扎在喷泉管道交汇处的贮水池那里，能够随意改变水力装置的走向。[18]除理性思维之外，其他每一种功能都源于身体机器的运行，就像“钟表或其他自动机的运动源于其配重和齿轮的运动”一样。[19]

动物没有灵魂，完全是机器，在这个意义上动物可以与钟表相提并论。[20]但请注意，这并不意味着它们就是钟表。[21]在完全由物质组分构成的意义上，可以说动物或人的身体像钟表，但这并不是说身体就是钟表。钟表不呼吸、不吃饭、不走路，而笛卡儿将这些功能归于动物机器。钟表没有维持生命所必需的温度，而笛卡儿认为，这是另一个由动物机器负责而不是由灵魂负责的性质。

温暖的、可移动的、积极反应的机器在死亡时变得静止和冰冷，这不是因为灵魂离开了它，而是恰恰相反：就人类而言，理性灵魂之所以离开，是因为机器停止了工作，变得静止和冰冷。[22]笛卡儿从未表示实际的钟表是活的或有感觉的，但他认为动物机器是活的，就感知觉而言，它拥有除推理能力外的一切能力。笛卡儿在给马兰·梅森（笛卡儿的主要知己和智识对话者，机械师、数学家和米尼姆会修士）的信中说，“我现在正在解剖不同动物的头，以说明想象力、记忆等是由什么组成的”。[23]

为了说明如何能用机械的方式解释诸如想象力和记忆这样的事情，笛卡儿进一步利用了与人工机械装置的比较，这里用的是教堂管风琴。管风琴演奏者在键盘上按下不同的键，将空气导入不同的管道，管风琴据此产生不同的声音。类似地，不同的孔道充满动物精神，大脑据此产生不同的感觉。心脏和动脉就像管风琴的风箱，将动物精神推入大脑的腔室。外部事物作用于感觉器官，让某些神经运动，使神经接收来自大脑的动物精神之流：这些事物就像管风琴演奏者的手指，有选择地按下琴键。[24]管风琴旋律的本质和来源都毫无疑问是物理的，这就为笛卡儿动物机器学说中的感觉提供了一个恰当的比喻：尽管是机械地产生的，但可以共鸣响应。

管风琴，尤其是水力管风琴，为笛卡儿的动物机器学说提供了一个比钟表更为合适的比喻，他的动物机器本质上是水力机器。[25]在这个意义上，他的动物机器与古代医学传统的体液理论是一致的，体液理论认为生命存在于生物的相互作用的液体之中。[26]笛卡儿的思想中既有一个古老的、确立已久的身体机器模型，又有许多栩栩如生的机器——这些机器是主动的、积极反应的。除了空气和热量之外，笛卡儿的水力身体机器还依靠液体来运行，包括一种充满活力的神经液体，即“动物精神”。液体，即使是普通的液体，其行为也与固体不同。液体追求平衡，攀爬虹吸管，表现出一种目的性。克洛德·佩罗（卢浮宫东翼的建筑师、寓言作家夏尔·佩罗的哥哥、医生、倾向笛卡儿主义的自然哲学家）曾评论道，一条流动的河流“似乎在寻找山谷”。[27]在笛卡儿的身体机器中，液体似乎为能动性、有目的的行动提供了物质基础。

没有必要用一个非物质的灵魂来解释营养、感觉或运动：笛卡儿认为，完全用液体运动中微粒的力量就可以解释这些。在营养方面，血液被心脏的热量稀释，然后血液如此有力地流出心脏，流向身体，以至于把一些微粒留在肢体中，同时排出其他微粒，这取决于身体孔道的形状。同时，血液中最活跃和最具渗透性的部分形成了负责感觉和运动的“动物精神”。它们“就像一股精妙的风，或者说像一团非常纯净和活泼的火焰”，不断地从心脏上升到大脑，然后通过神经传递给肌肉。分配动物精神的水力系统可以解释下列众多现象：清醒、睡眠、梦境、饥饿、口渴以及其他“内激情”，通过感觉将外部事物的观念印在大脑上，保存这些观念的记忆，创造新观念的想象力和反应性的运动。笛卡儿认为，那些熟悉自动机及其复杂机制和运动的人对这一切都不会感到惊讶。[28]

