入川工作：“我充其量就是核潜艇上的一枚螺丝钉。”
1965年，中央专委批准正式研制核潜艇，选择地处西南的一片山区作为建造核潜艇陆上模式堆的厂址，并要求于1970年建成陆上模式堆。
因为陆上模式堆试验基地的筹备工作，彭士禄带领核动力研究所800余名科技人员从北京西直门车站乘火车来到四川的崇山峻岭间。这支队伍中的大部分人在核潜艇研制成功后留在了成都，组建了现在的核动力研究设计院。
刚到基地，担任陆上模式工程核动力装置设计技术总负责人的彭士禄和科技人员们就紧锣密鼓地完成了扩初设计，并及时对重大设备进行订货。
但是没想到，第二年“文革”开始，彭士禄被扣上“反动学术权威”的帽子，项目进展也随之变得极为缓慢。一直到1968年夏天，主厂房基坑还未挖出，10个主要实验室一个也没有建成。
得知情况后，1968年7月18日，毛泽东指派部队参加陆上模式堆的建设，并签发“7·18”批示，聂荣臻也一再强调，核潜艇工程“只能提前，不准推后，要抓紧，要落实”。与此同时，彭士禄也想尽办法，将基地上8000名解放军、工人、干部、科技工作者联合起来，齐心协力赶工期。
那段时间，彭士禄吃住都在工地上。白天，他在现场解决问题，晚上，他又和技术人员研究设备安装、调试等方案。
经过数月的昼夜奋战，终于，1969年3月，模式堆主厂房落成。1969年10月，核动力装置大厅进入安装阶段，两个月后，陆上模式堆土建工程基础完成。按照全模拟原则建造的陆上模式堆由2.67万余台件设备、部件组成，为核潜艇核动力装置的安装、调试、运行提供了宝贵经验和可靠依据。
模式堆建在了靠近大山的隐蔽角落。那里荒草遍野、蛇虫出没……由于防空需要，大家住“干打垒”的半地下室，没有空调暖气，阴冷潮湿。由于基地的蚊子很能吸血，夏天晚上，他们要不停地拍打蚊虫。彭士禄的老部下高星斗记得，彭士禄经常拿着一个大瓷碗，排队在食堂打饭，食堂饭没有太多荤腥，大多数时候是酸咸菜。
为了支持彭士禄的工作，1969年9月，马淑英带着子女二人从北京迁到四川。离开北京化工学院时，很多学生不舍得马淑英老师，大家都哭着和她拥抱，久久不能放手。到了陆上模式堆试验基地后，马淑英正式转行参与到基地建设工作中来。
生活的困难大，科研的困难更大。
没有复印设备，大家就用手抄写。没有电动计算机，就用手摇计算机，没有经验，就自己一步步摸索。彭士禄曾在自述中表示：“研究室每人每月的办公费才5元，这里面还包括出差费和办公用品费……那时没有电脑，大家就拉计算尺、打算盘，那么多的数据都是靠这些工具没日没夜算出来的。”“经常看见他（彭士禄）晚上穿着大裤衩又到办公室搞计算。”设计专家张敬才回忆。
由于研究人员学术背景不同，大家经常对某个技术上的问题意见不一致，甚至经常发生激烈的争论。出现这种情况，彭士禄就对他们说：“不要吵，做试验，用试验结果说话。试验结果，我来签字，我负责！”为此，彭士禄也被人称为“彭大胆”“彭拍板”。
不过，他的“大胆”，并非有勇无谋，“拍板”也并非胸中无数。因为他手里有“几张牌”：一是七分牌。凡是有七分把握的，就能当场拍板；当场不能拍板的，回去后立即研究，很快拍板，绝不拖拖拉拉。二是数据牌。对核潜艇、核电站的每个系统、每个部件都了如指掌，重要数据都亲自计算一遍，做到心中有数。三是简单牌。凡事越简单越好，做事要做减法，把复杂的工程问题和经济问题做最简单的求解。四是团队牌。依靠团队的力量、集体的智慧来解决问题、完成任务。
比如，针对反应堆的工作压力，彭士禄断定，苏联列宁号核动力破冰船的报道资料200个大气压的数据是错误的，不能作为参照。对此，很多人提出疑问。然而，最终的试验证实了彭士禄的推算是正确的。“如果采用200个大气压，估计陆上模式堆现在也搞不出来。”著名核动力专家周永茂曾回忆。
当然，他也有拍错板的时候。当时高温高压全密封主泵采用垫片密封，出厂试验时不漏，但装到艇上却时漏时不漏。经过讨论，彭士禄拍板采用“O”形环密封，结果一样。最后，他们查阅了螺栓的设计强度，还有余量，又加大了预紧力，问题就解决了。说明这两个方案都可用，恢复了垫片密封方案。
这件事之后，彭士禄的体会是：不怕拍板，不怕拍错板，最怕不拍板。“错了，我就改过来，再继续前进。干事情总要有点冒险精神，只要有70%的把握，就可以干。不然，都准备好了，还要我们干什么？”
1970年7月，核潜艇反应堆试验进入最后阶段，要冲刺满功率。然而，每提高一档功率，出现的险情就增多。在这种情况下，彭士禄力排众议，继续提升功率。8月30日，他决定实现主机“满功率”。
这一天，实验现场围满了人，负责数据运算的黄士鉴并不知道彭士禄“满功率”的计划，下午六点多钟，黄士鉴发现，竟然满功率了！他以为自己算错了，继续算第二遍、第三遍，直到第三遍他才确定。当时，大厅内外欢呼声一片，中国第一代核潜艇陆上模式堆终于成功了。而此时，彭士禄却一屁股坐在椅子上沉沉地睡了过去。
几个月后，我国第一艘核潜艇下水。这艘艇上有4.6万个零部件，需要的材料多达1300多种，但没有用过一颗外国的螺丝钉。中国成为继美、苏、英、法之后第5个拥有核潜艇的国家，成功击破了那些超级大国的核威胁、核讹诈、核封锁，掌握了人类智慧最强的火焰。
1978年，当得知荣获国家科学技术进步奖特等奖时，彭士禄惊讶地说：“我也可以得奖？”因为他总认为，中国核潜艇研制成功绝不是一两个人的能力所能及的，它是集体智慧的结晶。“我充其量就是核潜艇上的一枚螺丝钉。”