二、关于“十三五”的目标思路
学校“十三五”面临的机遇和挑战主要包括以下几个方面：一是世界正处在政治、经济格局的重大调整期。中国政治、经济、文化的全球影响力进一步提升，我国发展仍处于可以大有作为的重要战略机遇期。新一轮科技革命和产业变革孕育兴起。我们必须着眼于增强国家核心竞争力，主动适应全球科技创新和学科发展趋势，加快创建一流大学步伐。二是我国正处在全面建成小康社会的决胜阶段。发展进入新常态，“一带一路”“中国制造2025”“互联网+”等重要战略实施。面对经济社会双重转型的压力，我们国家现在比历史上任何时期都需要一流大学和一流学科的支撑、引领。三是福建正处在科学发展跨越发展的战略机遇期。随着中央支持福建加快发展的力度加大、福建自贸试验区和“21世纪海上丝绸之路核心区”的深入推进，政策叠加效应进一步显现，福建省和厦门市发展潜力空间巨大。四是高等教育正处在内涵发展质量提升的重要转型期。党的十八届五中全会深刻指出，必须把创新摆在国家发展全局的核心位置，深入实施创新驱动发展战略。我们必须牢牢把握国家统筹推进世界一流大学和一流学科建设的重大历史机遇，积极争取更多支持、努力实现跨越发展。
学校“十三五”发展的指导思想是：高举中国特色社会主义伟大旗帜，以邓小平理论、“三个代表”重要思想、科学发展观为指导，深入贯彻落实党的十八大和十八届三中、四中、五中全会以及习近平总书记系列重要讲话精神，按照“四个全面”战略布局，坚持发展是第一要务，牢固树立创新、协调、绿色、开放、共享五大发展理念，以中国特色、世界一流为统领，以立德树人为根本，以培养拔尖创新人才、支撑创新驱动发展战略、服务经济社会为导向，以队伍建设为核心，以加强党的领导为根本保证，着力培养一流人才、打造一流队伍、建设一流学科、产出一流成果、作出一流贡献，确保全面建成世界知名高水平研究型大学，奋力谱写中华民族伟大复兴中国梦的厦大篇章。
学校“十三五”发展必须遵循以下六个基本原则：一是坚持以人为本，尊重师生主体地位，发挥师生首创精神，把促进人的全面发展作为发展的出发点和落脚点，充分调动师生员工的积极性、主动性、创造性。二是坚持科学发展，把握发展新特征，适应发展新常态，融入发展大格局，坚持内涵发展，努力实现各项事业更高质量、更有效率、更加公平、更可持续地发展。三是坚持深化改革，创新发展理念，转变发展方式，增强战略定力，保持改革韧劲，实现关键环节突破，建立完善现代大学制度，为发展提供持续动力。四是坚持依法治校，牢固树立依法办事的意识，贯彻落实《厦门大学章程》，善于运用法治思维和法治方式办学，提高依法治校、依法决策、依法管理的能力和水平。五是坚持开放办学，既立足国内、扎根中国大地，主动对接服务国家和区域发展，又融入全球，参与国际教育、科技、文化的交流与合作，增强国际影响力和竞争力。六是坚持党的领导，贯彻全面从严治党要求，坚持和完善党委领导下的校长负责制，增强党的创造力、凝聚力、战斗力，确保学校发展沿着社会主义办学方向前进。
学校“十三五”时期发展的总体目标是：人才培养、科学研究、学科建设、社会服务和文化传承创新水平不断提高，成为知识发现和科技创新的重要力量、先进思想和优秀文化的重要源泉、培养高素质优秀人才的重要基地，在支撑国家创新驱动发展战略、服务区域经济社会发展、弘扬中华优秀传统文化、培育和践行社会主义核心价值观、建设高等教育强国等方面发挥重要作用，学校综合实力进入世界前200名，实现全面建成世界知名高水平研究型大学的第一个一百年目标，为学校创建一流大学奠定坚实基础。
学校中长期发展的战略目标是：到2030年，服务国家发展的能力更加突出，国际学术地位显著提升，更多学科进入国内领先、世界一流行列，若干学科进入世界一流前列，各学科领域都有一批世界级的专家学者，主要办学指标和整体实力跻身世界一流大学行列，学校综合实力进入世界前150名。到2049年，办学声誉和办学水平获得国际公认，主要办学指标和整体实力位居世界一流大学前列，为区域发展、国家富强、民族复兴和人类文明进步作出卓越贡献，学校综合实力进入世界前100名。
以下为“十三五”时期发展的具体指标：
一是人才培养。到2020年，在校生规模控制在40000人左右，其中本科生18000人以内，硕士生16000人左右，博士生4000人左右，学历留学生2000人左右。目前，我校学历留学生数量约为1800人，“十三五”要大力加强这方面的工作。
二是队伍建设。到2020年，教师队伍规模约6000人，其中全职专任教师约3000人，博士后约1000人，非全职教师约2000人。目前全职专任教师2700人，博士后不到300人。我们要大力加强博士后队伍建设，制定有效政策，延揽优秀人才。博士后队伍要实现从300人到1000人的跨越，需要有什么样的实施路径，全校上下都要认真研究。
三是科学研究。到2020年，力争实现国家实验室零的突破、新增两个以上“2011”协同创新中心、五个左右国家级创新平台，建设一批新型智库，当年科研经费力争达到20亿元以上。
四是社会服务。到2020年，横向科研经费占科研经费的30%以上，专利申请数和专利授权数年增长率20%以上。
五是学科建设。到2020年，力争有12—15个学科领域进入ESI全球前1%、3—5个学科领域进入ESI全球前1‰；有10个左右一级学科进入全国前5名，25个左右一级学科进入全国前10名，多数学科力争进入全国前20名，与学校整体排名和综合实力相适应。
六是大学文化。培育形成爱校荣校、改革创新、团结合作、包容共享的价值理念，养成厦大人开放、包容、自信、大气的精神特质，建立与世界一流大学相适应的文化生态。