在这一切中，我们必须再次牢记，笛卡儿是从一个古老的、主动机械论的生物模型出发的，正如他也是从实际的栩栩如生的机器出发的，这些机器似乎是主动的、积极反应的。可以肯定的是，他摒弃了亚里士多德所述三个灵魂中的两个，即营养灵魂和感知灵魂，但除此之外，笛卡儿对动物和人类生命的看法并没有过多地偏离亚里士多德和盖伦（公元2世纪，古典时代的主要医学家、哲学家）建立的古代生理学传统。[29]这个古代传统充满了生物体和人造机器之间的类比。

亚里士多德习惯性地在动物生理机制和人工装置之间进行比较。例如，他把动物比作自动木偶，这些木偶通过栓钉相互撞击的方式在其部件之间传递运动。亚里士多德还比较了动物的运动与玩具马车的运动，当孩子推着玩具马车直行时，由于车轮的直径不相同，马车会绕一个圈。类似地，他认为，动物的运动也取决于其身体各部分的排布：“骨头就像栓钉和铁，肌腱就像弦。”[30]他发现，呼吸器官必然“像铁匠铺里的风箱，因为心脏和肺都相当符合这种形状”。当动物呼吸时，心脏的热量使胸部膨胀，“像锻炉风箱一样”鼓起来。随着冷空气的进入，冷空气使肺部“再次像风箱一样”收缩并排出呼气。[31]这种将双肺部比作一对风箱的说法在古代医学和生理学著作中反复出现。

在亚里士多德看来，生命的创造似乎类似于将自动机器连接起来的操作。他认为，胚胎从其最初的潜能状态的发育，与通过自动机部件传递的运动相一致。他写道，在胚胎发育过程中，“A移动B，B移动C”这样的情况有可能与自动木偶中的相同，自动木偶的部件具有“某种运动的潜能”，随时可以运动并使彼此运动起来。因此，一个单独的力量可以移动从未与它直接接触过的部件。同样，“制造精液的力量”可以仅通过一次短暂而有限的接触便让胚胎的所有部分进入发育运动。[32]这种比较是双向的：虽然亚里士多德把发育中的胚胎比作运动中的自动机，但他也认为机器就像胚胎一样，其各个部分都具有充满活力的潜能。

身体和各种机器之间的类比既出现在《希波克拉底文集》——由希波克拉底及其追随者编著的古代医学著作集中，也出现在盖伦的著作中。例如，根据一位希波克拉底派作者的观察，心脏就像炼炉，配有“风箱”，即双肺。关于心脏的膜，该作者写道：“在我看来，这些膜充当心脏及其血管的牵索和支撑物。”[33]

对盖伦来说，喉部类似于长笛。他对这一类比进行了详细的阐释，他认为，就像笛管的声音要归因于其形状和类似簧片的“舌”的组合一样，喉部为了发出声音需要缩小包含发声“软骨”的部分。[34]盖伦还用风箱这个常见的类比来描述肺的功能。他把血管比作花园里的水管网[35]，把动脉比作导水渠[36]。在古代生理学中，灌溉结构是循环系统的标准比喻。[37]柏拉图在《蒂迈欧篇》（Timaeus）中进行了这种比较。他说，在设计人体时，“更高的力量”在人体中开辟了管道——就像人在花园中开辟管道一样，以便用流水浇灌它。两条主要的“管道或静脉”沿着脊柱向下延伸，“以便从上面流下来的溪水可以自由地流向其他部位，并使灌溉均衡”。[38]亚里士多德在《论动物的部分》（De partibus animalium）中使用了同样的类比。他写道，建造“花园中的水道”是为了将水从一个源头分配到许多管道中，这些管道在整个花园中分岔再分岔。“现在，自然也以同样的方式铺设管道，为了将血液输送至全身。”亚里士多德认为，血液产生了身体的肉，就像灌溉渠的水会堆积淤泥一样。在灌溉渠中，最大的管道保持清澈，而最小的“很快就被淤泥填满并消失”；类似地，最大的血管保持通畅，而最小的则“实际上转化为肉”。[39]

