支气管镜检查期间低氧血症发生率较高。通常在检查过程中，动脉血氧分压（PaO ₂）会下降18mmHg左右。支气管肺泡灌洗时PaO ₂下降更明显，灌洗量大的更容易发生。

由于支气管镜进入气道后造成了部分阻塞，气道阻力增加，机械刺激或损伤导致支气管痉挛，加上麻醉药液或灌洗液进入肺泡均可造成低氧血症的发生。

出现低氧血症时患者可出现血氧饱和度下降，心率先快后慢，血压先升后降，严重的可出现发绀、烦躁或意识不清，甚至昏迷、惊厥。

低氧血症可能在检查结束后还持续相当一段时间。检查结束后最好继续吸氧，肺功能减退的患者更应如此。检查后继续吸氧的时间部分取决于先前给予的镇静剂种类。通常口服用药患者比静脉用药的患者要长（如果患者口服地西泮，则其吸氧时间要比静脉使用咪达唑仑患者长1~2小时）。如果使用咪达唑仑达到失忆的剂量也要延长吸氧时间。

如果以鼻导管吸氧，流量要>2L/min。但要警惕，对于呼吸衰竭的患者，吸氧在纠正低氧血症的同时要给予特别监护。这样的患者在支气管镜检查前最好查动脉血气。对于需要接受支气管镜检查或灌洗的高危低氧血症的患者，应给予经面罩无创正压通气。

在支气管镜检查前应纠正贫血。低氧血症会增加心律失常发生的机会，常规使用心电、氧饱和度监测可以提高支气管检查的安全性。推荐安全氧饱和度（SaO ₂）的下降为90%（静息状态、呼吸空气），相当于PaO ₂ 60mmHg。如果在检查前使用了镇静剂（如口服地西泮），在检查开始前就应该监测氧饱和度，并给予患者鼻导管吸氧，准备支气管解痉药物及其他抢救药品及物品。此外操作过程中动作要轻柔，减少气道痉挛。