一 16世纪以来的穆斯林学人
伊斯兰教输入中国后，它的信仰、礼仪、律法、习俗，陆续纳入中国的社会、文化、思想等领域。在中国传统文化中，这些伊斯兰元素的流传，就思想、文化领域而言，尽管它无法居于主导的或主体的地位，但它在不断适应华夏大地习俗的同时，却又缓慢、持续地扩展它的影响。到马注生活的时代，伊斯兰教在中国的流传已有近10个世纪的历史。它与中国传统文化的交融，仍在不断地、深入地进行着。
仅就明末清初之际而言，在很大程度上受到中国传统文化影响、并有汉文著述的教界、政界、文化界的知识分子，在马注之前，继陈思之后，有詹应鹏、张忻、张中、王岱舆等“穆斯林学人”，他们的汉文著述显现出深受中国传统文化的影响。仅就伊斯兰宗教思想而言，可以这时正在兴起的汉学派为代表，以与那些欠缺儒学知识的经学派（其经师、阿訇）相区别。
一方面，就广大的穆斯林信众而言，他们在中国传统文化的大环境下，除了继续保持伊斯兰的信仰、礼仪、律法、习俗外，在日常生活的不同方面，不可避免地会“入乡随乡”，受到所在地区的、周边不同民族（在中原地区主要是汉族）民众的影响；至于那些受过儒学教育者，在思想上所受的影响尤甚。
另一方面，在伊斯兰教流传的广袤区域（不管是穆斯林相对的聚居地区，还是散居地区），伊斯兰元素也在或多或少地影响着周边邻近的民众，甚至不同民族的成员之间还通婚融合，从而获得新发展。与之相应的是，人们对伊斯兰教的认识，也在不断地变化着、深化着
，由最初肤浅的了解，到更为恰当了解的缓慢而却又不断前进的过程中。
应该看到，伊斯兰教在中国的地方化和民族化进程，在马注从事学术活动之前，已经达到相当的程度。伊斯兰教的地方化和民族化，包含着它在不同地区、不同民族内部。不同学派的形成和发展，则是符合宗教自我发展的一般规律的。
即便是在伊斯兰教汉学派形成的过程中，伊斯兰思想在其中仍处于主导地位的事实，一直没有改变；可是，随着穆斯林知识阶层的成长，中国传统文化的影响不仅没有淡化、消失，反而因接触或是习儒者与日俱增，获得延续和发展。
16世纪以来，陈思、詹应鹏、张忻、张中、王岱舆等人的著述活动，已使得中国传统文化的影响得以深化、扩展。
例如，在伊斯兰教的汉文史料中，明嘉靖七年（1528年），作为山东济南南大寺掌教，陈思在《来复铭》中就有“无极太极，两仪五行”之说。该说其实是北宋周敦颐《太极图说》的相关内容的概述。《太极图说》有“无极而太极，太极动而生阳，动极而静，静而生阴，静极复动。一动一静，互为其根。分阴分阳，两仪立焉。阳变阴合，而生水、火、木、金、土。五气顺布，四时行焉。五行一阴阳也，阴阳一太极也。太极本无极也”。从中，人们可以窥见陈思的儒学造诣。《来复铭》中所说的“皇”、“天”和“帝”，指的都是真主。铭文虽短，其思想却极其丰富，耐人寻味。
17世纪时，明崇祯甲戌年（1634年）张忻在《清真教考序》中，对伊斯兰教的兴起，特别是穆罕默德的降生，而使真主之“道愈昭明”，他说：“穆罕默德命立于未有天地万物之先，挺生于千万圣人之后，其德化灵异，视前圣尤为迥绝，而为古今特出之一人。”他关于礼拜“造化天地万物之主”、礼拜的朝向、礼拜的含义的说明，为的是“拜主则尘缘尽却而生人之本性见矣。本性见，而天运并息之机与一切幽明兼备之理莫不于拜跪起止之间而俱见之。拜主则物我皆忘而身心之私妄泯矣。私妄泯，而忠孝廉节之事与一切尽己尽物之功，莫不于入寺事主之时而思尽之”。其说，有助于人们了解伊斯兰教的源流本末。只是人们无法读到《清真教考》全文而有所惋惜。