笛卡儿不仅借鉴了古代的身体-机器类比传统，还借鉴了从古代传统中发展出来的中世纪传统。[40]与在古典哲学中一样，中世纪哲学传统中的生命机器渗透着活力和能动性。在11世纪末至13世纪期间，从博洛尼亚、牛津和巴黎开始，若干新大学纷纷建立；在这些大学中，经院哲学家们致力于调和古代哲学家（特别是亚里士多德）的学说与基督教神学。托马斯·阿奎那是经院传统中的关键人物，他于13世纪中期在巴黎大学学习和教书。他认为动物可以被视为机器，这比笛卡儿的主张出现的时间早了约四个世纪，而且措辞惊人地相似。阿奎那认为，尽管动物本身缺乏理性，但它们被理性驱动，就像箭被弓箭手的运动驱动，时钟或其他机器被其制造者驱动一样。类似地，动物行为中的理性、审慎或智慧的表象源于制造它们的神圣技艺。然而，动物确实是依照它们自己的感官、食欲、想象和欲望等官能来运动的。[41]它们是缺乏理性的装置，但不缺乏生命或感知觉能力。

这类论证对笛卡儿来说是非常熟悉的。经院哲学是他所受的教育的基础，实际上也是其他人所受教育的基础，是天主教会的官方哲学。在10岁那年，笛卡儿进入了一所著名的耶稣会学校，即位于拉弗莱什的亨利大帝皇家学院。他在那里学习了“科英布拉评注”，这是一套关于亚里士多德的十一本书，由科英布拉大学的耶稣会士的讲义汇总而成，在16世纪90年代作为耶稣会的最终教义出版。[42]让·费内尔是16世纪的法国医生，“生理学”（physiology）一词的创造者，生理学权威，科英布拉的评注者们的生理学讲义就主要以他的学说为基础；他回顾了盖伦将气管比作长笛，将会厌比作“排箫的舌或簧片”的说法。费内尔写道，人类的骨骼结构就像“支撑房屋的地基和支柱”，“古人将（脊柱）比作龙骨，是船的最先铺设的部分”。同时，费内尔在观察喉返神经时再次借鉴了盖伦的比喻，“模仿了建筑机械中使用滑轮所进行的运动”[43]。

在笛卡儿之前，用机器来表现动物生理机制的最后一个特别相关的例子出现在圣保罗的厄斯塔丘斯的著作中，他是西多会费洋派的成员，巴黎索邦大学的哲学教授。笛卡儿评价厄斯塔丘斯的《四部哲学大全》（Summa philosophiae quadripartita，1609年）是经院哲学所能提供的最好的作品。笛卡儿非常欣赏厄斯塔丘斯，以至于他考虑将厄斯塔丘斯指定为代表经院哲学的对话者，在同一卷著作中把《四部哲学大全》和他自己的哲学体系一起刊印出来。[44]正如笛卡儿后来所做的，厄斯塔丘斯把动物的一般感觉官能比作涌出动物精神的“喷泉”。[45]

笛卡儿的动物机器与上述古代作家和经院作家的说法非常相似：风箱、炼炉、灌溉系统、喷泉。[46]我们要认识到他的工作利用了一个已经建立的模型，他的工作的出发点是真实机器样式的大量实例，这对理解他的动物机器或身体机器的含义而言至关重要。[47]他假定了它有活力和能动性，就像在古代和中世纪传统中那样。在与梅森的通信中，笛卡儿坚持认为：“我在解剖学中没有假设什么新的东西，也没有任何可能引起半点争议的东西。”[48]

他坚持认为他在解剖学上没有提出任何新东西，这听上去似乎很奇怪：既然如此，为什么还要写一篇解剖学论文？对此的解释是，笛卡儿的主要革命目标涉及方法，而不一定涉及内容。他对解剖系统的描述与古代和中世纪的解剖学很相似，这是可以接受的，甚至是有利的。关键是他运用了一种不同的方法来理解它们：在这种方法中，除了运动中的物质组分——诸如此类东西正是钟表匠在制作钟表时需要知道的——以外，他没有提到任何其他东西。正如我所暗示的那样，笛卡儿在方法上的革命意味着改变人们理解和解释自然现象的方式。

这场方法论或认识论革命（我指的是人们认为他们应该如何去理解世界的革命），带来了一场深刻的本体论革命（我指的是人们认为世界本质上是什么的革命）：在笛卡儿的追随者的眼中，全部世界（除了人类的理性思维）都变成了同质物质的运动碎片。但是，笛卡儿的主要目的并不是确立世界是由同质物质的运动碎片组成的，而是致力于用机械论的方式来理解世界。在笛卡儿的用法中，机器意味着可理解性。[49]

笛卡儿经常说他把物理世界的所有事物都看作机器，以此来描述他的方法：哲学家对物理世界的看法正是工匠对机器的看法。[50]生物体是机器主要意味着完全可以用唯物主义的方式来理解它，而不需要诉诸经院哲学家的灵魂、形式或官能。例如，正如我们所看到的，笛卡儿用血液和营养微粒的运动来解释生长，以此取代营养灵魂；他还摒弃了营养灵魂和感知灵魂，转而用生殖液的混合来解释生殖。笛卡儿的生理学著作经常提到钟表机构，钟表机构代表了一种可理解性的模式，而不是特殊的生物机器。

在17世纪中叶，这种用钟表机构来代表完全可理解性的做法变得很普遍。例如，英国哲学家、医师约翰·洛克将对自然的全面且神圣的理解比作某个人“了解斯特拉斯堡那座著名大钟的所有发条、齿轮及其他内部装置”；而人类对自然的看法就像是“一个注视着钟表的乡下人……他几乎看不到指针的运动，也听不到钟声，只能观察到一些外观”。[51]

对笛卡儿来说，与钟表机构的类比并不意味着相关现象就类似于钟表——对洛克来说也是如此，而是意味着所要达到的理解程度类似于钟表匠对钟表的理解程度。正如笛卡儿用钟表机构来代表唯物主义的生理学的可理解性，而生理的机器并不像钟表；洛克则援引钟表机构作为化学过程的可理解性的典范。他写道，想象一下，如果我们能像钟表匠理解手表的工作原理那样，像他通过锉削齿轮来改变手表的运行那样理解大黄、毒芹、鸦片的微粒对人体的“机械影响”，那么在这种情况下，即使没有服用它们的经验，我们也会事先知道“大黄会通便，毒芹会杀人，鸦片会让人沉睡过去”，就像钟表匠知道在摆轮上放一张小纸片就会让钟表停止运转，直到移走它钟表才能恢复正常，或者锉掉一个零件就会让机器完全丧失功能。[52]

简而言之，钟表机构意味着物质组分方面的可理解性，而不是字面上的钟表机构。笛卡儿的动物机器与古代和中世纪的动物机器在许多方面是相似的：它是温暖的、流动的、积极反应的、可移动的、有感觉的，并且充满了能动性。突出的区别之处在于，笛卡儿的动物机器是完全物质的，因此在笛卡儿的新科学中是完全可理解的。