明崇祯丙子年（1636年）詹应鹏在《群书汇辑释疑跋》中，关于伊斯兰教信仰真主有他的独特看法。他说：“志云：‘其教专以事天为本而无像。’无像诚是也，第以为‘天’则非也。盖所事者，宰乎天地万物之主；唯主，故无像也。若曰‘天’，天即有像矣，有像者，皆真主之所造，吾教事主之外，凡主一切所造之物俱不事焉。故曰事主，非事天也。作此志者，或以万物莫尊于天，故以天之名称主，非其天即主也。阅者于‘事天’、‘拜天’等语，俱当以‘天’字作‘主’字观。慎勿作‘天’字观也。”该跋在简介伊斯兰教的信仰、经典、礼仪等基本情况的同时，对道与教的关系，有其独特的见解。显然，他认为，对于一般信众而言，“至其道之所以为道……即余日服习其中，亦不能以言言之也……虽然，道不可言而教则可言。教贵得其原，事主而无所歧则得其原而不至于入于迷”。这里，他以顺畅的语言，表述了苏非主义关于道隐教显、道高于教、教源自道的深刻思想。
与詹应鹏、张忻几乎活跃于同一时期而又稍晚的张中，也以他的汉文著述（《归真总义》、《四篇要道译解》和《“克里默”解启蒙浅说》），简介了伊斯兰教的信仰、礼仪，特别是表述有关苏非主义关于信仰的奥义。
张中在江苏邗江任讲席时，为使“二仪操觚家不识经字，公御中和初入教，鲜克与闻，恳恳索解”，张中遂译“四篇要道”,“就经解经，因字训字”,“取其浅约，初学易知”，使之得以了解伊斯兰教。这里，“二仪”即为该书写有“四篇要道译解序”的沙维崇；“觚”为古代书写时所用的木板，“操觚家”有书写文章者之义。“公御中和”分别指刚入教的马中龙和李之华。周士骐为该书募刻而做的注解说：“其间或有兴衰，良由经书之明与不明之故也。迩来从教之人，往往进而复去者，亦有业儒者与习经者互相矛盾者，岂吾道不足以笃其志哉，抑亦经书旨趣，彼盖未之深尝焉尔。”崇祯四年（1631年），穆景修为张中《“克里默”解启蒙浅说》所写序言，有如下评议。他说：“余鉴张子苦心婆志，不揣鄙陋，附数语于篇右，望志士君子舍其浮浅而深究性命，则藉是经之指南宝筏，而昏愚自是之迷津可渡矣！”可见，张中在阐释伊斯兰思想方面，有其独特之处。王岱舆的《正教真诠》问世后，他的“教弟”梁以浚为之作序，称他为“四教博通，诸家毕览”。所谓“四教博通”，指的是他除博通伊斯兰教外，还通晓中国传统文化的三大基石——儒释道；所谓“诸家毕览”，指的是他大致通读过儒释道诸家的经典，从而得以博通四教。何汉敬则断言“独清真一教，其说本于天，而理宗于一，与吾儒大相表里”,“且立说平易，不事玄诞，与释道两家，绝为霄壤，较之吾儒性理一书，同而异，异而同，亦在所不讳”。丁彦则援引“王子岱舆曰：‘……吾教大者在钦崇天道，而忠信孝友略与儒者同……'”。上述序言的撰写者，无疑认为伊斯兰思想与儒家文化有其贯通之处。这也是伊斯兰教得以中国化的门径。
中国传统文化对他们的影响，既有思想学理方面的，也有通过一些语词概念汲取其思想精华的。人们从上述学者、经师的表述中，特别是从王岱舆著述序言中可以发现，他在肯定伊斯兰思想与中国传统文化、主要是儒家的思想文化，有着大致和谐、“大相表里”的同时，也觉察到其间仍有其差异之处，也就是何汉敬所说的“同而异，异而同”，丁彦援引他的话所说的“略与儒者同”。更不用说伊斯兰教与释道的差异了。在这方面，可以说，马注也大致如此。
马注的整个学术生涯，鲜明而又深刻地反映了他所受中国传统文化的影响，无法回避他与儒学有着密切关系这一基本事实。他的穆斯林前辈接受中国传统文化影响后，他的学术活动不过是在前人的基础上，予以继承、延续和发展而已。由于马注所受中国传统文化的影响，并非全盘接受，而对儒释道又做出区别对待，从而人们可以发现，他所受的影响主要是儒家的思想，而非佛教、道教的。