对笛卡儿来说，鉴于动物机器在文化和神学上的熟悉程度，动物机器似乎是推广他的新科学的一个安全载体。[53]安全问题在1633年变得至关重要，此时他得知伽利略·伽利莱因支持哥白尼（日心说）的天文学而受到审判和谴责。[54]笛卡儿刚刚完成了他的《论人》，其中提出了上述将生物体视作机器的模型，以及一部关于光的论著《论光》（Traité de la lumière），其中提出了机械论的哥白尼主义宇宙论。[55]这两篇论述原打算作为一部题为《世界》（LeMonde）的著作的两个部分，《世界》还包括第三部分，对理性灵魂的解释。伽利略受到谴责的消息使笛卡儿感到惊恐，并使他重新考虑这一哲学方案。1633年11月底，他惊慌失措地写信给梅森：

我本打算在新年时把我写的《世界》寄给你……但我要告诉你，当时我在莱顿和阿姆斯特丹询问了伽利略的《关于托勒密和哥白尼两大世界体系的对话》是否已经出版，因为我以为我曾经得知它去年就要在意大利印刷，我得知它确实已经印刷了，但所有的印本都在罗马被立即烧毁了，而且他被判处了一些罚款。这让我非常震惊，我差不多下定决心要烧掉我所有的文件，或者至少不要让任何人见到它们。我无法想象，他，一个意大利人，而且据我所知受到教宗的高度尊重，会出于任何其他原因被定罪，而他无疑是想确认地球的运动……而且我承认，如果这是错误的，那么我的哲学的所有基础也都是错误的，因为地球运动可以清晰地从这些基础推导出来。此外，我的论著的所有部分都与地球运动有联系，以至于我不知道如何在不使其他部分受损的情况下把它分离出来。但是，既然我不想为了任何事情而发表一篇可能会遭到教会反对的论述，哪怕只反对其中一个字，那么我宁愿压着它，也不愿意让它以残缺的形式出现。

笛卡儿在结尾处恳求梅森“把你所知道的伽利略事件的情况转达给我”[56]。在随后的几个月里，他在给梅森的信中充满了对伽利略所受谴责的担忧，并重复了他要谨慎行事的决定，宣布把“谁隐藏得好，谁就活得好”（bene vixit, bene qui latuit）作为他的人生格言。[57]

笛卡儿的恐惧可能是过于夸张了。在他已经居住了几个年头的荷兰，发表关于哥白尼主义的著作并不危险。[58]事实上，1636年，荷兰出版商路易斯·埃尔泽菲在伽利略位于阿尔切特里的别墅里拜访了被软禁的伽利略，并安排将他的《关于两门新科学的对话》（Discourses on Two New Sciences）偷运出意大利，在莱顿出版。[59]至少，这没有对谁的人身造成严重的威胁。不过，笛卡儿有充分的理由为他的学说的生存和成功而担忧。对于任何想要看到自己的哲学被广泛接纳的人来说，耶稣会掌握着17世纪欧洲的哲学王国的钥匙。耶稣会士是学者，也是教师，他们管理学校，培养了笛卡儿本人和几乎所有与他同时代的受教育者。要实现笛卡儿所追求的那种哲学革命，最好的办法就是说服耶稣会士采用他的体系。[60]

显然，笛卡儿很想这么做。后来，笛卡儿主要在《哲学原理》（Principes de philosophie，1644年）一书中回归了宇宙学和物理学，这部著作不是为了推动哥白尼主义，而是相反，通过确保与正统教义的兼容性来辩护笛卡儿自己的世界体系。[61]与此形成对比的是，笛卡儿的作品则继续以构想身体机器或动物机器为特色。在他生命的最后阶段，笛卡儿回到了身体机器的概念，并继续尝试尽可能地扩展它。他似乎把身体机器思想看作展示他的革命性的哲学方法的同时又不会冒犯教会的一种方式。

克服针对他的哲学体系的神学反对意见，这件事的重要性显然让笛卡儿将全部精力贯注其中。当梅森代表他征求了对他的哲学著作《第一哲学沉思集》（Méditations）的反对意见后，笛卡儿把注意力集中在神学方面，特别是来自詹森主义者索邦大学神学家、逻辑学家安托万·阿尔诺和耶稣会士皮埃尔·布尔丹的反对意见，而对英国唯物主义者托马斯·霍布斯和数学家皮埃尔·伽桑狄提出的两组哲学反对意见的关注则明显不足。[62]（事实上，伽桑狄本人用特殊的原子来解释有机物，他将这些原子刻画为由神圣工程师制造的微小机器。）[63]此外，笛卡儿本人征求的唯一一组反对意见来自一位天主教神学家，名叫约翰内斯·卡特鲁斯（Johannes Caterus，也叫作Johan de Kater）的荷兰神父。[64]梅森还从“神学家们和哲学家们”那里收集来两组反对意见。[65]

如果笛卡儿判断身体机器是展示其哲学方法的安全语境，那么他是对的。五组主要是神学方面的反对意见，以及他在《谈谈方法》（Discours de la méthode，1637年）出版后得到的回应均表明笛卡儿的身体机器最初并没有引起神学难题。[66]耶稣会士弗罗蒙杜斯和普莱姆皮乌斯给《谈谈方法》提出了第一批反对意见，他们对笛卡儿描述的动物机器的多个方面都有争论，但并不涉及动物机器这个观点本身。关于弗罗蒙杜斯，笛卡儿向数学家、天文学家、物理学家克里斯蒂安·惠更斯宣称，“我们之间的争论就像一局国际象棋，我们仍然是好朋友”。普莱姆皮乌斯不同意笛卡儿对心脏运动的解释，也表达了他的不同意见——“但是作为朋友，为了更好地发现真理”。最后，一位拉弗莱什（笛卡儿曾是这里的学生）的耶稣会教师安托万·瓦捷给笛卡儿送来了“许多赞许，我希望从任何人那里都能得到这么多的赞许”[67]。

卡特鲁斯根本没有提到动物机器这个观点，梅森也没有。阿尔诺只是用温和的、不是特别神学化的方式顺便提到了它。他写道，“就畜生的灵魂而言”，笛卡儿已经因否认它们有任何灵魂而闻名。阿尔诺预料人们会很难相信这一点。似乎很难理解的是，一只羊会逃离狼，仅仅是因为光线从狼的身体反射进羊的眼睛，移动它的视神经的小丝，将动物精神从它的大脑通过神经向外发送。[68]阿尔诺认为动物自动性的观点虽不大可能，但也并不令人惊讶：他没有把这一点列入他的反对意见中题为“可能会困扰神学家的事情”的那一节。在该节中，他特别指出（事实证明是正确的）圣餐奇迹是可能的隐患：“我预计神学家们会发现，根据他的原则，最令人不快的是，教会关于圣餐的神圣奥秘所教导的种种说法似乎不可能完整地存在和保留。”[69]

正统的托马斯主义（与托马斯·阿奎那有关）圣餐变体论观点已经由特兰托会议（1545—1563）确认；作为教会哲学的指定保护者和宣传者，耶稣会士们忠于这种观点。此观点认为，圣餐面饼在转变后之所以仍看上去像面饼，是因为其偶性——形状、颜色、味道、气味——在“圣化”后保持不变，而其实体则体变为基督的身体。问题是，根据笛卡儿的物质理论，偶性都可还原为基本微粒的广延（大小和形状），广延是物质的唯一基本属性。因此，既然基本的实体发生了转变，那么偶性的持续存在便是不可能的。正是笛卡儿的物质理论与圣餐奇迹的正统观点之间的这个冲突，招致了1662年在鲁汶签署的官方谴责文件，这又导致笛卡儿的著作在1663年被列入禁书目录。[70]

鲁汶谴责文件指出了笛卡儿哲学五个方面的问题，所有这些问题都与笛卡儿对物质、形式和广延的关系的解释有关，而且他拒绝了多个世界的可能性，这显然侵犯了上帝的全能（如果一个全能的上帝想创造多个世界，鲁汶当局认为，他就应该被允许这么做）。这些谴责都不涉及动物自动性或人类生命的机械模型。[71]

其他天主教徒也继续提出动物与机器的类比，其中机器保留了其传统的活力。例如，英国天主教笛卡儿主义者凯内尔姆·迪格比在西班牙旅行时看到两个机器，他仔细观察了生物与这两个机器之间的相似之处。他说，植物就像抽水机一样，有一座抽水机每天从塔古斯河（塔霍河的旧称）里抽出1.7万升水并提升到90米高的地方，以供给托莱多的阿尔卡萨宫。[72]国王腓力二世于1565年委托钟表匠、建筑师、工程师华内洛·图里亚诺（第1章提到的自动机修士的制造者）设计该系统。[73]迪格比详细地描述了这个装置，它由塔古斯河中的一个大水轮驱动。

该系统由两列摆动的“长柄勺”形状的水桶组成，水桶连接在木架上，由水轮交替提升和下放，“像两条腿交替踩水；就好像在酿酒时，人们脚踩葡萄那样”。最低处的水桶从河里舀水，然后被提起，倾斜着将水倒入对面一列相应的水桶中，在下一次交替时也是如此，因此，随着它们的上下“踩踏”，这两列水桶将水从一层提到了上面一层。迪格比观察到：“所有种类的植物，无论大的还是小的，都可以比作我们在托莱多见到的第一台水力装置，因为在这些植物中，我们可以发现所有的运动都是一个部分从紧挨着它的上一个部分接收汁液，再把汁液传给紧挨着的下一个部分，所以它有一条恒定的路线，从根部（从土里吸水）一直到最高的枝芽的顶端。”[74]

据迪格比说，相比之下，动物则像塞哥维亚造币厂，该厂也是由腓力二世所建，也由一个巨大的水轮驱动，这个水轮位于埃雷斯马河中。塞哥维亚造币厂于1585年投入运营，使用的是由腓力的表亲、蒂罗尔的斐迪南大公捐赠的最新最先进的轧币机。[75]迪格比强调，塞哥维亚造币厂与托莱多的水力装置不同，造币厂的每个车间都在进行不同的专门化的运动。一个车间制作符合冲压所需尺寸和厚度的金银锭，然后将它们交给下个车间，由其进行冲压，再交给第三个设备，把它们切割成规定的形状和重量。最后，造好的硬币在另一个房间中进行储藏，在那里由一名官员接收。

从这名官员所在的地方来看，他不可能知道造币过程的中间步骤。如果他走进机器工作的房间，他就会看到每台机器“就其自身而言，似乎是一台独立的、完整的机器”。但它们都为一个目标——“制造金钱”——而共同工作，如果它们中的任何一个被移除，“整个系统就残废了、崩溃了”。类似地，在“有感觉的生物”中，许多不同的小机器共同合作，一些机器驱动或启动其他机器，一些机器将任务交给其他机器，从而形成一个大机器并产生共同的效果。在塞哥维亚造币厂，迪格比在各个车间的合作中看到了对动物生命的一种类比。当正在运动的和已经运动过的所有器官形成一个单一的整体时，迪格比总结说：“我们把整个东西称为自动机或自动者（se movens），或者说是一种生物。”[76]

甚至对笛卡儿本人来说，他将身体看作机器的新模型本身也并没有立即显现出与古代模型截然有别。通过中世纪经院学者的工作，古代的生物机器模型一直存在并得到发展，所以到了17世纪中叶，它就像教堂和主教座堂里的钟表和管风琴上的自动机一样，为人们所熟悉，并具有本土的天主教色彩。就像那些迷人的机器一样，古代和中世纪的生物体的动物机器模型——以及笛卡儿的新模型在其最初的意义上——都是流动的、积极反应的，并充满了许多能动性。